روزنامه دولتی ایران چند روز بعد از ترور حجاریان، در گزارشی از جنایات احتمالی دیگری که ضارب یا ضاربان حجاریان انجام داده‌اند، خبر داد. ایران نوشته بود: “نتیجه تحقیقات اداره تشخیص هویت و قاضی جنایی تهران نشان می دهد گلوله ای که به وی (سعید حجاریان) شلیک شده متعلق به یک اسلحه کمری کالیبر 9 است و به نظر می رسید با چنین اسلحه ای قتلهای دیگری نظیر قتل یک بازرگان تهرانی در مقابل روزنامه ایران انجام گرفته است.”
قاضی کشیک جنایی تهران درباره پرونده ترور حجاریان گفته بود: “پس از اطلاع از وقوع حادثه در محل حاضر و درباره سوءقصد به جان سعید حجاریان به تحقیق پرداختم که مأموران حوزه انتظامی 113 با هماهنگی مأموران اداره تشخیص هویت درباره نوع اسلحه تحقیق کردند. در جریان آزمایشات مشخص شد مدیر مسئول روزنامه صبح امروز با سلاح کمری کالیبر 9 مورد حمله قرار گرفته است.” به نوشته این روزنامه حسن فتاح پور، بازرگان مواد غذایی نیز شب 28 مهرماه 78 در حیاط خانه اش در |مقابل دفتر روزنامه ایران با اسلحه‌ای مشابه ماجرای ترور حجاریان به قتل رسیده بود . مأموران انتظامی کلانتری 104 که به همراه محمد سلطان همت یار قاضی کشیک جنایی در محل حادثه سرگرم تحقیق درباره این جنایت بودند متوجه شدند که قاتلان ناشناس دو مرد موتور سیکلت سوار بودند که احتمالاً از زمان رفت و آمد مقتول به خانه اش مطلع و او را تعقیب کرده بودند. کارشناسان جنایی اعلام کردند که مقتول با شلیک سلاح کمری کالیبر 9 به قتل رسیده است. آثار این جنایت نشان می داد که انگیزه قتل مرد بازرگان عمل مجرمانه نیست و مقتول به علل نامعلومی توسط افراد حرفه ای از پای در آمده است! ایران درباره این علل نامعلوم توضیح نداده بود اما در محافل گفته می شد که بازرگان مزبور نیز توسط تیم های ترور حکومتی به قتل رسیده است.
روزنامه ایران به دو نکته مهم دیگر هم اشاره کرده بود. اول آنکه به گزارش این روزنامه عکس ضارب سعید حجاریان که در مراسم تشییع پیکر شهید صیاد شیرازی حضور داشته، شناسایی شده بود و دیگر آنکه نوشته بود: “شنیده های دیگری هم حکایت از آن دارد که این فرد قاتل شهید عزت ابراهیم‌نژاد که در حادثه کوی دانشگاه تهران کشته شده است نیز می باشد.”
مساله قابل تامل دیگر در ماجرای ترور حجاریان آن بود که ضاربان وی با موتور هزار عملیات خود را انجام داده بودند و بر اساس اطلاعاتی که در آن زمان منتشر شد تنها 110 موتور سیکلت سنگین 750 تا 1000 سی سی در کشور وجود داشت که دارای مالکان مشخص و شناخته شده بودند. از طرفی کسی که سوار این موتور شده بود بی تردید بارها از آن استفاده کرده بود و موتور سوار کارکشته ای بود. و این نکته نشان می داد که موتور مزبور همواره در اختیار او بوده است. زیرا رانندگی با موتورهای 1000 سی سی بسیار مشکل است، بخصوص در مواردی که عملیات ترور در میان باشد. در نتیجه کسی که رانندگی موتور را بر عهده می‌گیرد که قدرت مانور و توان حرکت در خیابانهای شهر را داشته باشد. این نکته نشان می داد که فرد مورد نظر اولا حرفه‌ای است و ثانیا وابسته به نهادی است که چنین موتورهایی را در اختیار دارد و بجز اطلاعات سپاه پاسداران، حراست قوه قضائیه و وزارت اطلاعات نهاد دیگری دسترسی به چنین موتورهایی نداشت.
در روز دوم ترور آیت الله نورمفیدی نمایندهرهبر ایران در استان گلستان، محمدرضا خاتمی، هادی خامنه ای، بهزاد نبوی، مصطفی هاشمی طبا، عباس عبدی، هادی خانیکی و محسن آرمین ضمن حضور در بیمارستان سینا از سعید حجاریان عیادت کردند. هادی خامنه ای هنگام ترک بیمارستان سینا در پاسخ به این سوال که به نظر وی ترور حجاریان توسط چه کسانی طرح ریزی و اجرا شده است گفته بود: “به نظر من هر کس که علیه انقلاب اقدامی انجام دهد یک رابطه مادی و یا معنوی با خارج از کشور دارد. اما در مورد ارتباط ترور حجاریان با گروههای تروریستی خارج از کشور، تصور می‌کنم که نیاز به چنین تحلیلی وجود ندارد چرا که افراد و گروههایی که نزد مردم کاملاً شناخته شده است، قبلاً در سخنرانی ها و تریبون های خود علناً و بطور مستقیم و غیرمستقیم، گروه اصلاح طلبان و مخصوصاً سعید حجاریان را مورد تهدید قرار می دادند و با این عمل بطور غیرمستقیم به دشمن خارجی خدمت کردند.”
