عباسعلی کدخدایی، سخنگوی پیشین شورای نگهبان در برنامه تلویزیونی شناسنامه گفتگویی طولانی درباره شورای نگهبان انجام داد. کدخدایی درباره حمایت اعضای شورای نگهبان از محمود احمدی‌نژاد در انتخابات سال ۱۳۸۸ گفته بود: “قاضی یا داور در مقام قضاوت باید در هنگامی که رای صادر می‌کنند بی‌طرف باشد و در سایر موارد ایرادی ندارد که داور به یک جهت تمایل داشته باشد. برخی اعضای شورای نگهبان سمت‌های دیگری هم دارند، اما باید ببینیم که آیا این افراد در مقام داوری تخلفی کرده‌اند یا خیر. البته ممکن است گفته شود بهتر بود این کار انجام نشود که نظر من هم همین است.”
در بخشی دیگر از این گفتگو کدخدایی به رد صلاحیت هاشمی رفسنجانی در انتخابات اخیر اشاره کرده و خبر داد که حتی پیش از رای گیری درباره صلاحیت هاشمی در شورای نگهبان، پیش‌بینی می‌شده که او تایید صلاحیت نخواهد شد. کدخدایی تاکید داشت: “با صحبت‌هایی که شد پیشنهاد شد برای حفظ حرمت‌شان صحبت شود تا انصراف دهند. من با برخی آقایان که می‌دانستم ارتباطی دارند تماس گرفتم و خواستم این کار را انجام دهند. اما اعلام کردند که ایشان این کار را انجام نمی‌دهند و رای‌گیری نهایی انجام شد و ایشان رای نیاوردند.” او از علی لاریجانی و حسن روحانی به عنوان کسانی که حامل پیام شورای نگهبان بودند نام برده است.
کدخدایی حدود یک ماه بعد از انتخابات هم در گفتگویی با روزنامه شرق درباره علت رد صلاحیت هاشمی رفسنجانی گفته بود: “در مجموع در توانایی‌ها بحث شد که ریاست‌جمهوری دوندگی‌هایی نیاز دارد که مثلا شما الان کسی مثل آقای احمدی‌نژاد دارید که هر لحظه یک جایی است.” او در همان گفتگو اعلام کرده بود که حسن روحانی و محمدرضا عارف هم رای لازم را نداشته‌اند اما با “وساطت” احمد جنتی تایید صلاحیت شدند.
در پیش‌نویس قانون‌اساسی، شورای نگهبان نهادی بود که “ به‌منظور پاسداری از قانون اساسی از نظر انطباق قوانین عادی با آن” به مدت ده سال انتخاب می‌شد. این شورا بر همه قوانین مصوب در مجلس نظارت نداشت و تنها در صورتی وارد عمل می‌شد که یکی از نهادهای قانونی پیش‌بینی شده از آن درخواست می‌کرد. در اصل ۱۴۴ آن پیش‌نویس آمده بود: “شورای نگهبان به‌درخواست یکی از مراجع معروف تقلید، یا رئیس جمهور یا رئیس دیوانعالی کشور یا دادستان کل کشور صلاحیت رسیدگی به قوانین را پیدا می‌کند. مشروط بر اینکه از تاریخ توشیح قانون بیش از یکماه نگذشته باشد.” (نشریه دادنامه- دی ۱۳۸۸ - شماره ۳- ص۷۸)
در مجلس بررسی نهایی قانون اساسی آن پیش‌نویس نادیده گرفته شد و علاوه بر افزودن اصلی برای ولایت‌فقیه، کیفیت انتخاب و ترکیب شورای نگهبان و وظایف آن نیز تغییر کرد. تصور می‌شد که برای جلوگیری از استبداد رئیس‌جمهور، باید رهبری فقیه در صدر امور باشد و برای جلوگیری از انحرافات غیر اسلامی در مجلس، شورای نگهبان مرکب از فقها و حقوق‌دانان بصورت دائم بر مجلس نظارت کند. در دهه شصت نهادهایی که به موازات نهادهای انتخابی و برای کنترل آنها تاسیس شده بود، به بحرانی در حکومت جدید تبدیل شد. شورای نگهبان جلوه‌ای مشخص از آن بحران بود. اختلاف‌ها میان مجلس و شورای نگهبان خیلی زود نمایان شد. مشکل اصلی، ایرادهای مکرر شورای نگهبان بر قوانینی بود که آن را خلاف شریعت اسلام تفسیر می‌کرد. بر اساس قانون اساسی تنها اعضای فقیه در شورای نگهبان حق داشتند که تا انطباق یا عدم انطباق قوانین با اسلام را بررسی کنند و حقوق‌دانان این شورا در اینباره حق اظهار نظر نداشتند. از طرفی اعضای فقیه شورای نگهبان غیر انتخابی و منصوب رهبر بودند. قانون کار که در دوران وزارت کار ابوالقاسم سرحدی‌زاده تهیه شده بود، اوج این بحران بود. نامه‌نگاریهای مکرر وزیر کار به آیت‌لله خمینی و حمایت او از قانون کار، موجب نشد که شورای نگهبان این قانون را تایید کند. اختلاف‌ها میان مجلس و شورای نگهبان آنقدر بالا گرفت که نهایتا آیت‌الله خمینی در سال ۱۳۶۶ شورایی با نام مجمع تشخیص مصلحت ایجاد کرد. شورایی انتصابی که در قانون اساسی پیش‌بینی نشده بود اما دو سال بعد در بازنگری در قانون اساسی، بدان اضافه شد تا در اختلاف‌های مجلس و شورای نگهبان “معضلات نظام” را حل کند.
