اگرچه تلاش دولت برای تغییر قانون انتخابات بی ثمر بود اما تا حدی منجر به عقب نشینی بنیادگرایان هم شد. ذکر این مساله ضروری است که دولت خاتمی یک بار دیگر هم در اواخر دومین دوره ریاست جمهوری او تلاش کرد تا قانون انتخابات را تغییر داده و عناصر غیر دموکراتیک آن از جمله نظارت استصوابی را محدود کند، لیکن آن تلاش هم بی ثمر بود. در واقع قانون انتخابات در پنجاه سال اخیبر مهمترین چالش رفورمیستها با جریانهای استبدادی و تمامیت خواه بوده است که نمونه دیگر تلاش برای تغییر آن را در دوره مصدق دیده ایم.
به هر صورت با فشار دولت خاتمی و حساسیت افکار عمومی، مجلس طرح دیگری با نام «لزوم رسیدگی دقیق به شکایات داوطلبان ردصلاحیت شده در انتخابات مختلف» که در آن شورای نگهبان موظف به ارائه مدارک ردصلاحیت به نامزد ردصلاحیت کرده، می شد را تصویب کرد. البته این طرح از سوی شورای نگهبان رد شد لیکن با تصویب مجدد این طرح در جلسه روز 18 مهرماه مجلس، سرنوشت آن به مجمع تشخیص مصلحت نظام به ریاست هاشمی رفسنجانی محول شد که این مجمع نیز مصوبه مجلس را با تغییراتی تایید کرد. هاشمی در تایید این مصوبه نقشی اساسی داشت و می کوشید تا چهره ای اصلاح طلب از خود به نمایش بگذارد.
بر اساس این مصوبه دلایل و مدارکی که دال بر رد صلاحیت داوطلبان می شد تنها می بایست از مراجع نظارتی و اجرایی قانونی ارائه و ارسال شود، و در غیر اینصورت مدرک مزبور غیرقانونی شناخته می شد. پیش از آن شورای نگهبان به هر گزارشی که خود صلاح می دانست استناد می کرد و البته پس از آن هم بجز مجلس ششم، هر گونه که خود خواست عمل کرد.
از اواسط مهرماه 78، بحث انتخابات به یکی از مسایل روزانه مطبوعات و محافل سیاسی تبدیل شد. در همین زمان وقتی جلسه مشترک دو گروه رقیب سیاسی روحانی- مجمع روحانیون مبارز و جامعه روحانیت مبارز- در قم تشکیل شد برخی این جلسه را سرآغاز ائتلاف جناح های راست و چپ برای انتخابات تعبیر کردند، لیکن چنین چیزی به واقعیت نپیوست. آن روزها حمیدرضا ترقی، عضو جمعیت موتلفه طی گفتگویی خبر از تشکیل کمیته حل اختلاف وفاق برای نزدیکی جناح های راست و چپ داده بود. [روزنامه آفتاب امروز-نوزدهم مهر 1378] این اخبار نگرانی و خشم رفورمیست های رادیکال تر را بر می انگیخت.
از اوخر مهرماه و پس از آنکه مجلس، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام را از استعفا برای شرکت در انتخابات مجلس معاف کرد، بحث درباره حضور هاشمی رفسنجانی در انتخابات شدت گرفت. علی شکوری راد، سخنگوی جبهه مشارکت در اینباره با خاطر نشان کردن این نکته که «حضور هاشمی رفسنجانی در انتخابات از شفافیت فضای انتخابات می کاهد» وزن سیاسی هاشمی را «بسیار سنگین» دانسته و گفته بود: «در مورد حضور این چهره سیاسی در انتخابات گروههای مختلف سیاسی نظریات موافق و مخالف دارند» [روزنامه همشهری-بیست وهفتم مهر 1378]
چند روز بعد عباس عبدی طی سخنانی ستیزه جویانه خبر داد: «ممکن است با ناطق نوری هم ائتلاف کنیم اما ائتلاف با هاشمی رفسنجانی را درست نمی دانیم چون ایشان بنیان های اخلاقی را در جبهه دوم خرداد به هم می ریزد.» او در بیان تفاوت خاتمی و هاشمی گفته بود:«خاتمی ذره ای به قدرت و صندلی نچسبیده ولی هاشمی به شدت چسبیده اند.» عبدی همچنین معتقد بود: «روندی که از فوت امام پیش آمده بود را اشتباه می دانستیم. سیاست های اقتصادی را که در مملکت به نام رفاه ترویج می دادند و روندی که بخشی از آن مشخصاً سیاستهایی بود که هاشمی رفسنجانی پیاده می کرد را مضر می دانستیم» [روزنامه آزاد-دوم آبان 1378]
چند روز بعد، روزنامه همشهری که نزدیک به کارگزاران سازندگی محسوب می شد، طی یادداشتی با عنوان «عبدی! هاشمی رفسنجانی هم حق دارد» اظهارات او را از منظر «اصلاح طلبی» دارای پاره ای کاستی ها دانست و از شیوه بیان او انتقاد کرد. [روزنامه همشهری-چهارم مهر 1378] چند روز بعد عبدی طی توضیحی تاکید کرد که بر اساس اصرار دوستان مبنی بر نگشودن باب جدید در مجادلات و مناقشات سیاسی، به این نوشته همشهری پاسخی نمی دهد. [روزنامه همشهری – ششم آبان 1378] از همان زمان مشخص شد که حضور یا عدم حضور هاشمی رفسنجانی در رقابتها به مهمترین مساله انتخابات مجلس ششم تبدیل خواهد شد.
