جعفر میلی منفرد معاون آموزشی و دکتر سعید سمنانیان مشاور وزیر و رئیس مرکز هیئت های امنا و هیئت های ممیزه مرکزی طی نامه های جداگانه ای استعفای خود را به دکتر نجفی سرپرست وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تقدیم کردند.
در بخشی از نامه استعفای میلی منفرد آمده است:« اکنون که در شرف انتخاب وزیر علوم جدید توسط مجلس شورای اسلامی هستیم به منظور جلوگیری از هرگونه تضییقات و هموار نمودن مسیر، استعفای خود را از معاونت آموزشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری اعلام می دارم.
رجاء واثق دارم پذیرش ناملایمات در دفاع از حقوق ملت شریف ایران و جمهوری اسلامی موجب سعادت دنیا و آخرت خواهد بود و همچون گذشته هیچ گونه خللی در تلاش و خدمت اینجانب به ملت و کشور ایجاد نخواهد کرد.»