آخرین کارشکنی شورای نگهبان در آستانه انتخابات جلوگیری از ماشینی شدن شمارش آرا بود. در آن زمان بر اساس برنامه دولت خاتمی قرار بود که شمارش آرای انتخاباتهای پس از آن بصورت ماشینی انجام شود تا امکان تقلب در آن کاهش یابد. برای آغاز این برنامه نیز بعنوان نمونه قرار بود که شمارش آرای انتخابات مجلس در تهران به صورت کامپیوتری انجام شود، لیکن تنها سه روز مانده به انتخابات؛ شورای نگهبان با ارسال نامه ای به وزارت کشور خواستار شمارش دستی آرا شد. در نامه احمد جنتی دبیر شورای نگهبان به موسوی لاری وزیر کشور تاکید شده بود که چون “شمارش دستی مجرب در دوره های گذشته اطمینان بخش تر از شمارش ماشینی تجربه نشده برای شورای نگهبان است” بنابراین شمارش ماشینی آراء منتفی خواهد بود.
روز قبل از انتخابات رئیس جمهور در یک پیام رادیو تلویزیونی همه مردم را به حضور فعال در انتخابات فراخواند و گفت: “ملت با انتخاب فراگیر خود نه تنها اراده اش را در عرصه حاکمیت ابراز و استوار می کند، بلکه به رئیس جمهور و دولت متنخب خود برای رسیدن به اهداف والای ملت و وعده هایی که داده شده است بیشترین کمک را خواهد کرد.”
روز جمعه 29 بهمن 78، بالاخره ششمین دوره انتخابات مجلس برگزار شد. حضور کم سابقه مردم که تا چند ساعت پس از پایان وقت قانونی انتخابات نیز برای رأی دادن در شعبه های مختلف اخذ رأی حاضر می‌شدند نشان می‌داد که اتفاقی جدید در حال وقوع است. اتفاقی که آیت‌الله یزدی نیز آن را احساس کرده و در نماز جمعه همانروز در خصوص انتخابات مجلس ششم با “شهادت دادن” بر این که “شورای نگهبان به هیچ وجه با هیچ جناحی و حزبی ارتباط ندارد”، با اشاره به اظهارات رئیس جمهوری آمریکا در ارتباط با انتخابات ایران، گفت: “کلینتون از آن سوی دنیا می‌گوید شورای نگهبان ردصلاحیت کرده است و ادعا می‌کند این ضربه است به اصلاح طلبان، کلینتون! به چه چیزی فکر می‌کنید؟ خیال می‌کنید آمریکا هنوز یک قدرت منحصری است که می‌تواند بر همه دنیا حکومت کند؟ گذشت آنروزها که حکومت تک قدرتی بود. کشور ما در شرایط کنونی که به قول شما اصلاح طلبان درصدد اصلاح هستند و شما به اصلاح‌طلبان چشم دوخته‌اید، بدانید که همین اصلاح‌طلبان هیچگاه حاضر نیستند که به بیگانه اجازه بدهند بیاید و در کشورشان دخالت بکند”. [روزنامه همشهری- سی‌ام بهمن 1378]
روز بعد آیت الله خامنه‌ای مطابق معمول طی پیامی انتخابات 29 بهمن را هم حماسه ملی نامید. [روزنامه رسالت–یکم اسفند ماه 1378] رئیس جمهور نیز در پیامی دیگر انتخابات را پیروزی ملت ایران نامید.
