بیانیه تند سپاه پاسداران و تهدیدهای کودتاگونه آنان واکنش های متعددی به دنبال داشت. در این میان سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی که خود از بنیانگزاران سپاه پاسداران است در بیانیه اعتراض‌آمیزش نسبت به آن بیانیه، تحلیل قابل‌تامل‌تری را مطرح کرد. این گروه خطاب به سپاه پاسداران صریحا نوشت: “مافیای قدرت در تدارک کودتاست، سپاهیان سرافراز هوشیار باشند.” در این نامه سرگشاده آمده بود: “سازمان مافیایی قدرت که نمی خواهد به خواست ملت گردن نهد و پیشرفت اصلاحات در چارچوب اسلام و نظام را به زبان قدرت و ثروت بادآورده خویش می بیند، با اقدام به ترور جنایتکارانه برادر سعید حجاریان کوشید تا بار دیگر آرامش و نظم پدید آمده از انتخاباتی مردمی و آرام را بر هم زند و با دامن زدن به فضای رعب و ناامنی، اهداف ضدانقلابی – اصلاحی خود را به پیش ببرد و با روشن کردن چراغ های آتش افروزانه، تک چراغ برافروخته پس از قتل های زنجیره ای را تکثیر و توسعه بخشد و با تشدید حملات و تدارک مقدمات عینی و ذهنی و روانی، به هدف مرحله‌ای خویش – تعویق یا عدم تشکیل مجلس ششم جامه عمل بپوشاند.”
در بخش دیگری از این نامه آمده بود: “پاسداران جمهوری اسلامی:بیانیه صادره به نام شما این نگرانی را ایجاد کرد که مبادا سپاه که قهرمانی ها و افتخارات خود را در جبهه های جنگ با دشمن تا دندان مسلح، به ثبت و اثبات رسانده است، تا حد نظامیان چکمه پوش جهان سومی که قدرت خود را در سرکوب اهل قلم و بستن روزنامه ها و ایجاد رعب و وحشت می جویند تنزل دهد و گرنه، پاسخ کلمه، گلوله و جواب قلم، تفنگ نیست. آیا انقلاب و نظام جمهوری اسلامی، تا کنون جز در برابر دشمن اشغالگر خارجی و سازمان های تروریستی داخلی، دست به اسلحه برده است که اینک در قالب بیانیه‌ای به نام سپاه، ملت بزرگ و اصلاح طلب ایران به بهانه برخی اظهارات یا نوشته هایی هر چند نادرست در برخی مطبوعات با صدای پتک انقلاب، «خشونت انقلابی» و «صاعقه» تهدید می شود و بدین وسیله سیاست شکست خورده النصر بالرعب تداعی می گردد؟”[روزنامه صبح امروز – سی‌ویکم فروردین 1379]
اوایل اردیبهشت ماه بود که دادگستری تهران خبر داد دادگاه رسیدگی به پرونده ترور حجاریان بزودی آغاز بکار می‌کند. در همین روزها بود که احمد حکیمی پور عضو بازداشت شده شورای شهر تهران نیز آزاد شد، لیکن در سناریوی جدید، روزنامه رسالت در مقالات متعددی ادعا کرد که ترور حجاریان توسط افراد افراطی جریان سوم انجام شده است. البته در ادبیات این روزنامه جریان سوم به گروههای اپوزیسیون مذهبی موسوم به ملی‌مذهبی اطلاق می‌شد. این روزنامه راستگرای نزدیک به بنیادگرایان، پا را فراتر گذاشته و تقی رحمانی و علیرضا رجائی را به داشتن سابقه عملیاتی علیه حکومت متهم کرد. به دنبال این ادعاها چند تن از اعضای نیروهای ملی‌مذهبی شکایتی را به دادگستری تسلیم کردند که البته رسیدگی نشد. [روزنامه فتح – سوم اردیبهشت 1379]
در همان روزها بود که بحرانی جدید با پخش تصاویر گزینش شده از کنفرانس برلین در صداوسیمای ایران آغاز شد و نهایتاً با اشاره رهبر ایران به توقیف گسترده مطبوعات انجامید. به این ماجرا بصورتی مفصل در جایی دیگر خواهیم پرداخت. از ششم اردیبهشت ماه 79 و در حالی که دیگر هیچ نشریه اصلاح طلبی باقی نمانده بود، دادگاه حجاریان آغاز به کار کرد. متهمان پرونده با خونسردی و خنده‌های مکرر در دادگاه هیچگاه از عمل خود اظهار پشیمانی نکردند. نکته قابل توجه آن بود که پیش از تشکیل دادگاه، پدر سعید عسگر در نامه ای که مطبوعات منتشر کردند، صریحا تأکید کرد که فرزندش هیچگاه در ماجرای ترور دست نداشته است، چرا که او در روز حادثه در منزل بوده است. در واقع با این نامه مشخص شد که پروژه ترور در جایی دیگر و توسط گروهی دیگر انجام شده اما گروه آدمکش شهرری برای مسکوت ماندن ماجرا به جلو فرستاده شده است. دادگاه پرونده ترور تنها درسه جلسه برگزار شد و سریعا پایان یافت.
