چند روز بعد از انتخابات ششمین دوره مجلس، چهار تن از اعضای شورای مرکزی جبهه مشارکت که حزب پیروز انتخابات لقب گرفته بود در یک جلسه مطبوعاتی به تشریح دیدگاههای خود پرداختند. در این نشست، محمدرضا خاتمی، محسن صفایی فراهانی، رجبعلی مزروعی و احمد بورقانی حضور داشتند. محمدرضا خاتمی در آن گفتگو خبر داد که حزب متبوعش هنوز درباره ریاست مجلس تصمیمی اتخاذ نکرده است.[روزنامه همشهری–چهارم اسفند 1378]
در آن روزها مهمترین مساله در افکار عمومی رفتار بعدی اصلاح‌طلبان در مجلس بود. مردم منتظر بودند که تغییراتی اساسی در روند برنامه رفورمیستهای ایران ببینند و دیگر بهانه‌هایی چون عدم همراهی مجلس با دولت نمی‌توانست وجود داشته باشد. در حالی که هنوز شورای نگهبان انتخابات تهران را تایید نکرده بود و سرنوشت هاشمی رفسنجانی از یک طرف و علیرضا رجایی از طرف دیگر معلوم نبود، گمانه‌زنی‌ها درباره رئیس آینده مجلس آغاز شده بود. پیش از این گفته‌ایم که حذف عبدالله نوری از عرصه سیاسی ایرذان برنامه بنیادگرایان برای جلوگیری از ریاست احتمالی او بر مجلس ششم بود. با توجه به فضای تند افکار عمومی در آن زمان کمتر کسی انتظار داشت که مهدی کروبی بعنوان رئیس مجلس برگزیده شود. بیشتر‌ین احتمال‌ها در آن زمان حول و حوش بهزاد نبوی بود.
پنجم اسفند با شمارش آراء در بسیاری از مناطق ایران 225 نفر در دور اول به مجلس راه یافتند و از این تعداد 75 درصدآنها اصلاح طلب بودند. از پنجم اسفند ماه گفته می شد با فشار هیأت نظارت بخشی از صندوقهای رأی در تهران بازشماری شده است. به همین دلیل بود که نتایج نهایی انتخابات تهران نیز اعلام نمی‌شد. اگر شمارش اولیه وزارت کشور مورد پذیرش قرار می‌گرفت همه 30 تن نمایندگان منتخب تهران در مرحله اول به مجلس راه می‌یافتند.
در اولین جمعه پس از انتخابات، هاشمی رفسنجانی نماز جمعه تهران را اقامه کرد. او طی سخنانی حضور گسترده مردم در انتخابات را نشانه وفاداری آنان به انقلاب و رهبر ایران دانست و گفت: «رأی مردم برای ما محترم است و از تمام کسانی که دوباره به من اعتماد کردند و یا آنانی که نخواستند به من رأی بدهند قدردانی می کنم.» به نظر می‌رسید که دیگر هاشمی رفسنجانی از منتهی الیه جبهه رفورمیست های ایران به میانه محافظه کاران و متحدان بنیادگرایشان پرتاب شده است. شاید امروز هم نتوان تحلیل دقیق از ماجرای شکست هاشمی رفسنجانی و تبعات آن ارائه کرد ، اما نمی توان نادیده گرفت که هاشمی پس از آن تا چند سال بعد که از بنیادگرایان نیز ضربه دوم را دریافت کرد، همچنان کینه رفورمیستهای رادیکالتر را به دل داشت و از هر فر صتی برای انتفام جویی استفاده کرد. اولین نمونه این انتقام جویی نیز تنها چند ماه بعد و در جریان توقیف گسترده مطبوعات نمایان شد که هاشمی با ادبیاتی غیرمعمول به مطبوعات حمله کرده و توقیف انها را تایید کرد. به این موارد در زمان خود دقیقتر اشاره خواهیم کرد. انتخابات مجلس ششم اگرچه با پیروزی تاریخی رفورمیستها همراه بود، لیکن افول این جریان نیز از همان زمان آغاز شد. آیا هجوم به هاشمی رفسنجانی و اتحاد ناگهانی او با بنیادگرایان و محافظه کاران تندروتر منجر به تسریع این ماجرا نشده است؟
