اواخر آبان ماه1378 بود که ، خاتمی در اصفهان طی سخنانی صریحا از مردم خواست که: « برای کمک به دولت؛ انتخابات مجلس ششم را باشکوه برگزار کنید.» خاتمی همچنین گفت: «مشکلات و توطئه ها سبب نشود که ملت دلسرد شوند».
در این ایام مهمترین بحث محافل سیاسی ، حضور یا عدم حضور هاشمی رفسنجانی در انتخابات بود. از اواخر آبان 78 تقریباً روشن شد که هاشمی قصد دارد در در انتخابات شرکت کند. همان روزها، عباس عبدی طی یادداشتی با عنوان «ائتلاف و هاشمی»، تأکید کرد که هاشمی شناخته شده تر از آن است که نیازی به حضور در یک لیست انتخاباتی برای معرفی خود باشد. او نوشت: «فرض کنید که فردی وجود دارد که 95 درصد رأی دهندگان او را می شناسند و نزد آنان شناخته شده است و در این میان هم نسبت به او موضع دارند. به عبارت دیگر یا موافق او هستند یا مخالف. در این صورت هرگونه ائتلافی و قرار دادن در لیست گروهها، هیچ کمکی به آرای او نخواهد کرد. هیچ گروهی نمی تواند معرف او باشد و او از همه گروهها شناخته شده تر است. به نظر می رسد که هاشمی چنین وضعیتی دارد. بیش از هر گروهی دیگر شناخته شده است. احتمالاً 95 درصد مردم او را می شناسند و احتمالاً 90 درصد مردم نسبت به او موضع موافق یا مخالف دارند. اگر اکثریت مردم نسبت به او نظر مثبت داشته باشند، طبیعی است که هر گروهی سعی می کند بدون مذاکره وی را در لیست خود قرار دهد زیرا از این طریق لیست خود را نزد افکار عمومی معتبر می کند. در این شرایط او نیست که به تأیید فلان گروه نیاز دارد، که با قرار گرفتن نام وی در لیست هر گروهی سعی می کند، لیست خود را معتبر نماید. به عنوان نمونه می توان انتخابات مجلس سوم را مثال زد که هاشمی در چنین وضعیتی قرار داشت.»
عبدی سپس اضافه کرده بود: «در مقابل اگر فرد شناخته شده وضعیت مثبتی نزد افکار عمومی نداشته باشد، قرار گرفتن نام او در هیچ لیستی نمی تواند کمکی به آرای او کند، بلکه موجب بی اعتباری لیستی می شود که چنین نامی را در خود جای می دهد. من فعلاً در این مقام نیستم که بگویم وضعیت هاشمی نزد جامعه و افکار عمومی چگونه است، ولی می توانم مدعی شوم که اگر گروهی معتقدند که وضع ایشان نزد افکار عمومی مثبت است، بنابراین نباید اصرار کنند که نام هاشمی در لیست گروههایی قرار گیرد که رقیب آنان هستند، زیرا از این طریق وجهه ای کسب می کنند که شایسته آن نیستند. ولی اگر معتقدند وجهه ایشان مثبت نیست، کاملاً طبیعی است که چنین اصراری را بنمایند، زیرا موجب مخدوش شدن و بی اعتبار شدن لیست رقیب خواهد شد». [روزنامه صبح امروز–بیست و سوم آبان 1378]
در اوایل آذرماه اولین نشانه های جدی از احتمال حضور هاشمی رفسنجانی پدیدار شد. او در گفتگو با خبرنگاران تأکید گفت: «حقیقتاً مصمم بوده و هستم که وارد کارگردانی بحث های اجرایی نشوم و به کارهای اساسی و سیاستهای کلی نظام که مورد نظر رهبر معظم انقلاب اسلامی است و جامعه از آن عقب مانده است بپردازم. اما در دو سه ماه اخیر تماسها و درخواست هایی بوده و وضعیت جدیدی بوجود آمده است ولی همچنان اولویت برای من پرداختن به کارهای اساسی و مصالح عمومی نظام می باشد». [روزنامه همشهری–چهارم آذر 1378]
