پس از ترور حجاریان، روزنامه‌های محافظه‌کار در نوشته‌ها‌ی مختلف، از اینکه اصلاح طلبان نیروهای بنیادگرای داخلی را مسئول ترور او معرفی کرده بودند، سخت انتقاد کردند. از جمله رسالت در یادداشتی با عنوان “چرا آدرس غلط می‌دهند؟!” نوشت: “آیا کسانی که امروز این ترور را به شکست خودگان در انتخابات نسبت می‌دهند، همان حرف منافقین را تکرار نمی‌کنند؟!” -24/12/78- این روزنامه چند روز بعد نیز در یادداشتی دیگر با عنوان “آب را گل نکنید!” همین سخنان را تکرار کرد. نگفتنی است که پس از ماجرای ترور سعید حجاریان و در همان روزها، انفجار چند خمپاره پایتخت تهران را لرزانده بود و سازمان مجاهدین خلق اگر چه مسئولیت این خمپاره اندازی ها را پذیرفت، لیکن مسئولیت ترور سعید حجاریان را بر عهده نگرفت.
در این میان واکنش جبهه مشارکت، نزدیکترین حزب به سعید حجاریان از اهمیتی ویژه برخوردار است. اعضای این حزب در اولین واکنش خود در جمع خبرنگاران، نیروهای مخالف اصلاحات را عاملان ترور حجاریان دانستند. [روزنامه همشهری–بیست و سوم اسفند 1378]
ترور سعید حجاریان انعکاس جهانی گسترده‌ای یافت. رویتر، این خبر را با عنوان “ترور معمار برجسته جنبش اصلاح طلبی ایران” منتشر کرد، خبرگزاری فرانسه، خبرگزاری آسوشیتدپرس و خبرگزاری آلمان نیز در گزارشهای مختلفی به تبعات احتمالی این ماجرا پرداختند. در گزارشهای این خبرگزاری ها آنچه مورد توجه قرار داشت موتور هزارسی‌سی مورد استفاده ضاربین بود که در ایران به جز نیروهای امنیتی و نظامی، کسی را اجازه استفاده از آن نبود.
روز بعداز ترور، خاتمی به سرعت به تهران بازگشت و بر بالین حجاریان حاضر شد. همان روز سازمان مجاهدین انقلای اسلامی با صدور بیانیه ای در محکومیت ترور سعید حجاریان اعلام کرد: “اینک، محفل‌نشینان قتلهای زنجیره‌ای، برای توقف روند مؤثر تحقیق پرونده قتلها و گریز از چنگ حقیقت و اجرای عدالت، به ارتکاب قتلهای خیابانی می پردازند و در این رهگذر از توجیه شرعی و تئوریزه کردن ایدئولوژیکی تئوریسینهای خود نیز بی بهره نیستند.” این سازمان که حجاریان از اعضای آن به‌شمار می‌رفت در بیانیه خود اضافه کرده بود: “جنبش اصلاح طلبی و ملت بزرگ ایران تاکنون با حفظ هوشیاری، متانت سیاسی و پایبندی به نظم و قانون و تنها از طریق فشار افکار عمومی و نمایش مسالمت آمیز و قاعده مند اراده خویش توانسته است بر جبهه ضد اصلاحات و به ویژه محافل عقب مانده و خشونت گرای آن ضربات سیاسی و اجتماعی سنگینی وارد کند و این همان امری است که تئوریسینهای استالینی-فاشیستی مافیای قدرت، صریحاً خشم و استیصال خود را از آن اعلام داشته‌اند و دستورالعمل‌های لازم را برای خانه‌نشین کردن مردم صادر کرده‌اند. [روزنامه مشارکت- بیست و چهارم اسفند 1378]
از روز بیست و پنجم اسفند ماه، گفته شد که حجاریان از خطرمرگ نجات یافته است، لیکن او همچنان در حالت کما به سر می‌برد. روز بعد میرحسین موسوی، نخست وزیر سابق به عیادت حجاریان رفت و در جمع خبرنگاران گفت: “هر اتفاقی در جامعه می‌افتد مبتنی بر مبانی نظری است که ممکن است برای آن تبیین شده باشد و شاید کسانی که آن را تبلیغ و ترویج می‌کنند متوجه نباشند، اما گروههایی که به انقلاب طمع دارند در جهت خلاف انقلاب از تزهای تبلیغ شده استفاده می‌کنند که باید با این مسأله مقابله کرد.”