در اواخر مهرماه، عبوالواحد موسوی لاری، وزیر کشور، با صدور حکمی مصطفی تاج زاده، معاون سیاسی اجتماعی خود را به عنوان رئیس ستاد انتخابات کشور منصوب کرد. حدود دو هفته بعد آیت الله یزدی، رئیس سابق قوه قضاییه در جمع طلاب قم گفت: «فقهای شورای نگهبان در راستای وظایف محوله به خصوص نظارت بر انتخابات دوره ششم مجلس شورای اسلامی برخورد جناحی نخواهد کرد.» اواضافه کرد: «این یک اتهام بی پایه و اساس است که برخی از افراد و جریانات شورای نگهبان را به برخوردهای جناحی متهم می کنند. شورای نگهبان آماده پذیرش دلایل منطقی از سوی همه افرادی است که این شورا را متهم به برخورد خطی در مسائل مختلف به خصوص درباره انتخابات می کنند.» او همچنین اضافه کرده بود:«شورای نگهبان هیچ حرف تازه ای در مورد انتخابات مجلس شورای اسلامی ندارد. دو روز قبل در جلسه مجمع تشخیص مصلحت نظام سوالاتی در مورد جناحی عمل کردن شورای نگهبان مطرح شد و هنگامی که شواهد و قرائن منطقی را جویا شدم تنها این پاسخ را شنیدم که در بیرون از اینجا می گویند شورای نگهبان چنین خط مشی را برگزیده است. شاید در برخی از محافل خیلی از مسائل را به شورای نگهبان نسبت دهند اما آنها عاری از حقیقت است.» [روزنامه صبح امروز-دوازدهم آبان 1378] گفته میشد که شورای نگهبان مجبور است تغییری اساسی در عملکرد خود داشته باشد. اصلاح طلبان نیز تلاش کردند که با انسجام بیشتر، امکان وارد رقابتها شوند. در آنزمان تسخیر مجلس ششم مهمترین استراتژی رفورمیستهای ایران بود و به نظر می رسید که توازن قوا را به سود آنان تغییر خواهد داد.
اواخر آبان بهزاد نبوی در یک گفتگوی مطبوعاتی خبر از تشکیل شورای هماهنگی جبهه دوم خرداد داد. او خبر داد که هیجده گروه و تشکیل سیاسی، شورای هماهنگی جبهه دوم خرداد را تشکیل داده اند و خود را سخنگوی این شورا معرفی کرد.به گفته نبوی اعضای هیجده گانه این شورا چنین بود: «مجمع روحانیون مبارز، اتحادیه انجمن های اسلامی دانشجویان (دفتر تحکیم وحدت)، خانه کارگر، انجمن اسلامی معلمان ایران، انجمن اسلامی مدرسین دانشگاه، انجمن اسلامی مهندسان ایران، انجمن اسلامی جامعه پزشکی ایران، انجمن مدیران صنایع، مجمع نمایندگان خط امام مجلس شورای اسلامی، مجمع نمایندگان ادوار مجلس شورای اسلامی، مجمع نیروهای خط امام، مجمع اسلامی بانوان، جمعیت زنان جمهوری اسلامی ایران، جبهه مشارکت اسلامی، حزب اسلامی کار، حزب همبستگی ایران اسلامی و سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ». [روزنامه ایران-بیست وسوم آبان 1378]