بعدها و در آستانه انتخابات، محمد هاشمی، برادر علی اکبر هاشمی رفسنجانی طی گفتگویی همان سخن عبدی را تکرار کرد. او گفت: «مصراً از مجمع روحانیون مبارز و جبهه مشارکت می خواهم که نام هاشمی رفسنجانی را در فهرست انتخاباتی خود قرار ندهند.من نه به عنوان نماینده هاشمی بلکه به عنوان برادر ایشان می گویم که اعتماد ملت به «هاشمی رفسنجانی» به خاطر منظور شدن نام ایشان در یک گروه یا گروههای خاص نبوده است بلکه این نام «هاشمی رفسنجانی» است که به فهرست گروهها اعتبار و رونق می بخشد.»! پیش از آن رسول منتجب نیا عضو شورای مرکزی مجمع روحانیون مبارز اعلام کرده بود: «در میان گروههای جبهه دوم خرداد اختلاف نظری وجود دارد که شاید حل نشود و آن در مورد هاشمی رفسنجانی است». این اولین بار بعد از روزهای خونین دهه شصت بود که گروههای سیاسی باقی مانده در حاکمیت چنین بی پروا با یکدیگر روبرو می شدند.
محمد هاشمی در همان گفتگو خطاب به گروههایی که عدم تمایل خود را نسبت به قرار دادن نام «هاشمی رفسنجانی» در فهرست انتخاباتی اعلام کرده بودند این سؤال را مطرح کرد که «مگر هاشمی رفسنجانی یا حزب کارگزاران از شما درخواستی کرده بودند، که مرتب از قرار ندادن نام ایشان در فهرست انتخاباتی خود یاد می کنید؟» محمد هاشمی از اینکه برخی گروههای دوم خرداد اعلام کرداند که «در صورت تلاش هاشمی رفسنجانی برای تأیید ردصلاحیت شدگان، آنان نام وی را در فهرست خود می گنجانند» انتقاد کرد و گفت: «من از افرادی که مدعی قانون مداری هستند متعجبم که برای حل مشکلات خود به دنبال راههای رابطه ای و اعمال نفوذ بزرگان هستند»! [روزنامه صبح امروز–بیست و هفتم دی ماه 1378]
در آن ایام بجز عباس عبدی، چند روزنامه نگار دیگر و در رأس آنها اکبر گنجی نیز در یادداشتها و نوشته های گوناگون به نقد بی سابقه هاشمی رفسنجانی پرداختند. گنجی ابتدا طی مقاله ای با عنوان «هاشمی رفسنجانی و استراتژی دوگانه راست» از او خواست که در مجمع تشخیص مصلحت نظام بماند تا در صورت رد مصوبات مجلس اصلاح طلب آینده توسط شورای نگهبان، او در این مجمع به یاری اصلاح طلبان بیاید [روزنامه صبح امروز–بیست و چهارم آذر 1378] در این زمان لحن گنجی هنوز مسالمت آمیز بود.
لیکن پس از آنکه مشخص شد هاشمی رفسنجانی در انتخابات شرکت می کند، گنجی طی مقالاتی به نقد او پرداخت که تندترین آنها در نوشته ای مشهور با نام «عالیجناب سرخپوش» در روزنامه صبح امروز منتشر شد. او در این مقاله ضمن انتقاد از بی تفاوتی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام نسبت به قتلهای مشکوک متعدد در دوره ریاست جمهوری اش، در سخنی کم سابقه هاشمی رفسنجانی را مسئول ادامه جنگ پس از فتح خرمشهر دانست. گنجی نوشته بود که هاشمی باید در دو زمینه پاسخگو باشد: «اول- ادامه جنگ بعد از فتح خرمشهر که باعث به شهادت رسیدن صدها هزارتن از بهترین فرزندان این مرز و بوم شد، هزاران معلول بر جای گذارد و میلیاردها دلار خسارت برجای نهاد. دوم- قتلهای زنجیره ای دگراندیشان و دگرباشان». [روزنامه صبح امروز–بیست و نهم دی ماه 1378]