اوایل اردیبهشت در حالی که احتمال ابطال انتخابات در تهران افزایش یافته بود، رئیس جمهور در جلسه مشترک هیأت دولت و استانداران گفت: “ما مایل بودیم انتخابات مجلس ششم که با شکوه و عظمت برگزار شد، هر چه سریع تر نتیجه اش مشخص شود و خستگی از تن همه عزیزانی که برای برگزاری آن زحمت کشیده اند، بیرون برود و امیدواریم با همت، تلاش و حسن تفاهمی که وجود دارد هر چه سریع تر پایان مراحل رسیدگی به انتخابات مجلس ششم اعلام شود و مجلس شورای اسلامی ششم با اقتدار، شوق و اشتیاق آغاز به کار کند، که البته چنین هم خواهد شد.” [روزنامه ایران – پنجم اردیبهشت 1379] سخنان خاتمی به معنی اشاره به مقاومت های پنهان شورای نگهبان تلقی شد و اینکه او ناچار شده است با این سخنان بخشی از پشت پرده ماجرا را آشکار کند.
هشتم اردیبهشت ماه شورای نگهبان انتخابات شهرستان جیرفت را هم باطل اعلام کرد. در این حوزه فاصله منتخب مردم با نفر بعدی بیش از پانزده هزار رأی بود و ظاهرا امکان جابجایی آرا با باطل کردن چند صندوق وجود نداشت!
به این تریتب تا هشتم اردیبهشت دوازده تن از منتخبین مردم حذف و یک تن نیز به مرحله دوم فرستاده شده بود که همه آنان اصلاح طلب محسوب می شدند. بالاخره پس از کشمکش های فراوان مرحله دوم انتخابات روز جمعه شانزدهم اردیبهشت ماه برگزار شد تا سرنوشت 66 کرسی باقیمانده مجلس مشخص شود. در این زمان هنوز نتایج انتخابات تهران مشخص نبود. دو روز بعد و با مشخص شدن اسامی نامزدهای راه یافته به مجلس، بهزاد نبوی اعلام کرد که در مجموع حدود 172 نفر از نامزدهای جبهه دوم خرداد طی دو مرحله انتخابات به مجلس راه یافته اند.
در اواخر اردیبهشت ماه شورای نگهبان و وزارت کشور با صدور اطلاعیه هایی مکرر درباره انتخابات تهران، به درگیری لفظی با هم مشغول بودند و وضعیت مبهمی به وجود آمده بود. شورای نگهبان از تخلفات گسترده خبر می داد در حالی که وزارت کشور با اشاره به بازشماری مکرر آرای تهران و تأیید آن توسط هیأت نظارت در چند نوبت به صحت انتخابات پافشاری می کرد.
در آخرین روزهای اردیبهشت خبر رسید که شورای نگهبان حل مسأله انتخابات در تهران را به رهبر ایران واگذار کرده است. در نامه شورای نگهبان خطاب به آیت الله خامنه ای روند بررسی انتخابات توسط این شورا چنین شرح داده شده بود: “پس از بررسی 528 صندوق توسط هیأت اجرایی و هیأت نظارت در اواخر سال 78 پرونده انتخابات حوزه انتخابیه تهران در اواخر اسفند 78 به شورای نگهبان ارسال شد، در این پرونده شکایت چند تن از داوطلبان نمایندگی وجود داشت که مطابق قانون، شورای نگهبان باید به آنها رسیدگی می کرد.شورای نگهبان به منظور رسیدگی به شکایات یاد شده و همچنین رفع و دفع برخی از شبهات علاوه بر موارد شکایت تعداد دیگری از صندوق ها را مورد بررسی قرار داد و مجموعاً 867 صندوق مورد بازشماری قرار گرفت و متأسفانه با برخی از اشکالات و تخلفات شکلی و ماهوی برخورد شد […] در این شرایط، شورای نگهبان در برابر این امر دشوار قرار گرفته است که چنانچه بخواهد یه همین ترتیب بازشماری را ادامه دهد با توجه به تجربه بازشماری تا این مرحله و با توجه به موانع و مشکلات ناشی از بررسی های صندوق ها و طول مدت بازشماری تا این مرحله بازشماری کامل به مدت طولانی دیگری نیاز دارد که شاید در شرایط کنونی امکان اقدام به آن وجود نداشته باشد و علاوه بر این به مصلحت مردم و مجلس نیز نمی باشد و با توجه به نتایج کنونی، شورای نگهبان نمی تواند صحت انتخابات را تأیید نماید. با عنایت به آنچه گذشت شورای نگهبان مصلحت دید که موضوع و مسائل مربوط به آن را به استحضار حضرتعالی برساند و از آن مقام معظم تقاضای راهنمایی کند.”
