دستیار ویژه رییس‌جمهور در امور اقوام و اقلیت‌های دینی و مذهبی، در خصوص حقوق شهروندی معتقد است که مقلیت‌‌های دینی و مذهبی حتی آنان که به عنوان دیانت رسمی پذیرفته نشده‌اند، دارای حقوقی هستند که باید رعایت شود.
علی یونسی در گفت‌وگویی تفصیلی با خبرگزاری فارس می‌گوید: «هیچ مرجعی نگفته این فرقه‌ها از حقوق شرعی و قانونی محرومند. حتی مجرمین هم به لحاظ شرعی و قانونی دارای حقوقی هستند که هیچ کس نمی‌تواند به آنها تجاوز کند. اینها از ابن ملجم که بدتر نیستند که امیرمومنان درباره اش سفارش می‌کند، حقوقی انسانی اش رعایت شود.»
او در پاسخ به خبرنگار فارس که سعی در القای لزوم عدم اعطای حقوق شهروندی به آنچه «فرقه‌های ضاله» می‌خواند، توضیح داد: در قانون اساسی آمده است هر شهروند ایرانی از این حقوق برخوردار است. البته اینکه باید از تبلیغ و اشاعه همه گروه‌های ضاله جلوگیری شود تردیدی نیست. حقوق شهروندی یعنی هر کسی که تابعیت ایران را دارد از این امتیازات برخوردار باشند، مثلاً می‌خواهد رانندگی یاد بگیرد.