در حالی که رهبر جمهوری‌اسلامی پیش از این بارها نسبت به نزدیکی دیدگاه خود با احمدی‌نژاد سخن گفته بود٬ اینک فرمانده سپاه پاسداران خبر داده که رهبر جمهوری‌اسلامی و سپاه پاسداران٬ از عملکرد دولتِ محمود احمدی‌نژاد راضی نیستند.
سردار عزیز جعفری٬ فرمانده سپاه پاسداران گفته است: “سال‌ها از انتظاراتی که رهبری از دولت و مسئولین نظام دارند و آنها را بیان می‌کنند می‌گذرد در حالی که این امر محقق نمی‌شود و امیدوارم بتوانیم در این مسیر گام موثری برداریم”.
وی همچنین از دانشگاه امام حسین ـ- دانشگاه تحت نظر سپاه پاسداران -ـ به عنوان اتاق فکر نام برده و گفته: “امیدواریم اتاق‌های فکری در دانشگاه امام حسین(ع) برای تطبیق انتظارات رهبری و نظام از دانشگاه‌ها تشکیل شود”.
در همین حال علی لاریجانی٬ رییس مجلس گفته است که براساس دستور رهبر جمهوری‌اسلامی٬ اجرای فاز دوم هدفمندی یارانه‌ها٬ با تشخیص مجلس خواهد بود نه دولت؛ وی پیش از این در نامه‌ای به رهبری، ضمن هشدار نسبت به عواقب تورمی اجرای این طرح، خواستار توقف اجرای فاز دوم هدفمندی یارانه‌ها شده بود.
در بامداد ششم فروردین ماه، دولت در اقدامی ناگهانی ۲۸ هزار تومان به عنوان مابه‌التفاوت فاز اول و دوم هدفمندی یارانه‌ها را به ازای هر ایرانی به حساب سرپرست خانوار واریز کرد؛ اقدامی که احتمال اجرای فاز دوم هدفمندی یارانه ها در آینده بسیار نزدیک را قوّت بخشید و واکنش شدید نمایندگان مجلس را در پی داشت؛ محمود احمدی‌نژاد پس ا زواکنش مجلس به میان استانداران رفت و تأکید کرد که “گام دوم طرح هدفمندی یارانه‌ها برای اجرا آماده است و همه مسئولان و استانداران باید برای اجرای هر چه بهتر این مرحله آمادگی کامل داشته باشند”.
سرانجام علی لاریجانی رئیس مجلس از اعلام نظر رهبرجمهوری اسلامی درباره هدفمندی یارانه‌ها به سران سه قوه خبر داد و در پاسخ به این سئوال که نظر هیئت حل اختلاف قوا درباره اختلاف مجلس و دولت در موضوع هدفمندی یارانه‌ها چیست، گفت: “نظر هیئت حل اختلاف به مقام معظم رهبری اعلام شد و فکر می‌کنم این هیئت مسئله را روشن کرد. براساس این نظر، کاملاً روشن است که هرگونه تصمیم گیری برای پرداخت‌ها در کشور باید در بودجه سالانه و با مصوبه مجلس باشد”.
لاریجانی افزود که دولت می‌خواهد با افزایش قیمت سوخت درآمد کسب کند اما قطعا مجلس روی این موضوع حساس است که تبدیل به اوج گرانی در ایران نشود و فشار روی مردم وارد نشود.
مخالفت رهبر جمهوری اسلامی با اجرای فاز دوم هدفمندی یارانه‌ها از سوی دولت٬ در حالی صورت می‌گیرد که وی پیش از این بارها بر ضرورت حمایت از این دولت تأکید کرده بود.
وی در نخستین نماز جمعه پس از انتخابات مناقشه‌برانگیز ریاست‌جمهوری سال ۸۸ گفته بود که نظر وی به نظرات احمدی‌نژاد نزدیک‌تر است.
آیت الله خامنه ای در سفر به شهر قم و در دیدار با اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز به دفاع از احمدی‌نژاد پرداخته و گفته بود که وقتی احمدی‌نژاد به خارج از کشور می‌رود٬ وی احساس نگرانی نمی‌کند. رهبر جمهوری‌اسلامی همچنین “عدم اعتقاد وی به حاکمیت دوگانه” را یکی از علل برتری احمدی‌نژاد نسبت به خاتمی دانسته بود.