به هر حال یک هفته پس از برگزاری انتخابات نتایج نهایی انتخابات تهران از سوی ستاد انتخابات اعلام گردید. بر اساس این گزارش کل آرای مأخوذه در حوزه انتخابی تهران، شمیرانات، ری و اسلامشهر، دومیلیون و نهصد و سی و یک هزار سیزده رأی بود و محمد رضا خاتمی با 61⁄41 درصد از آرا بالاترین رای را بدست آورده بود. پس از وی جمیله کدیور، علیرضا نوریری، محسن آرمین، سید هادی خامنه ای، محسن میردامادی ، مجید انصاری، بهزاد نبوی، احمد بورقانی فراهانی، سهیلا جلودارزاده، داود سلیمانی، احمد پورنجاتی، الهه کولایی، علی شکوری راد، سید علی اکبر موسوی خوئینی، وحیده طالقانی، محسن صفایی ، میثم سعیدی، سید شمس الدین رهابی، فاطمه حقیقت جو، بهروز افخمی، محمد نعیمی پور، ابوالقاسم سرحدی زاده، فاطمه راکعی، مهدی کروبی، سید محمود دعایی، رسول منتجب نیا، علیرضا رجایی، الیاس حضرتی و اکبر هاشمی رفسنجانی. هاشمی بیست و پنج درصد آرا را بدست آورده بود.[روزنامه اطلاعات–هفتم اسفند 1378]
روز بعد در حالی که فشار محافل بنیادگرایان بر وزارت کشور افزایش می‌یافت، مصطفی تاج زاده، رئیس ستاد انتخابات کشور طی گفتگویی تأکید کرد که شایعه تقلب در انتخابات نادرست بوده و حتی یک رأی مردم هم جابجا نشده است. تاج زاده با اشاره به بازشماری بیش از یکصد صندوق رأی گفت: «بازشماری به خاطر حساسیت بیشتر در شمارش چند نفر آخر لیست 30 نفری تهران بود که بدین منظور آرای حضرتی، هاشمی، رحمانی، منتجب نیا، محتشمی و حداد عادل با دقت بیشتری مجدداً شمارش شد.» وی در پاسخ به سؤالی در خصوص اینکه سرنوشت شکایت رحمانی چه می شود، با اشاره به اینکه آرای رحمانی در 35 صندوق در حد صفر بود، گفت: «شکایت وی در دست پیگیری است و هیأت نظارت تأکید کرده که شکایت رحمانی را در اولویت قرار خواهد داد». [روزنامه صبح امروز- نهم اسفند 1378]
چند روز بعد خبر رسید که هیأت مرکزی نظارت، اینبار بازشماری یک سوم آرای تهران را درخواست کرده است. همان روز شورای نگهبان با انتشار اطلاعیه‌ای، اعلام کرد: «در مهلت مقرر قانونی شکایت زیادی در استانها به هیأتهای اجرایی و نظارت و در تهران به شورای نگهبان رسید که حاکی از وجود تخلفات و عدم سلامت انتخابات در بعضی حوزه ها بود. » این اطلاعیه می‌افزود: «در مورد حوزه انتخابیه تهران شکایات بسیاری به هیأت نظارت شورای نگهبان رسیده و شواهدی بر وقوع اشتباه یا تخلف به دست آمده که بررسی دقیق آنها منوط به بازشماری آراء تعدادی از صندوقها خواهد بود. برای نمونه در صندوقی که خود داوطلب و بستگانش رأی داده‌اند، رأی آنها صفر خوانده شده و پس از بازشماری معلوم شد تعداد زیادی رأی داشته است که به منظور رفع ابهامات و رسیدگی به شکایات دستور داده شد حداقل یک سوم صندوقها از مناطق مختلف بازشماری شود که پس از پایان اقدامات، نتایج در سریعترین زمان ممکن اعلام خواهد شد.»[روزنامه رسالت–دوازدهم اسفند 1378] این اطلاعیه نگرانی هایی بر انگیخت. آن فردی که شورای نگهبان درباره رأی او و بستگانش توضیح داده بود کسی نبود جز غلامعلی حداد عادل!
پس از اطلاعیه شورای نگهبان، ستاد انتخابات کشور نیز اطلاعیه ای صادر کرده و تأکید کرد: « ستاد انتخابات کشور به دلیل اعتقاد به حفظ فضای سالم و آرام و به منظور انجام وظیفه خود به نحو صحیح و قانونی، آمادگی کامل برای بازشماری آرا 1000 صندوق اخذ رأی در حوزه انتخابیه شهرستان تهران دارد. البته پس از اعلام نتایج بازشماری، نکاتی را در مورد نحوه برگزاری انتخابات و مسائل پیرامون آن به استحضار شهروندان گرامی خواهد رساند.»[روزنامه صبح امروز- دوازدهم اسفند 1378]