در جریان برگزاری کنفرانس برلین، اکبر گنجی در گفتگویی با روزنامه تاگس اشپیگل تحلیل خود را از برنامه اصلاحات در ایران ارائه کرد که اولین جنجال خبری داخلی درباره کنفرانس برلین با آن آغاز شد. کیهان روز بیست و چهارم فروردین ماه متنی را به عنوان مصاحبه گستاخانه و ضدانقلابی گنجی با روزنامه آلمانی منتشر کرد و مدعی شد که گنجی در آن مصاحبه گفته است آیت‌الله خمینی به موزه‌ی تاریخ خواهد رفت. گنجی توضیحی به روزنامه آلمانی مزبور ارسال کرد و آن تیتر را تکذیب نمود. او طی گفتگویی درباره این تیتر به خبرنگار صبح امروز نیز گفت که او هرگز چنین چیزی نگفته است و کیهان به دنبال دستاویزی است تا اصلاح طلبان را از صحنه سیاسی ایران حذف کند. [روزنامه صبح امروز – بیست و پنجم فروردین 1379]
در حالی که حمله کیهان با تجمع های اعتراض آمیز به اصطلاح خودجوش بنیادگرایان در قم حمایت می شد، صداوسیمای ایران نیز وارد ماجرا شد و طی دو شب متوالی در روزهای 29 و 30 فروردین ماه گزارشی سی دقیقه‌ای از برنامه‌ی سه روزه کنفرانس پخش کرد که در آن صدای فریادهای اعتراض‌آمیز مخالفان حاضر در جلسه با اظهارات مقطع و چهره‌ی حیرت زده‌ی برخی سخنرانان از یک طرف و عریان شدن یک زن و مرد، تلفیقی عجیب ایجاد کرده بود! در تصاویر منتشر شده از صداوسیما، که البته کاملا پس و پیش هم شده بود سخنران‌هایی در صحنه رقص نشان داده می شدند که اصلاً در روز دوم کنفرانس و در جلسه حضور نداشتند و ماجرا بگونه‌ای بود که گویی زنی نیمه عریان در حال رقصیدن است و مردی لخت مادرزاد در حال فریاد کشیدن و آنگاه سخنران‌ها نیز با ولع در حال تماشای این صحنه ها. تصاویر دقیقا چنان مونتاژ شده بود که گویی معاون فرهنگی احمدی نژاد بنیادگرا در جلسه رقص برگزار شده در ترکیه نشسته است!
همزمان با بحران ایجاد شده، مجلس پنجم، در آخرین روزهای کاری خود قانون جدید مطبوعات راکه پیش از آن کشمکش های زیادی بر روی آن صورت گرفته بود تصویب کرد. روز اول اردیبهشت ماه هفده گروه سیاسی جبهه دوم خرداد طی بیانیه‌ای اعتراض شدید خود را به بحران سازی و بهره برداری جناحی از صداوسیما اعلام کردند.مشخص بود که بحران ایجاد شده حمله‌ای سخت است و آینده نگران کننده بود. در بیانیه رفورمیست‌هاآمده بود: “مسئولان بزرگترین رسانه ملی کشور یک بار دیگر نشان دادند که برای بهره برداری های جناحی و باندی خود حاضر هستند هم وقیح‌ترین صحنه ها و مواضع ضداسلامی و ضدانقلابی را علیه نظام از رسانه ای عمومی آن هم در ایام سوگواری پخش کنند و هم از فرصتی که برای افشای ماهیت ضداخلاقی و مواضع غیردموکراتیک و خشونت گرایانه مخالفان نظام فراهم آمده است، به سهولت بگذرند و آن را با منافع جناحی خود معاوضه نمایند. ماجرای برلین بیش از همه نشان دهنده این واقعیت است که عوامل خشونت گرا و مخالفین حرکت عمیق و مردمی اصلاحات، در داخل و خارج کشور ماهیتاً از مواضع مشابهی برخوردار هستند. کدام سندی بیش از این می توانست روشنگر آن باشد که ماهیت بخشی از مخالفان نظام اسلامی و مردمی که مدعی دموکراسی و آزادی نیز هستند، تا بدان حد پست و شرم آور باشد که حتی در برلین و در مقابل بعضی عناصر منتقد نظام نیز توان استدلال نداشته باشند و مقاصد خود را با اینگونه حرکات شرم آور دنبال کنند.” [روزنامه آفتاب امروز – یکم اردیبهشت 1379]
سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی نیز در بیانیه‌ای شدیداللحن نوشت: “شب گذشته و در حالی که ملت مسلمان ایران سومین روز شهادت اباعبدالله الحسین (ع) و دومین روز شهادت سیدالساجدین علی بن الحسین (ع) را به سوگواری نشسته بودند سیمای جمهوری اسلامی ایران ضمن پخش قطعاتی گزینش شده از نشست برلین صحنه ضداخلاقی و زشتی را به نمایش گذاشت که طی آن هرزه ای منافق در اعتراض به حضور شرکت‌کنندگان ایرانی به رقص پرداخته است.این اقدام که در طول تاریخ بیست ساله پس از پیروزی انقلاب بی سابقه است چیزی جز اقدامی کثیف و رسوا در به بازی گرفتن شعور و آگاهی ملت متدین ایران و تحریک احساسات مذهبی مردم برای نیل به اهداف قدرت طلبانه نیست.”
