سفر خاتمی به فرانسه، اولین سفر یکی از رئیس جمهورهای ایران به این کشور پس از انقلاب محسوب می‌شود. بالاخره با رفع مانع تشریفات پذیرایی و قبول میزبان بر اینکه مشروبات الکلی بر سر سفره پذیرایی سرو نشود؛در اوایل آبان ماه1378، خاتمی عازم فرانسه شد. این سفر به دنبال دعوت رسمی «ژاک شیراک» از رئیس جمهور ایران صورت می‌گرفت. قرار بود که خاتمی در مجمع عمومی یونسکو نیز شرکت کرده و برای حاضران سخنرانی کند. روز چهارشنبه، پنجم آبان 1378، خاتمی وارد فرانسه شد و با استقبال رسمی ژاک شیراک در کاخ الیزه، مذاکرات خود را آغاز کرد. او همچنین با لیونل ژوسپن، نخست وزیر وقت فرانسه نیز دیدار کرد. درباره مذاکرات رئیس جمهور ایران و فرانسه، بجز اخبار رسمی مشخص چیزی منتشر نشد. لیکن حواشی سفر خاتمی به فرانسه بازتاب گسترده‌ای داشت. مهمترین پرسشی که در این سفر از خاتمی پرسیده شد، وضعیت 13 یهودی دستگیر شده به اتهام جاسوسی برای اسرائیل بود. یادآوری این مساله ضروری است که به دنبال موفقیتهای پیاپی سیاست خارجی خاتمی برنامه‌های متعددی از سوی بنیادگرایان اجرا شد تا این روند مختل شود. در آن زمان گفته می‌شد که دستگیری چندتن از یهودیان ساکن شیراز به اتهام جاسوسی در همین زمینه قابل فهم است. در میان گروهی که در شیراز دستگیر شده بودند و اکثر آنها یهودی بودند تعدادی نوجوان پانزده ساله نیز دیده می‌شد.
خاتمی طی یک کنفرانس خبری و در پاسخ به پرسش خبرنگار شبکه دوم تلویزیون فرانسه در خصوص دستگیری 13 نفر به اتهام جاسوسی در ایران گفت: “همه کشورها نسبت به امنیت خود حساسند، بویژه جمهوری اسلامی ایران که پس از پیروزی انقلاب با انواع توطئه ها و فشارها روبرو بوده است. برای من بسیار جای پرسش است که همیشه در جریان دستگیری جاسوسان از 13 یهودی سخن گفته می شود واز 8 مسلمانی که همراه دستگیر شدگان هستند، سخنی به میان نمی آید”. خاتمی تصریح کرد: “مسأله دستگیری عده ای به اتهام جاسوسی، ارتباطی به جنبه های مذهبی ندارد و یهودیان نیز در ایران از حقوق شهروندی برخوردارند. اگر شهروندی متهم باشد باید طبق موازین ایران، مسأله او پیگیری شود”. خاتمی دلیل طولانی شدن رسیدگی به پرونده 13 متهم دستگیر شده را دقت و همه جانبه‌نگری برای ضایع نشدن حق متهمان دانست و سپس یادآوری کرد: “این مسأله مربوط به قوه قضائیه است”. خاتمی در ادامه این کنفرانس مطبوعاتی در پاسخ به دو سؤال خبرنگار ایتالیایی درباره حقوق اقلیتها در ایران و اینکه آیا در مذاکرات خود و ژاک شیراک در خصوص مسأله افراد دستگیر شده به اتهام جاسوسی در ایران صحبت کرده است، اظهار داشت: “در مورد اقلیتها با شیراک مذاکراتی نداشتیم اما در مورد مسأله یهودیان دستگیر شده در ایران صحبت شد”. رئیس جمهوری افزود: “در این مورد در سؤالات قبلی پاسخ داده شد. در دیدار با شیراک به عنوان رئیس سازمان کنفرانس اسلامی از وی خواستم حقوق مسلمانان در فرانسه مانند سایر شهروندان رعایت شود”. [روزنامه همشهری–هشتم آبان 1378] این سخن خاتمی نشان می‌داد که در جریان مذاکرات دوجانبه دو رئیس‌جمهور مساله حقوق‌بشر در ایران مهمترین بحث بوده است و سخن خاتمی مبنی بر خواسته‌اش بر رعایت حقوق مسلمانان در فرانسه کوششی برای خروج از این فشار بود.