از روز یکشنبه اول اسفندماه در حالی که آرام آرام نتایج رأی مردم در بعضی شهرستانها اعلام می‌شد نگرانی‌های بنیادگرایان افزایش می‌یافت. اوائل اسفند سیدمصطفی تاج زاده رئیس ستاد انتخابات کشور طی سخنانی اطمینان داد که مردم نگران جابجا شدن آرای خود در انتخابات نباشند و افزود: “وزارت کشور با علم به مشکلات شمارش دستی آرا و با آگاهی از اشتیاق مردم از اطلاع هر چه سریعتر از نتایج انتخابات، به منظور دقت و سرعت بیشتر، برآن بود که شمارش آرای تهران را به روش دستگاههای رایانه ای انجام دهد که در اینصورت ظرف 24 ساعت نتایج انتخابات اعلام می‌شد. با این حال و با وجود تمهیدات انجام شده در این خصوص، نهایتاً حسب نظر شورای نگهبان مقرر شد شمارش آرای حوزه انتخابیه تهران به روش دستی صورت گیرد.” تاج زاده با بیان این مطلب که در تهران تعداد نامزدها تقریباً دوبرابر انتخابات گذشته است و تعداد شرکت کنندگان در انتخابات هم نسبت به انتخابات گذشته بیشتر است گفت: “با توجه به اینکه طبق اطلاعات واصله بطور متوسط اسامی نامزدهایی که بر روی تعرفه های رأی درج شده است تقریباً دوبرابر انتخابات مجلس پنجم است، کار شمارش آراء اندکی به طول می‌انجامد.” او وعده داد که نتایج انتخابات تهران تا پایان هفته اعلام شود. همانروز نخستین نتایج شمارش آرای تهران نیز منتشر شد. پیروزی قاطع اصلاح‌طلبان در این انتخابات با مشارکت بی‌سابقه مردم بدست آمده بود. در این نتایج چند نکته حائز اهمیت وجود داشت. اول آنکه سیدمحمدرضا خاتمی برادر رئیس جمهور و از اعضای جبهه مشارکت نفر اول تهران بود و علیرضا نوری برادر عبدالله نوری نفر دوم تهران. دیگر آنکه علی‌اکبر هاشمی‌رفسنجانی در انتهای جدول قرار داشت و حتی ممکن بود در جمع سی نفر نهایی قرار نگیرد. بالاخره آنکه علیرضا رجایی نامزد مورد حمایت نیروهای ملی‌مذهبی و مطبوعات موفق به کسب آرای لازم برای ورود به مجلس شده بود.
این لیست در روزهای آینده تفاوت چندانی نکرد و با گذشت زمان هاشمی رفسنجانی تا رتبه سی‌ام پایین رفت. حتی در اینباره که او نفر سی ام تهران است یا علی اکبر رحمانی اختلاف نظری جدی وجود داشت. گفته می‌شد از آنجا که از حوزه تهران دو نفر با نام رحمانی شرکت کرده‌اند و تنها علی اکبر رحمانی نامزد مورد حمایت جبهه مشارکت، شهرت بیشتری داشت در شمارش آراء نام رحمانی بین آن دو تن تقسیم شده بود. علی اکبر رحمانی معتقد بود که در بسیاری از حوزه ها رأی او به نام دیگری ثبت شده است. حتی گفته می‌شد حداقل براساس قانون نیمی از آرای شمارش شده به نام رحمانی نیز به حساب او واریز نشده است. اختلاف آرای هاشمی رفسنجانی و علی اکبر رحمانی کمتر از 9 هزار رأی بود و چنانچه اعتراض رحمانی مورد قبول واقع می‌شد او به عنوان نفر سی ام وارد مجلس می‌شد و هاشمی رفسنجانی از راهیابی به مجلس باز می ماند.
با گذشت زمان اخبار مهم دیگری هم افشا شد. از جمله آنکه تاج زاده خبر داد فائزه هاشمی- نفر دوم تهران در انتخابات مجلس پنجم- طی نامه ای درخواست کرده است که چون کسی او را با نام هاشمی نمی شناسد، آرایی که با نام هاشمی در صندوق‌ها ریخته شده را به حساب او نگذارند. دیگر آنکه یک منبع موثق در وزارت کشور خبر داد که هیأت نظارت شهرستان تهران با ارسال بخشنامه ای به ناظران خود از آنها خواسته است که آرایی که صرفاً با نام خانوادگی رجایی نوشته شده است برای سعید رجایی خراسانی منظور شود! این در حالی بود که علیرضا رجایی کاندیدای ملی‌مذهبی‌ها صدها هزار رأی بیش از رأی مورد نظر هیأت نظارت رأی آورده بود. گفته می شد فرمانداری تهران خواستار لغو این بخشنامه شده است، لیکن هیات نظارت در برابر خواسته دولت مقاومت می‌کرد.[روزنامه عصرآزادگان-پانزدهم اسفند 1378]