موسوی در خصوص قتلهای زنجیره ای هم گفت: “بسیار مهم است که در این لحظه خطی را که حجاریان در خصوص پیگیری قتلهای زنجیره‌ای دنبال می‌کرد دنبال کنیم. زیرا پیگیری قتلهای زنجیره ای واکسنی برای گروهها و دستگاههای امنیتی ایجاد خواهد کرد.” [روزنامه همشهری–بیست‌و‌پنجم اسفند 1378]
همان روز، بالاخره رئیس دفتر رهبرایران هم از حجاریان عیادت کرد و پیام او را به خانواده حجاریان رساند. آیت‌الله خامنه‌ای در این پیام که به صورت سراسری نیز منتشر شده هیچگونه تجلیلی از حجاریان نکرده بود.گفته می‌شد تعلل وی برای ارسال پیام بعلت مشخص نبودن سرنوشت حجاریان است و اگر حجاریان کشته می‌شد پیام تسلیت سوزناکی هم صادر می‌شد!
در پیام غیر رسمی رهبر ایران آمده بود: “بزرگترین خدمت به جنایتکاران و دشمنان پلید آن است که به جای هوشمندی در شناخت دشمن توطئه گر، کسانی از این حادثه تلخ برای هیجان افکار عمومی و ایجاد سوء ظن و اغتشاش استفاده کنند و کار را بر مأموران امنیت عمومی دشوار سازند.” [روزنامه جمهوری اسلامی–بیست و پنجم اسفند 1378]
اشاره به سخن حجت الاسلام موسوی خوئینی‌ها، مدیر مسئول روزنامه توقیف شده سلام نیز ضروری است. او پس از عیادت از حجاریان در جمع خبرنگاران گفته بود: “این ترور نشان دهنده این است که مردم باید بارها و بارها مثل دوم خرداد و 29 بهمن به صحنه بیایند تا به یاری خدا تمام ریشه فتنه از جامعه ایران زدوده شود.” موسوی خوئینی ها که خود زمانی سردسته تندروترین نیروهای چپ بنیادگرای ایران بود و در بسیاری از سرکوبهای دهه شصت نقش اول را ایفا نمود، اعلام کرده بود: “این ترور نشان می‌دهد، اصلاحات سیاسی در چارچوب قانون اساسی دشمنان قسم خورده ای دارد که نفوذ دارند و می توانند دست به اقداماتی بزنند.تصور می کنم قربانی های دیگری باید تقدیم کنیم تا ملت ایران به اصلاحت دست یابد و بدون تردید اصلاحات در چارچوب قانون اساسی متوقف نخواهد شد.” موسوی خوئینی‌ها همچنین تأکید داشت: “فردی که حجاریان را ترور کرد قبلاً رفت و آمدهای حجاریان را کنترل کرده است و این نیروهایی که امروز فریاد می‌زنند حجاریان از چهره های برجسته است، نمی‌بایست در طول این ماهها افراد تهدید کننده به قتل را شناسایی می کردند؟ به گمان من پیدا کردن ضارب، پیدا کردن یک جریان است که با جرأت تهدید می کنند و سپس آن را اجرا می کنند!” موسوی خوئینی ها به نکته مهم دیگری هم اشاره کرد. وی گفت: “اشخاصی در مخفی‌گاه خودشان نشسته و طراحی کردند که ما باید کاری بکنیم که این اصلاح طلبی برای طرفدارانشان ارزان تمام نشود.”
اسفند ماه سال 1378، در حالی که افکار عمومی نسبت به وضعیت سعید حجاریان نگران بود، به پایان رسید. کسی نمی‌دانست که فرجام کار دولت خاتمی به کجا خواهد کشید.