ترور حجاریان واکنشهایی گسترده ای در پی داشت. روزنامه های اصلاح طلب در تحلیل های خود ضمن محکوم کردن تریبونهایی که خشونت را تقدیس می‌کنند، حادثه مزبور را داخلی دانستند. اشاره آنها صریحا به سخنان تحریک آمیز آیت‌الله مصباح یزدی بود که هر هفته در نماز جمعه تهران صریحا به دفاع از اندیشه خشونت می‌پرداخت . عطاءالله مهاجرانی، وزیر ارشاد وقت، طی یادداشتی در روزنامه اطلاعات نوشت: “مدتهاست خشونت و بلکه صراحتاً می توان گفت آدم کشی، تقدیس و تشویق می شود، با اشاره و کنایه، افرادی نشانه گرفته می‌شوند و کار آنان در قلمرو اندیشه و فرهنگ و مشخصا مطبوعات، فتنه اشد از قتل معرفی می‌شود. آیا این فضاسازیها و مشروعیت بخشیدن به خشونت وقتی سرانجامی مثل ترور حجاریان را در پیش دارد، نمی خواهد از آفرینش انگیزه ترور دست بردارد؟”[روزنامه اطلاعات–بیست و سوم اسفند 1378]
روزنامه ایران نیز در یادداشتی با عنوان “ترور حجاریان و نظریه پردازان حزب خشونت” ترور حجاریان را ادامه ترورهای مخالف خارج از حاکمیت در قتلهای زنجیره ای توصیف کرد. [روزنامه ایران– بیست و سوم اسفند 1378] روزنامه صبح امروز نیز در یادداشتی با عنوان “هدف ترور” با اشاره به سوابق ترور حجاریان در سال 1360 توسط سازمان مجاهدین خلق نوشت: “در واقع هم گروه رجوی، هم محافلی که قتلهای زنجیره ای را در کشور هدایت کردند، در مظان این جنایت هستند.” اکبر گنجی نیز در یادداشتی دیگر با عنوان “عالیجناب خاکستری و مشکل حجاریان” نوشت: شنبه شب وقتی ساعت 22:30 در میدان هفت تیر با سعید حجاریان از صبح امروز خارج شدیم و به طرف ماشینها می رفتیم نظر او را پرسیدم گفت: “شاه کلید قطعاً باید محاکمه شود ولی احتمال فرار او وجود دارد، این خطری است که می تواند بحران آفرین باشد.” وقتی از همدیگر جدا می‌شدیم، طبق معمول او به تنهایی سوار ماشین پیکان خود شد و رفت. من به یاد آوردم که چند روز پیش به او گفتم: “سعید گفته اند تو [حجاریان] بهترین سوژه هستی. 24 ساعته مراقب تو هستند، تلفن‌هایت شنود می شود، از تو فیلم گرفته می‌شود، چندین نفر شنودهای تلفنی تو را پیاده می‌کنند، آنها تو را عامل تمامی تحولات کشور از دوم خرداد 76 تاکنون محسوب می‌کنند و گمان می برند با زدن تو، کل پروژه اصلاحات دود می‌شود و به هوا می رود.” به سخنانم خندید و گفت: “همیشه این مسائل وجود داشته است، نگران نباش. تو به فکر خودت باش. این نوع تهدیدها دائماً به من گوشزد می‌شود. مثلاً قرار بود همچون سالهای گذشته در مراسم سالگرد شهید (… ) شرکت کنم. ولی از طریق منابع مؤثق به من خبر دادند که قرار است در آن مراسم تو را بزنند، لذا متأسفانه نتوانستم به آنجا بروم. به جایش عید به منزل پدرش رفته و از او عذرخواهی خواهم کرد.”
گنجی اضافه کرده بود: “طی هفته گذشته سعید به شدت نگران ترور یا بازداشت من بود. با افراد بسیاری به گفتگو نشست. چندین نوبت با من سخن گفت. ولی مسأله این بود: در حالی که من سوژه فوری ترور محسوب می شدم و در حالی که از من خواسته می شد دیگر کاری به کار شاه کلید و عالیجنابان خاکستری نداشته باشم و چنان قلمداد می‌شد که دیگر ترور اندیشمندان پایان یافته است، سعید حجاریان توسط افرادی که سوار موتور هزار بودند ترور شد. هنوز هم به جد فکر می کنم تا وقتی شاه کلید و عالیجنابان خاکستری آزاد باشند، ترور و جنایت ادامه دارد. من به مردم خود خیانت نخواهم کرد و ترور سعید حجاریان را شاهدی بزرگ بر تأیید نظر خود می گیرم. عالیجنابان خاکستری، سعید حجاریان را افشاگر عاملان قتلها و انحرافات پرونده قتلها از مسیر اصلی می دانند. آنان گمان می برند که با کشتن او، پرونده اصلاحات در نطفه خفه و عالیجنابان نجات خواهند یافت.”[روزنامه صبح امروز– بیست و سوم اسفند 1378]