آیت الله محمود شاهرودی وقتی به ریاست قوه قضاییه منصوب شد گفت ویرانه ای را تحویل گرفته است. او تا حدی تلاش کرد با انجام اصلاحاتی قوه قضاییه ایران را به استانداردهای قابل قبولی بر اساس معیارهای جمهوری اسلامی نزدیک کند. اما در عمل، کار به جایی رسید که بخشنامه های او و به ویژه بخشنامه هایی مانند حقوق شهروندی، نه فقط اجرا نشد بلکه به تدریج مناصب مهمی مانند دادستانی تهران از دایره قدرت آیت الله شاهرودی خارج شد. بنابراین باوجود برخی اصلاحات مانند راه اندازی دوباره دادستانی ها و سیستم دادرسی مستقل از دادگاه و دادن اجازه فعالیت به وکلا، عملا سیستم قضایی ایران نه به سوی استقلال قاضی که به سوی فساد بیشتر در سیتم قضایی و بی ارادگی قضات در برابر اشکال قدرت دولتی حرکت کرد.
با بر سر کار آمدن صادق لاریجانی، که از نفوذ و اعتبار دینی و مذهبی آیت الله شاهرودی برخوردار نبود، رییس جدید قوه قضاییه برای جبران بی اعتباری سیاسی و دینی خود در عمل دست نیروهای امنیتی را در قوه قضاییه بیش از پیش بازگذاشت. به طور مشخص تصمیم گیری قضات، سیستم دادرسی و زندان ها در اختیار مامورانی قرار گرفت که از جانب وزارت اطلاعات و اطلاعات سپاه پاسداران تعیین می شدند.
در دورانی که آیت الله شاهرودی ریاست قوه قضاییه را بر عهده داشت حداقل تلاش می شد سخنگویان رسمی قوه قضاییه ظاهر حقوقی و قانونی و شرعی را حفظ کنند اما آقای لاریجانی زمام قوه قضاییه را نه به عنوان یک قاضی که به عنوان نماینده سیاسی چهره های پشت پرده ای مانند طائب و نقدی به دست گرفته است. همین رویه سبب شده که وقتی رییس قوه قضاییه در باره حقوق زندانیان سخن می گوید حتی قوانین موجود در این قوه را فراموش کند. آقای لاریجانی که فکر می کند زندانی شدن یک انسان به معنی محروم ماندن او از حقوق بشر است (بگذریم که او حتی به حقوق بشر برای غیر زندانیان هم باور ندارد) فراموش کرده است که حتی بر اساس قوانین جمهوری اسلامی زندانی از حق مرخصی برخوردار است و نیز از حق تماس با بیرون از زندان با تلفن. خشم آقای لاریجانی از دسترسی زندانیان به روزنامه و کتاب و تلفن و ارتباط با بیرون از زندان نشان می دهد که چرا ماموران او دست به حمله به زندانیان و ضرب و شتم آنان می زنند. او افتخار می کند که هیچ رافت و مهربانی نسبت به کسانی که به عنوان اسیر در اختیار او هستند ندارد. و انتظار دارد مردم این بی اعتنایی او به حقوق انسان ها را به عنوان باوری اسلامی بپذیرند.
هنگامی هم که رسوایی حمله وحشیانه گارد زندان اوین به زندانیان اسیر، چنان بالا گرفت و او ناگزیر شد رییس سازمان زندان ها را بر کنار کند ، برای اینکه رهبران تندرویی مانند آقای محسنی اژه ای را راضی کند، ناگزیر شد رییس برکنار شده سازمان زندان ها را به سمت رییس دادگستری تهران منصوب کند. اما پس از آنکه سیاست تکذیب حمله به زندانیان موثر واقع نشد به توصیه مشاورانی مانند آقای اژه ای، این بحث را پیش کشید که رییس سازمان زندان ها ترفیع گرفته است تا برکناری رییس سازمان زندان ها به معنی توقف سیاست حمله به زندانیان تلقی نشود. از دید مقام های قوه قضاییه کوتاهی مدیریتی رییس سازمان زندان ها این نبود که چرا برخلاف قانون و حقوق بشر به زندانیان حمله کرده بلکه نارضایتی مقام های قوه قضاییه این بود که چرا نتوانسته است این کار را بی سر وصدا و بدون جنجال انجام دهد. به همین دلیل آقای لاریجانی نزدیک ترین چهره به خود را، که یک فرد امنیتی و سازمان دهنده سیستم اطلاعاتی قوه قضاییه است، به نام علی اصغر جهانگیر، به ریاست سازمان زندان ها گماشته؛فردی که قرار است همان سیاست های پیشین را با احتیاط بیشتری پیش ببرد.
آخرین سلسله اقدام های آقای لاریجانی در پوشاندن ماجرای حمله به زندانیان در زندان اوین چنگ و دندان نشان دادن به رسانه ای بود که در قالب توقیف روزنامه ابتکار تحقق یافت. به این ترتیب بار دیگر قوه قضاییه نشان داد که اگر در دوران آقای خاتمی سازمان دادن اطلاعات موازی برای کنترل جنبش دوم خرداد به کار بسته شد این بار کل قوه قضاییه در کار بستن راه دولت و جلوگیری از تحقق خواست کسانی ست که در انتخابات به حسن روحانی رای دادند. اقدام قوه قضاییه در بستن روزنامه ابتکار بیش از آنکه اقدامی علیه رسانه ها و روزنامه نگاران باشد اقدامی علیه دولت و کسانی ست که به دولت روحانی امید بسته اند. دولت و هوادارانی که برای ادامه راه اعتدال و تدبیر چاره ای جز روشن کردن تکلیف خود با قوه قضاییه ندارند.