در مقابل اعتراض‌های گسترده اصلاح طلبان به پخش تصاویر مزبور از صداوسیما، محافظه‌کاران در کنار بنیادگرایان به حمایت قاطع از این اقدام پرداختند. در همین ارتباط، محمدجواد لاریجانی در گفتگویی تصریح کرد: “موضوع مهم نمایش صحنه رقص نیست. من بعید می دانم نشان دادن صحنه‌ی رقص حرام باشد. چون بسیاری از فیلم ها صحنه رقص دارند و پخش می‌شوند. فقهای ما فتوای جامعی در حرمت مطلق رقص ندادند تا چه رسد به نمایش آن.”! وی در مورد تحریک آمیز بودن این برنامه گفته بود: “معتقدم برنامه های صداوسیما که عرق ملی را تحریک کند خیلی کم است، حتی در مقایسه با تلویزیون آمریکا، اما چون در این برنامه به ملت و قانون اساسی ما توهین شده طبیعی است که مردم تحریک شوند.”[روزنامه آفتاب امروز – سی‌ویکم فروردین 1379]
حدود صد و چهل تن از نمایندگان مجلس پنجم نیز با صدور بیانیه ای ضمن محکوم کردن این کنفرانس نوشته بودند: “ما حمایت قاطع خود را از نهادهای مقدس نظام و قانون اساسی مانند مجلس خبرگان رهبری، ولایت فقیه، سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، مجمع تشخیص مصلحت نظام و شورای نگهبان که هدف توطئه‌های شرم استکباری هستند و همچنین روزنامه نگاران و نویسندگان متعهد و وفادار به اسلام و ملت شریف ایران اعلام می نماییم.” [روزنامه همشهری – یکم اردیبهشت 1379]
همزمان با این تحولات روزنامه های راستگرا و بنیادگرا نیز به حمایت از اقدام صداوسیما و حمله به شرکت کنندگان در کنفرانس مزبور پرداختند. برای نمونه روزنامه جمهوری اسلامی در مطلبی با عنوان “وطن فروشان در کنفرانس برلین” نوشت: “دیشب شبکه اول سیما جمهوری اسلامی قسمت‌هایی از کنفرانس برلین را که تحت عنوان «ایران بعد از انتخابات 29 بهمن» برگزار شد را پخش کرد. نمایش صحنه‌هایی از فضاحت‌ها و سخنان فضاحت بارتر مطرح شده در این کنفرانس کار درستی بود که سیمای جمهوری اسلامی انجام داد. این اقدام، چهره تعدادی از وطن‌فروشان را که برای کسب رضایت بیگانگان و عناصر ضدانقلاب حاضر شدند 20سال افتخار نظام جمهوری اسلامی و فداکاری شهیدان و ایثارگران را نادیده بگیرند و از داشتن این همه افتخار ابراز ندامت کنند، افشا کرد. حضور یک روحانی‌نمای خودفروخته و چند خودفروخته‌ی دیگر در این کنفرانس به نمایندگی از طرف جریان موسوم به اصلاح طلبی نشان داد که این جریان در کدام جهت حرکت می کند. اکنون زمان تبری‌جستن وفاداران به انقلاب و نظام جمهوری اسلامی از این کنفرانس مفتضح و این عناصر خودفروخته است. مسئولان نظام جمهوری اسلامی نیز باید تکلیف مردم را با این وطن فروشان روشن نمایند.” [روزنامه جمهوری اسلامی –سی‌و یکم فروردین 1379]
روز بعد نیز این روزنامه در مطالبی دیگر اعتراض اصلاح طلبان به پخش صحنه های غیرمتعارف از تلویزیون را، «بهانه ای بنی اسرائیلی» نامید که «گوش مردم از این نغمه های عمروعاصی پر است» و نوعی «جانماز آبکشی» است.