حداقل ۵ پرونده مفتوح در دستگاه قضایی و دو حکم محکومیت دارد و بنا به گفته یک نماینده مجلس ممنوع الخروج است اما با شکوه و جلال به کربلا سفر کرده است. سعید مرتضوی، دادستان سابق تهران ، متهم و محکوم در پرونده کهریزک، متهم و محکوم در پرونده تامین اجتماعی، متهم در پرونده شکایت فاضل لاریجانی، متهم در پرونده شکایت عباس پالیزدار و وکلای او، متهم در پرونده فروش سوالات کنکور در حالی به خارج از کشور سفر کرده که بسیاری از روزنامه نگاران و فعالین سیاسی و مدنی بعد از پایان حکم و آزادی از زندان همچنان ممنوع الخروج هستند.
حسین دهدشتی، نماینده آبادان گفته است که سعید مرتضوی به‌علت اتهامات اقتصادی ممنوع از خروج بوده و طبیعتا نمی‌توانست از کشور خارج شود، حال معلوم نیست که وی چگونه و بر اساس چه ضابطه‌ای از کشور خارج شده است.
او، مرتضوی را فردی ویژه و فراقانونی خوانده و براساس گزارش سایت خانه ملت گفته اصولا مرتضوی در چند سال اخیر نشان داده که فردی ویژه و فراقانونی بوده، به طوری که وی در دادگاه‌هایش با محافظ حاضر شده و هر جور که می‌خواهد رفتار می‌کند، از طرف دیگر با توجه به خروج مرتضوی از کشور، سیستم قضایی، وزارت کشور و دستگاههای امنیتی باید پاسخگوی این مسئله باشند.
دستگاه قضایی اما سکوت اختیار کرده است همچنان که دستگاههای امنیتی نیز هیچ واکنشی نشان نداده اند اما نماینده آبادان گفته که مجلس پی گیر این مساله خواهد بود: پی گیر پرونده اتهامات و خروج وی از کشور.
او احتمال داده مرتضوی فرار به کشورهای اروپایی و کانادا را داشته باشد. دادستان سابق تهران اما در حاشیه راهپیمایی اربعین به خبرگزاری تسنیم گفته که از انتقادها نسبت به خروجش از کشور متعجب است.
او خواستار برگزاری علنی دادگاهش شده و گفته که: تمام اتهامات بنده را در یک دادگاه علنی برگزار کند تا افکار عمومی هم قضاوت کند چرا که من در سازمان تأمین اجتماعی حتی یک‌هزار تومان تخلف نکرده‌ام.
سعید مرتضوی متهم به فساد مالی و اختلاس چندمیلیاردی است او با قرار وثیقه ۹ میلیارد تومانی آزاد است و در شرایطی به عراق سفر کرده که هنوز جلسات دادگاه و محاکمه او ادامه دارد.
وب سایت کلمه خبر داده که سعید مرتضوی پرونده مشترکی نیز با متهم مشهور این روزها یعنی بابک زنجانی دارد که به گفته نماینده حقوقی سازمان تامین اجتماعی، ۱۳۸ شرکت زیرمجموعه سازمان تامین اجتماعی درتفاهم نامه بابک زنجانی و سعید مرتضوی مورد معامله قرار گرفت. مرتضوی پس از دادگاه اخیرش در گفتگو با رسانه ها منکر تمامی اتهامات خود شد.
غلامحسین محسنی اژه ای، سخنگوی قوه قضائیه گفته است این که سعید مرتضوی رها شده حرف صحیحی نیست، چرا که پرونده‌هایی که وی دارد در حال پیگیری است و حتی برخی از آنها منجر به حکم شده است.
سخنان او در پاسخ به اشرفی اصفهانی، رئیس هیات رسیدگی به تخلفات ریاست جمهوری بود که در مصاحبه با وب سایت خبرآنلاین گفته بود در برخورد با بعضی از متخلفین خیلی راحت چشم پوشی می شود. او در ادامه سعید مرتضوی را نام برده و پرسیده: “چرا باید ادمی که هم در قتل ها دست داشته و جنایت کرده و هم در وضعیت گذشته رسوایی به بار آورده، را به آسانی رها کرد؟”
مرتضوی اما علاوه بر پرونده های مفتوح در دستگاه قضایی، پرونده های دیگری دارد که هرچند راه به دستگاه قضایی تاکنون نیافته اند اما در افکار عمومی ایران مفتوح است. پرونده قتل زهرا کاظمی، عکاس خبرنگار ایرانی کانادایی که در زندان کشته شد، پرونده فروش سوالات کنکور، بازداشت ها و فشارهای غیرقانونی برروزنامه نگاران و فعالان مدنی و سیاسی و مطبوعاتی، توقیف های فله ای مطبوعات و…
