پنجم اردیبهشت ماه 1379، دادگستری تهران در اطلاعیه ای که خبر از توقیف چند نشریه می داد تحلیل قوه قضائیه و به بیان دیگر بخش بنیادگرای حاکمیت از وضعیت نشریات رفورمیست ایران را چنین توصیف کرد: “متأسفانه علی‌رغم هوشیاری بسیاری از صاحبان نشریه ها و اهل قلم در شناسایی و مقابله با توطئه ها، بعضی از عوامل نفوذی دشمن با رخنه و ایجاد پایگاه‌هایی در برخی مطبوعات داخلی و جذب عناصر خودفروخته و بعضاً ساده لوح از طریق نشریات و جراید، هدف اربابان خود را تعقیب نموده و بر خلاف قانون اساسی جمهوری اسلامی، قانون مطبوعات و سایر قوانین، مطالبی علیه مبانی و احکام نورانی اسلام، مقدسات مذهبی ملت شریف ایران، ارکان نظام جمهوری اسلامی، مصالح جامعه و امنیت و وحدت ملی منتشر نموده‌اند تا جایی که دشمنان را خوشحال و مردم متدین و مسلمان ایران و حتی مقام معظم رهبری، علمای اسلام و مسئولین عالی‌رتبه نظام را نگران کرده‌اند. بر همین مبنا تعدادی از محاکم دادگستری استان تهران بر اساس مسئولیت و وظیفه ای که قانون بر دوش قوه قضائیه در زمینه پیشگیری از جرم قرار داده است، پس از تذکرات مکرر به این دسته از نشریات متخلف و انجام اقدامات تأمینی مکرر برای جلوگیری از وقوع و تکرار جرم و با توجه به شکایات وارده و نیز با استفاده از محتویات پرونده های متشکله دال بر اصرار به تخلف از مواد 6 و 7 قانون مطبوعات مصوب سال 1364 به منظور پیشگیری از وقوع جرایم بعدی که اثرات سوئی در اذهان و افکار عمومی داشته و موجب نگرانی اقشار مختلف جامعه می باشد، به استناد بند 5 اصل 156 قانون اساسی جمهوری اسلامی و ماده 13 قانون اقدامات تأمینی و تربیتی مصوب 1339 دستور توقیف موقت تعدادی از نشریات را صادر نمود.”[روزنامه رسالت – ششم اردیبهشت 1379]
قوه قضائیه جمهوری اسلامی ایران، مطبوعات رفورمیست را بر اساس قانونی توقیف کرده بود که چهل سال قبل از آن و در سالهای اولیه‌ی پس از کودتای 28 مرداد علیه دولت ملی مصدق توسط دولت کودتا تهیه شده بود. نکته دیگر در اطلاعیه دادگستری آن بود که حتی در برخی موارد به دلیل عجله‌ی مسئولان توقیف کننده اسامی مسئولان نشریات توقیف شده اشتباه ذکر شده بود. از جمله نام مدیرمسئول روزنامه آفتاب امروز اشتباهاً فریدون عموزاده خلیلی عنوان شده بود. در حالی که مدت ها پیش از آن مدیرمسئولی این روزنامه را فرهت فردنیا بر عهده داشت.
توقیف مطبوعات پیش از آنکه در دادگاه صالح محاکمه شوند، از سوی حقوقدانان و دولت غیرقانونی اعلام شد؛ لیکن آنچنان که در حکومت ایران مرسوم است کمترین توجهی به مبانی حقوقی صورت نگرفت و حتی افراد کم سوادی مانند سعید مرتضوی بعدها روش‌های مضحک خود را به‌عنوان رویه‌ی حقوقی درآوردند و به پاس خدماتشان در دانشگاه آزاد مشغول تدریس حقوق شدند!
توقیف گسترده‌ی مطبوعات بازتاب گسترده ای در سطح بین المللی داشت و خبرگزاری های خارجی از آن به عنوان بی سابقه‌ترین حادثه دوره اصلاحات نام بردند. خبرگزاری فرانسه در گزارشی نوشت: “تندروها در ایران در اقدامی تازه برای ضربه زدن به دولت خاتمی، رئیس جمهوری اصلاح‌طلب ایران 12 نشریه را تعطیل کردند.این اقدام در تاریخ 21 ساله جمهوری اسلامی ایران بی سابقه بوده است. همه این نشریات که شامل چندین روزنامه و چندین هفته نامه و ماهنامه است از حامیان برنامه های اصلاحی دولت خاتمی بوده‌اند.”