شورای نگهبان از طرفی دیگر وظیفه نظارت بر انتخابات مجلس شورای ملی (بعدها مجلس شورای اسلامی) و انتخابات ریاست‌جمهوری را هم بر عهده گرفت. مجلس خبرگان رهبری نیز، وظیفه نظارت بر انتخابات خود را به شورای نگهبان واگذار کرد. شورای نگهبان مرجع تفسیر قانون اساسی هم شد. اما ماجرا وقتی شروع شد که شورای نگهبان نظارت خود بر انتخابات را، به نظارت استصوابی تفسیر کرد و این حق را برای خود قائل شد که صلاحیت نامزدهای انتخابات، را قبل از برگزاری انتخابات بررسی کند. به این ترتیب بسیاری از نیروهای سیاسی مخالف و منتقد حکومت پیش از برگزاری انتخابات حذف می‌شدند. در ابتدا نیروهای مخالف و منتقد از شرکت در انتخابات محروم شدند و به مرور دایره این حذف‌ها تنگ‌تر شد. رد صلاحیت هاشمی رفسنجانی، یکی از آخرین اقدامات جنجال برانگیز شورای نگهبان بود، چنانچه حتی آیت‌الله خامنه‌ای در اقدامی بی‌سابقه از از نامزدهای رد صلاحیت شده به دلیل “تمکین به قانون” و اینکه اعتراضی نکردند، تشکر کرد.
هاشمی رفسنجانی ۲۱ خرداد و قبل از برگزاری انتخابات، از تایید نشدن صلاحیت خود خبر داد: “یک مقام ارشد امنیتی، برخلاف عرف و قانون، شخصا در جلسه بررسی صلاحیت‌ها در شورای نگهبان حضور یافت که ابتدا مورد اعتراض برخی از اعضای شورای نگهبان نیز قرار گرفت و نهایتا به اعضای شورای نگهبان گفت: که حضور هاشمی در انتخابات می‌تواند موجب پیروزی قاطع و با رای بالای مردم شود که با راه و رسم آنها سازگار نیست و لذا این شورا را متقاعد کرد که به بهانه شرایط جسمی، رای به عدم احراز صلاحیت بنده دهند.”
بعدها کدخدایی، سخنگوی وقت شورای نگهبان درباره اظهارات هاشمی گفت: “[نباید]این بحث‌های خیلی ساده‌انگارانه مطرح شود و اینگونه تصور شود که نهاد شورای نگهبان دنبال این است که ببینند چه کسی رای بیشتری دارد بعد به او بگویند برود کنار و از این حرف‌ها. اینها دون شأن شورای‌نگهبان است.” او حضور وزیر اطلاعات در جلسه شورای نگهبان را تایید کرد، اما تاکید داشت: “در انتخابات نهادهای رسمی باید به ما جواب دهند. نمی‌توانیم که مثلا به گزارش مردمی رجوع کنیم. این در شأن شورای نگهبان به‌ویژه برای انتخابات ریاست‌جمهوری نیست. آن‌موقع گفتند خب باید خود وزیر اطلاعات بیاید توضیح بدهد اگر مطلبی هست. وزیر اطلاعات آمدند یک توضیحات کلی دادند.[…] اصلا نسبت به آقای هاشمی حرف نزدند نسبت به مباحث و حوادث پیرامونی و تحلیل اوضاع و احوال کشور و بین‌المللی صحبت کردند.” کدخدایی توضیح نداده بود که “ تحلیل اوضاع و احوال کشور و بین‌المللی” چه ارتباطی به صلاحیت کاندیداها داشته است.
چندی پیش علی مطهری در گفتگو با سایت خبر آنلاین تاکید کرد: “ فشار افکار عمومی بر نوع رفتار شورای نگهبان موثر است. فضای دوم خرداد بود که سبب شد شورای نگهبان بسیاری از افراد را برای مجلس ششم تایید صلاحیت کند. شاید آن وقت هم مجبور شوند که افراد معتدل را تایید صلاحیت کنند. البته قطعا شورای نگهبان اجازه نمی‌دهد که اکثریت مجلس بعد در اختیار غیراصولگرایان باشد، مگر این که فشار افکار عمومی و انعکاس جهانی آن شدید باشد.” نگرانی از ترکیب مجلس آینده، چیزی نیست که محافظه‌کاران ایران آن‌را پنهان کنند. محمدرضا باهنر چندی پیش صریحا گفت: “خطر تغییر جریان در مجلس آینده وجود دارد. یخ‌های اصلاح طلبان با آمدن دولت جدید، در حال آب شدن است. برخی فتنه‌گران می‌خواهند فتنه جدیدی را به‌وجود آورند به همین دلیل هیچگاه نباید فتنه ۸۸ و ۹ دی را فراموش کرد.”
نقش شورای نگهبان در ترکیب مجلس آینده نیز چیزی نیست که نادیده گرفته شود. چنانچه آیت‌الله جنتی هم دراین‌باره قول داده است: “بعضی‌ها برای مجلس خبرگان و مجلس شورای اسلامی طراحی می‌کنند و نقشه می‌کشند، باید مراقب بود که به اهداف شوم خود نرسند و شورای نگهبان با اقتدار در چارچوب قانون به وظایف خود عمل می‌کند.” عباسعلی کدخایی با تعریفی که خود از نوع بی طرفی شورای نگهبان ارایه داده، توانسته بر بی طرفی جنتی شهادت دهد: “توجه ایشان به قوانین و مقررات است. دبیر شورای نگهبان، همواره در بررسی صلاحیت کاندیداها، از ما دلایل و مستندات را می‌خواستند و اگر این دلایل و مستندات قوی بود، تردیدی در تصمیم‌گیری نداشتند.”
