علی مطهری در نامه‌ای که در روزنامه اعتماد منتشر شده نسبت به انتقادات صورت گرفته به مواضع وی در باره «ازادی سیاسی» و «آزادی اجتماعی» واکنش نشان داد. پس انتشار نامه سرگشاده مطهری به محمدباقر قالیباف٬ شهردار تهران و حمایت از تفکیک‌جنسیتی محل استقرار کارمندان برخی انتقاد کردند که مواضع مطهری در خصوص آزادی٬ «چند گانه» است.
مطهری در این نامه با تاکید بر این‌که مواضع او «تناقض» ندارد٬ نوشت: «هیچ تناقضی در کار نیست زیرا تلازمی میان اعتقاد به آزادی‌های اجتماعی و سیاسی از یک طرف و اعتقاد به نامحدود بودن آزادی‌های فردی نیست. از یک طرف استعدادهای وجود انسان مثل قوه تفکر باید شکوفا شود و در نتیجه بیان او باید آزاد باشد زیرا این استعدادها به گزاف در انسان قرار داده نشده است، و از طرف دیگر مصلحت فرد و جامعه اقتضا می‌کند که برخی محدودیت‌ها برای رفتار انسان منظور شود و این‌طور نیست که ملاک عمل انسان صرفا میل اوست».
در بخشی دیگر از این نامه آمده است: «مساله بدبینی به زنان یا مردان مطرح نیست که موهم توهین باشد، بحث درباره ازبین بردن زمینه‌های گناه است. اختلاط زن و مرد در ادارات، به تدریج موجب عادی شدن روابط می‌شود و اسلام مخالف همین عادی شدن است و به همین جهت در قرآن به زنان و مردان مومن امر شده است که به چهره همدیگر خیره نشوند».