در پاسخ رهبر ایران به نامه آیت الله جنتی نیز آمده بود: “1- صندوق هایی که مخدوش بودن آن از نظر شورای نگهبان به اثبات رسیده است و با معیارهای آن شورا قابل تأیید نیست باید ابطال گردد.2- به نظر می رسد که بازشماری بقیه صندوق ها که طبق آنچه در نامه خود مرقوم داشته اید جز در مدتی طولانی ناممکن و برخلاف مصلحت است، وظیفه ای شرعی و قانونی را متوجه آن شورا نمی سازد زیرا وجود تخلف در آنها محرز نیست.3- وظیفه منتخبان تهران با توجه به کلیه صندوق ها به جز آنچه در بند یک آمده است ملاحظه و نتایج آن به عنوان نتایج قطعی انتخابات تهران اعلام شود.4- دستگاه قضائی و بازرسی موظفند عاملان تخلف در صندوق های مخدوش را شناسایی و تحت تعقیب قانونی قرار دهند.” [روزنامه جمهوری اسلامی – سی و یکم اردیبهشت 1379]
به این ترتیب شورای نگهبان هم اجازه ابطال و جابجایی آرای مردم را دریافت کرد و هم با دخالت دادن رهبر ایران کوشید تا مجلس ششم را وامدار ولایت فقیه کند. اگرچه دخالت رهبر ایران در امر انتخابات برخلاف قانون اساسی بود اما حداقل در همان دخالت فراقانونی هم رعایت عدالت نشده بود. رهبر ایران هرگز از مسئولان اجرایی نخواست که دفاعیات آنها را بشنود و شواهد آنها نیز ارائه گردد تا حداقل قضاوتی یکجانبه صورت نگرفته باشد.
روز بعد شورای نگهبان طی اطلاعیه ای اعلام کرد که 534 صندوق و در نتیجه 726266 رأی ابطال شده و باقیمانده آرا در تعیین نمایندگان تهران محسوب شده است.البته این شورا شماره صندوق ها را هم اعلام نکرد تا مشخص نباشد که جابجایی ارا بر اساس کدام منطق صورت گرفته است. بر اساس این اطلاعیه 28 نفر در همان مرحله اول به مجلس راه یافتند که اسامی آنها به ترتیب چنین بود: “سیدمحمدرضا خاتمی- جمیله کدیور-علیرضا نوری- سید هادی حسینی خامنه ای- محسن آرمین- سهیلا جلودارزاده- مجید انصاری-محسن میردامادی- بهزاد نبوی- احمدبورقانی فراهانی- وحیده علایی طالقانی- احمد پورنجاتی- داود سلیمانی- سید علی اکبر موسوی خوئینی- محسن صفایی فراهانی- علی شکوری راد- الهه کولایی- ابوالقاسم سرحدی زاده- محمدرضا سعیدی- علی اکبر هاشمی رفسنجانی- فاطمه حقیقت جو- سید شمس الدین وهابی-مهدی کروبی- بهروز افخمی- محمدنعیمی پور- سیدمحمود دعایی- فاطمه راکعی- غلامعلی حداد عادل” همچنین چهار نفر هم برای انتخاب دو نفر باقیمانده به مرحله دوم رفته بودند: “رسول منتجب نیا- سید علی اکبر محتشمی پور- الیاس حضرتی- علی اکبر رحمانی”.
مهمترین تغییر در لیست نهایی مورد تأیید شورای نگهبان حذف علیرضا رجایی و اضافه شدن غلامعلی حدادعادل به لیست نمایندگان بود. علیرضا رجایی کاندیدای نیروهای ملی مذهبی و همچنین مطبوعات اصلاح طلب بود که در لیست وزارت کشور رتبه 28 را کسب کرده بود اما در جابجایی شورای نگهبان حتی از رتبه سی و دوم هم پایین تر قرار گرفت. از طرفی هاشمی رفسنجانی نیز از رتبه سی ام به بیستم ارتقا یافته بود.