خبرگزاری فرانسه در گزارش دیگری با اشاره به سخنرانی خاتمی در جمع نیروهای مسلح (در روز ارتش) آورده بود: “خاتمی با تأکید بسیار همه را به آرامش دعوت کرد و گفت: «امروز ایران بیش از هر زمان دیگری به آرامش نیاز دارد.» مدیران روزنامه های اصلاح طلب که روزنامه های تعطیل شده هم در میان آنها قرار داشتند نیز با انتشار بیانیه ای مردم را به آرامش دعوت کردند.”
خبرگزاری رویتر نیز در گزارشی به سخنان بهزاد نبوی عضو سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی و نماینده مجلس ششم اشاره کرده و نوشته بود: “بهزاد نبوی، سخنگوی انتلاف دوم خرداد و از نزدیکان رئیس جمهوری با دعوت عموم مردم به آرامش گفت: «جبهه دوم خرداد با هرگونه اقدام تند که دست خشونت طلبان را برای اقدامات بعدی باز بگذارد مخالف است.» این دعوت به آرامش نشان می دهد که آنها از وقایعی که قرار است اتفاق بیفتد باخبرند.”
خبرگزاری رویتر با اشاره به دستگیری شمس الواعظین، سردبیر روزنامه عصرآزادگان، اکبر گنجی و همچنین لطیف صفری (مدیرمسئول روزنامه لغو امتیاز شده نشاط) آورده بود: “در حالی که این روزنامه‌نگاران طی چند روز دستگیر و طبق احکام صادره توسط دادگاه روانه‌ی زندان شده‌اند، تعداد دیگری از روزنامه نگاران و مدیران مسئول مطبوعات در انتظار حکم دادگاه هستند.” خبرگزاری رویتر در ادامه گزارش خود با اشاره به اظهارات چندتن از روزنامه نگاران و اصحاب مطبوعات، این اقدام دادگاه مطبوعات را غیرقانونی دانسته بود. خبرگزاری رویتر در گزارشی دیگر آورده بود: “خاتمی که خود قبلاً روزنامه نگار بوده است در مدت سه سالی که از ریاست جمهوری‌اش می گذرد همواره حامی مطبوعات و روزنامه نگاران مستقل بوده است. اما بخش عمده مخالفت های تندروها با دولت خاتمی را حمله به مطبوعات تشکیل می دهد.“همچنین این خبرگزاری در گزارش دیگری، تعطیلی 12 نشریه از سوی قوه قضائیه را اقدامی تازه برای ضربه زدن به اصلاح طلبان دانسته بود.
روز سه شنبه ششم اردیبهشت ماه، بیانیه‌ی جبهه دوم خرداد منتشر شد که در آن به توقیف گسترده مطبوعات اعتراض شده بود. در این بیانیه آمده بود: “توقیف شبانه دوازده روزنامه و نشریه که برخلاف رویه متعارف و با تمسک به مواردی نامأنوس از قوانین گذشته و خارج از ضوابط مطبوعات انجام گرفت، هدف از تبلیغات فشرده و زمینه سازی های تصنعی را در هفته ها و روزهای اخیر آشکارتر می‌کند. این اقدام بی سابقه و سؤال برانگیز که در مقیاس ملی و جهانی نیز جز در روند تلاش های تحریک آمیز و خشن کمتر موارد مشابهی داشته است، تضعیف مدیریت قوه قضائیه و استقلال آن و ارکان نظام جمهوری اسلامی را هدف قرار داده است.” اگرچه در این بیانیه صریحا سخن از کودتا نیامده بود اما اشاره به «تلاش های تحریک آمیز و خشن» به همان معنی تلقی شد.
در ادامه‌ی این بیانیه تاکید شده بود: “بستن ناگهانی 12روزنامه و نشریه را باید در سلسله‌ای از اقدام‌های زنجیره‌ای دید که از سوی «ستادها»ی بحران سازی طراحی شده و به عنوان بخشی از استراتژی فعال مخالفان برلین، فضاسازی‌های مستمر صداوسیما و تنزل آن از سطح رسانه ای ملی به ابزاری جناحی، سازمان دادن شعارسازی ها و شاعرنویسی های سرتاسری و تلاش برای تحریک احساسات مذهبی مردم و تشکیل اجتماعات و اعمال تعطیلی ها و تحصن های جهت دار و افراطی سیاسی و اکنون توقیف جمعی 12 روزنامه و نشریه همه و همه حکایت از جهت گیری بحران سازی ها و تشنج آفرینی ها به سوی جبهه دوم خرداد و نیروهای متدین طرفدار اصلاحات و فرزندان پاکباخته انقلاب و امام دارد.”[روزنامه همشهری – ششم اردیبهشت 1379]