به دلیل اهمیت این دادگاه مهمترین مسائلی را که در جریان محاکمه مطرح شد مرور می‌کنیم. نخستین جلسه دادگاه که با حضور خبرنگاران داخلی و خارجی و اغلب اعضای شورای شهر تهران همراه بود، با یک ساعت تأخیر آغاز شد و در ابتدای جلسه فردی بنام زندی،که خود را نماینده مدعی‌العموم معرفی کرد از منظر حقوق اجتماعی شکایت خود را مطرح نمود و گفت: “چون حرکت متهمان در ترور حجاریان امنیت ملی و ثبات و آرامش را در جامعه برهم زده است، مخل امنیت و نظم اجتماعی است و حتی اگر کسی در مورد ترور شکایت هم نداشته باشد، جامعه نمی تواند از حق خود بگذرد و برای آنکه امنیت و آرامش در جامعه پایدار بماند، باید با چنین حرکاتی که به نوعی فساد تلقی می شود، برخورد جدی صورت گرفته و مباشران به سزای اعمال خود برسند.”
وی گزارش چگونگی سوءقصد به حجاریان را برای دادگاه قرائت کرد و سپس افزود: “عملی که موجب اخلال در نظم عمومی باشد همان فساد در زمین است که حاکمیت ولایت پیامبر را خدشه دار می کند ولی هر فسادفی الارض نمی تواند از مصادیق محاربه باشد.” وی سپس اسامی متهمین این پرونده را به شرح زیر اعلام کرد:“1- سعید عسگر 2- سید محسن (مرتضی) مجیدی 3- محمدعلی مقدمی 4- علی پورچالویی 5- مهدی روغنی 6- موسی جان نثاری 7- سعید گگونانی 8- صفر مقصودی.”
یک نکته مهم در اظهارات نماینده مدعی‌العموم وجود داشت. او از همان ابتدا اعلام کرد که هر فساد در ارضی محاربه نیست و به این ترتیب خطر حکم اعدام متهمان را بر طرف کرد. مدعی العموم در ادامه سخنان خود گفت: “سعید عسگر اقرار کرده است طبق پیامی که رهبر معظم انقلاب داده اند فهمیدیم کار ما اشتباه بوده و ناامنی ایجاد کرده ایم و از این کارمان پشیمان شده ایم.”! با این سخن نیز معلوم شد که متهمان خود را پیرو رهبر ایران می‌دانند و به این ترتیب در سناریوی حکومت ایران نیز هیچ وابستگی به بیگانگان-عبارتی که بارها در ایران تکرار می‌شود- نداشته‌اند.
در ادامه جلسه دادگاه دو تن از افرادی که پیش از حجاریان توسط این افراد مورد حمله قرار گرفته بودند شکایت خود را مطرح کردند. وکیل فردی بنام ابوالقاسم شفیعی با طرح شکایتی از طرف موکل خود گفت: “شفیعی از افراد حزب اللهی و از کسانی است که برای انقلاب زحمات بسیار کشیده است.” وی افزود: “آقای شفیعی که مورد حمله مسلحانه قرار گرفت، از مقلدان حضرت امام خمینی (ره) و مقام معظم رهبری است.” سپس قاضی از محمود کاوه یکی دیگر از شکات که مغازه تعمیر وسایل الکترونیکی داشت، خواست تا شکایت خود را مطرح کند.کاوه گفت: “از سال 68 بطور مرتب مرا مورد آزار و اذیت قرار داده‌اند، در سال 70 مغازه‌ام را منفجر کردند و در تابستان پارسال نیز مغازه‌ام را به آتش کشیدند.” وی افزود: “علی پورچالویی به مغازه‌ام آمد و اسلحه ای را روی سرم گذاشت که وقتی به عقب آمدم، گلوله به سینه‌ام خورد.” کاوه گفت: “از دست پورچالویی و موتورسوار همراه او شکایت دارم.”