حسین موسویان، از اعضای تیم مذاکره‌کننده هسته ای جمهوری اسلامی در دولت محمد خاتمی و از نزدیکان حسن روحانی، در گفت‌وگویی با نشریه تایم، مدعی شد که فرزند حسن روحانی، به قتل رسیده؛ قتلی سیاسی که هرگز قاتل آن پرونده نیز مشخص نشد.
موسویان در این گفت‌وگو خبر داده که فرزند بزرگ روحانی -ـ محمد ـ- در آستانه ورود به بیست سالگی، در منزل شخصی روحانی به قتل رسید. به گفته موسویان منزل روحانی آن زمان در “پایگاهی نظامی در جنوب تهران” بود. عضو سابق تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای همچنین گفته خانواده روحانی قتل فرزند خود را “سیاسی” توصیف می‌کنند. براساس همین مصاحبه، حسن روحانی سال‌ها درباره این قتل تحقیق کرد، اما در نهایت تصمیم گرفت که دست از پیگیری بردارد و سکوت کند. روحانی و نزدیکان وی تاکنون توضیحی درباره علل مرگ محمد فریدون (روحانی) نداده‌اند.
سرنوشت فرزند بزرگ حسن روحانی از جمله مواردی است که در سال‌های گذشته بارها مورد توجه رسانه‌ها قرار گرفته. پیش از برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۹۲ نیز وب‌سایت‌های اصول‌گرا نوشته بودند که او به دنبال “شکست عشقی” دست به “خودکشی” زده است. بنا به ادعای رسانه‌های اصول‌گرا، فرزند روحانی با کلت کمری پدر خودکشی کرد.
از سوی دیگر، دفن فرزند روحانی در آرام‌گاه آیت‌الله خمینی نیز مورد اعتراض اصول‌گرایان قرار گرفت؛ به گفته آن‌ها فرزند روحانی با خودکشی دست به “گناه کبیره” زده و روحانی “با استفاده از ضوابط و روابط خاص” فرزند خود را در صحن غربی آرام‌گاه آیت‌الله خمینی دفن کرده است.
آذرماه سال ۹۲ اما اکبر جباری، باجناق غلام‌حسین الهام، (سخنگوی دولت احمدی‌نژاد) در صفحه فیس‌بوک خود، با اشاره به حسن روحانی و مرگ فرزند او نوشت که دست روحانی “به خون فرزندش” آلوده است. او البته توضیح بیشتری در این‌باره نداد.
علاوه بر مسأله‌ی چگونگی مرگ فرزند روحانی، حتی سال مرگ وی نیز در هاله‌ای از ابهام قرار دارد. برخی تاریخ مرگ او را سال‌های ۷۰ و ۷۱ و برخی دیگر سال ۷۶ ذکر کرده‌اند.
چند سال پیش علی‌رضا نوری‌زاده، روزنامه‌نگار ساکن لندن، مدعی شده بود که فرزند روحانی، در زمان مرگ وصیت‌نامه‌ای از خود به جا گذاشته و در آن از جمهوری‌اسلامی انتقاد کرده. به ادعای نوری‌زاده، محمد روحانی در وصیت‌نامه خود نوشته بود: “از حکومت شما، از دروغ‌های شما، از فساد شما، از مذهب شما، از تزویر و نفاق و تقیه شما متنفرم، ننگ دارم که در چنین محیطی زندگی کنم و هر روز مجبور شوم به دوستانم به دروغ بگویم پدر من از جنس این‌ها نیست و ته دلش با ملت است در حالی که حقیقت جز این است و وقتی شما را می‌بینم که دست خامنه‌ای را می‌بوسید حالم به هم می‌خورد”.
وبسایت “خودنویس” پیش‌تر ادعا کرده بود که بنا بر نقل “دو منبع مختلف که در مقاطع مختلف همکار مرکز تحقیقات استراتژیک بوده‌اند” درباره مرگ فرزند روحانی دو فرضیه وجود دارد: “یکی از این مباحث، حاکی از لو رفتن انتقال اطلاعات محرمانه به مخالفان نظام از سوی فرزند حسن روحانی و کشف آن توسط وزارت اطلاعات بود. گفته شد که محمد روحانی با آگاهی و اطلاع دادن به پدرش، به اصطلاح «خودکشی شد». این وبسایت همچنین نوشت که به نقل از منابع خود، شایعه‌ی خودکشی به دلیل گرایش جنسی محمد روحانی را بعید می‌داند”.
سرنوشت بزرگ‌ترین پسر حسن روحانی هنوز مشخص نیست: این‌که خودکشی کرده یا با انگیزه‌های سیاسی به قتل رسیده. اگر به قتل رسیده، دلیل آن چه بوده؟ آیا مسایلی چون افشای برخی مسایل محرمانه نظام در میان بوده؟ این مساله از آن جهت مورد توجه است که زمان مرگ فرزند روحانی براساس تمام تاریخ‌های اعلام شده، بر می‌گردد به دوران وزارت علی فلاحیان در وزارت اطلاعات. دوره‌ای که بعدها و در زمان ریاست‌جمهوری محمد خاتمی مشخص شد قتل‌های سیاسی مخالفان در آن رخ داده است.
از سوی دیگر اگر علت مرگ فرزند روحانی خودکشی باشد، باز هم دلایل آن مشخص نیست. این‌که او به دلیل شکست در یک رابطه عاشقانه اقدام به خودکشی کرده یا عوامل و انگیزه‌های دیگری در این زمینه وجود دارد. حسن روحانی در خاطرات خود اشاره‌ای به این مساله نکرده و تا پیش از اظهارات تازه‌ی موسویان، رسانه‌ها و افراد نزدیک به او نیز از هرگونه اظهارنظری در این‌باره خودداری کرده‌اند.
