علی مطهری پیرامون حکم صادره برای متهم پرونده ستار بهشتی - وبلاگ‌نویسی که در بازداشتگاه پلیس فتا درگذشت - یادداشتی با عنوان «آموزه‌های پرونده ستار» در روزنامه شرق نوشته است.
در بخشی از این یادداشت آمده است:« درباره متهم به قتل ستار بهشتی با رأفت رفتار شده. مساله ضرب و شتم ستار بهشتی قابل انکار نیست ولی ظاهرا اتهام متهم منحصر به توهین و تهدید شده و بر اساس آن حکم صادر شده است.»
وی در مورد حکم صادر شده نوشته است:«به نظر من امروز که حکم قضایی صادر شده است بهتر است به آن تمکین شود و اگر خانواده ستار بهشتی ناراضی هستند آن را به خدا واگذار کنند. همین که این موضوع از طرف آنها و دیگران پیگیری شد برکاتی از نظر اصلاح برخی رفتارها در نظام جمهوری اسلامی داشت.»