یک روز پس از حمایت تلویحی امام جمعه شیراز از حمله به علی مطهری در این شهر، آقای مطهری در نامه‌ای سرگشاده که روز شنبه، ۲۳ اسفند، منتشر شد این امام جمعه را متهم ردیف اول در حمله به خود معرفی کرد.
در ادامه واکنش‌ها به ماجرای حمله به علی مطهری در شیراز، امام جمعه این شهر روز جمعه، ۲۲ اسفندماه، در سخنانی تلویحا این نماینده مجلس را به «طاغوت» و «فتنه» منتسب دانست و گفت که «اگر باد را کاشتید، توفان را درو می‌کنید».
به گفته امام جمعه شیراز، «اگر کسی حریم ولایت و خبرگان و فتنه را شکست، باید انتظار داشته باشد که دیگران حریم او را نشکنند؟»
علی مطهری در پاسخ خود به این اتهام‌زنی که خبرگزاری ایسنا آن را به نقل از وب‌سایت «عصر ایران» منتشر کرده از این که اسدالله ایمانی خود به «نقشش» در این ماجرا «اعتراف» کرده ابراز خوشحالی کرده و گفته است که هیئت تحقیق وزارت کشور باید با او به عنوان «متهم» برخورد کند.