خاتمی در جریان این سفر در مقر سازمان یونسکو نیز سخنرانی کرد. او گفت: “برای سعادتمند شدن سرنوشت جهان، مدار قرن آتی باید بر محور گفتگو استوار شود. اگر قرن بیستم بر مدار شمشیر گشت، مدار قرن آتی ناگزیر باید بر گفتگو بچرخد و گرنه آن شمشیر، تیغ دو لبه ای خواهد شد که به هیچ کس رحم نمی‌کند و چه بسا جنگ افروزان زورمند نخستین قربانیان آن باشند”.
او در رابطه با گفتگوی فرهنگها و تمدنها نیز تأکید کرد که اغراق در خوش بینی نسبت به نتایج این پیشنهاد به اندازه اغراق در بدبینی نسبت به وضع کنونی جهان، بازدارنده و مأیوس کننده است. وی افزود: “باید به عوامل پوشیده تر در جوامع انسانی توجه کنیم تا بتوانیم به این سؤال پاسخ گوییم که چرا پیشنهاد «گفتگوی تمدنها» چنین مورد استقبال قرار گرفت. این سخنرانی از ان جهت اهمیت دارد که نشان می‌دهد خاتمی صریحا نسبت به آینده طرح خود و نتایج عملی آن چندان هم خوش‌بین نبوده است.”
خاتمی در همانجا در تحلیل مفهوم گفتگوی تمدنها؛ آن را، تأکید و توجه خاص به جنبه جمعی وجود انسان و تأکید بر جنبه عام و بی مرز فرهنگ و تمدن دانست و افزود: “فرهنگها و تمدن هایی توانسته‌اند به حیات خود ادامه دهند که دارای «قدرت مبادله» و «گفتن» و «شنیدن» بوده‌اند. شنیدن فضیلتی است که باید آن را کسب کرد، برای دست یافتن به آن باید انسان تربیت اخلاقی و عقلی داشته باشد”. [روزنامه اطلاعات–هشتم آبان 1378]
خاتمی در جریان این سفر دیداری دو ساعته نیز با صاحبان صنایع و بازرگانان فرانسوی داشت. او دراین دیدار روابط ایران و فرانسه را خوب توصیف کرد و خواستار افزایش سطح برنامه اقتصادی دو کشور شد.خاتمی ایران را به عنوان مهمترین و مناسبترین راه ارتباطی دنیای خارج با جمهوری های استقلال یافته از شوروی سابق و گفت: “ما علاقمندیم سرمایه گذاری های مشترکی را با هدف تأمین بازار صادرات در این منطقه داشته باشیم.”
در این نشست چند تن از رئیسان و مدیران شرکتهای مهم فرانسوی از جمله توتال، فینا، الستوم، الکاتل، پژو، موسسه مالی پاری با، شرکت تکنیپ، آریان اسپس و ساژم در سخنان جداگانه ای امکانات و علاقمندی خود را برای مشارکت در طرحهای ایران اعلام کرده و خواستار فراهم شدن زمینه سرمایه‌گذاری های بیشتر در ایران شدند. [روزنامه ایران–هشتم آبان 1378]
سفر خاتمی به فرانسه را باید موفقیتی مهم برای او به حساب آورد. ارتقای روابط دو کشور از گفتگوی انتقادی به گفتگوی برابر و در سطح روسای جمهور دو طرف اهمیتی یگانه در سیاست خارجی ایران دارد. از طرفی پیش‌قدمی فرانسه در دعوت از خاتمی زمینه را برای سفرهای دیگر خاتمی به اروپا نیز فراهم کرد و به آرامی او را به شخصیتی تاثیرگذار در جهان مبدل نمود.