آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری‌اسلامی، در یک سخن‌رانی با اشاره به بحث افشای “بورسیه‌های غیرقانونی” توسط دولت روحانی، “سروصدا” در این باره را از جمله “غلطترین” کارها توصیف کرد.
خامنه ای علاوه بر آن‌که مساله‌ی بورسیه‌ها را “یکی از غلطترین کارهای یکی دو سال اخیر” توصیف کرد، گفت که این مساله “به آن شکل، راست هم نیست” و آن‌طور که “روزنامه‌ها با آن بازی کردند هم نبود”. به گفته او راه برخورد با این مساله آن نبود که “مساله را روزنامه‌ای کنیم”؛ بلکه “یک تعدادی برخلاف قانون یک امتیازی به‌دست آوردند؛ خیلی خب، راه قانونی وجود دارد: لغو کنند آن امتیاز را؛ سروصدا ندارد”.
آیت‌الله خامنه‌ای همچنین این مساله را “خلاف قانون”٬ “خلاف تدبیر” و “خلاف اخلاق” دانست و اضافه کرد که در جریان این مساله “ظلم هم شد - به خیلی‌ها ظلم شد” و به گفته او مسوولان این کار “مدام دم از اخلاق هم میزنند. توبه‌فرمایان چرا خود توبه کمتر می‌کنند! این کار اخلاقی بود”؟
اشاره رهبر جمهوری اسلامی به مساله بورسیه‌های غیرقانونی است که توسط مسوولان دولت روحانی فاش شد.گفته می‌شود که یکی از دلایل اصلی استیضاح رضا فرجی‌دانا -ــوزیر آموزش عالی ـ- توسط مجلس نهم نیز همین مساله بوده است. روحانی پیش و پس از استیضاح فرجی‌دانا چندین بار تکرار کرد که دولت عزم خود را برای برخورد با این مساله جزم کرده است.
پس از سخنان آیت‌الله خامنه‌ای، یک مقام وزارت علوم درباره سخنان او توضیح داد. به گفته سعدالله نصیری قیداری، معاون پارلمانی وزیر علوم، در این ارتباط “تمام فعالیت‌ها به صورت کارشناسی و غیرسیاسی انجام شده‌است”. با این حال او سخنان خامنه ای درباره رسانه‌ای شدن نام افراد و ظلم به آن‌ها را تایید کرد و گفت که این وزارتخانه پیگیر این مساله است.
براساس گزارش وزارت علوم دولت روحانی در جریان اعطای بورسیه‌ها یکی از مسوولان این وزارتخانه “خارج از اختیارات مرسوم و قانونی و براساس روابط فردی یا سلیقه ای ۷۵۰ نفر را برای بورسیه معرفی کرده بود”. همچنین براساس این گزارش دانشجویان رشته‌هایی نظیر زبان و ادبیات فارسی، تاریخ انقلاب اسلامی ایران، فقه و حدیث، مدرسی انقلاب اسلامی، نهج البلاغه، معارف اسلامی و رشته‌های مشابه برای تحصیل به خارج اعزام شده‌اند.
براساس گزارش وزارت علوم در جریان اعطای این بورسیه‌ها تخلف‌هایی نظیر عدم رعایت قانون اعزام دانشجو و آئین نامه اجرایی آن٬ تصویب ضوابط فراتر از اختیارات شورای مرکزی بورس٬ پیش بینی معیارهای پایین علمی برای پذیرش داوطلبان٬
عدم کنترل شرایط حداقلی (معدل و سن) تعیین شده٬ غیر قابل توجیه بودن انجام هزینه های گزاف اعزام به خارج، اعزام برخی افراد برای تحصیل در رشته های غیر مورد نیاز کشور،عدم رعایت ظرفیت پذیرش توسط دانشگاه ها در موارد متعدد،عدم اخذ نظر مثبت گزینش یا هیئت جذب برای اعلام قبولی و عدم کنترل اصل مدارک تحصیلی شامل معدل مقاطع قبل و اکتفا به خود اظهاری رخ داده بود. محمدعلی نجفی که پس از استیضاح رضا فرجی‌دانا به عنوان سرپرست وزارت علوم مشغول به کار شد، در مصاحبه‌ای خبر از تخلف بیش از دو هزار نفر در جریان بورسیه‌ها داده بود.
پس از انتشار سخنان آیت‌الله خامنه‌ای، وب‌سایت رجانیوز - نزدیک به جبهه پایداری - نوشت: “اظهارات صریح و شفاف رهبر انقلاب نشان می دهد عملکرد سیاسی و غیر اخلاقی دولت یازدهم و بویژه وزارت علوم در دو سال گذشته تا چه اندازه ضمن آسیب های متعددی که در عرصه دانشگاه ها داشته است، در راستای پیشبرد اهداف سیاسی دولتی بوده است که برای فراموشی پرونده های کرسنت یا رانت ۶۵۰ میلیون یورویی وزارت صنعت، نهایت تلاش خود را انجام داده تا با دست گذاشتن بر معدود تخلفات بورسیه در دولت قبل، با ظلم به بیش از ۳۰۰۰ خانواده دانشجویان بورسیه خود را فساد ستیز و قهرمان مبارزه با رانت خواری معرفی کند”.
