پس از حبس عبدالله نوری، رهامی وکیلش تلاشهای زیادی برای آزادی او کرد که بی ثمر بود. دادگاه ویژه روحانیت بر خلاف رویه دادگاههای عادی در ایران حتی با آزادی نوری تا مشخص شدن حکم تجدید نظر موافقت نکرد. رهامی تأکید داشت: «دادگاه ویژه چون خود را مستقل از دستگاه قضائی می داند معتقد است در خصوص اینگونه موارد باید به قوانین و آیین نامه های داخلی خود عمل کند و در شرایطی که در محاکم دادگستری متهم می تواند تا زمان اعلام قطعی حکم آزاد باشد، در این دادسرا متهم را در زندان نگاه می دارند ». او برای ثبت نام عبدالله نوری در انتخابات مجلس ششم نیز کوششهایی انجام داد که به نتیجه نرسید. اواخر آذر ماه نامه عبدالله نوری خطاب به دادستان کل کشور منتشر شد که خواستار نقض حکم دادگاه ویژه روحانیت بود. [روزنامه صبح امروز–بیست و نهم آذر 1378] و البته پاسخ دادستان کل کشور منفی بود. آیت الله مقتدایی در پاسخ به نامه معاون خود، صریحا دادگاه ویژه روحانیت را از شمول آیین دادرسی دادگاه های دیگر خارج دانسته بود. او خاطره ای هم درباره نظر رهبر ایران نوشته بود که: «چندین سال قبل اینجانب خدمت معظم له پیشنهاد نمودم که دادگاه ویژه روحانیت در دادگستری ادغام و یا زیر نظر رئیس قوه قضاییه قرار گیرد. با استدلالی که نمودند فرمودند هنوز زود است که این کشف از ادامه مصلحت در نظر مبارک ایشان دارد و تا زمانیکه ادامه مصلحت تشخیص دهند، این دادگاه قانونی و بقوت خود باقی است و بعلاوه مورد تایید مراکز قانونگذاری کشور نیز قرار گرفته است و چون این دادگاه بر اساس آئین نامه و ضوابط و مقررات خاص که به تایید و تصویب مقام معظم رهبری رسیده اقدام می کند از شمول مقررات و تشکیلات قانونی دادگاههای عمومی و انقلاب خارج است .» [روزنامه همشهری-سوم دی ماه 1378] این نامه مقتدایی نشان می داد که برخلاف نص قانون اساسی که قانونگذاری را بر عهده مجلس گذاشته است، رهبر ایران حتی رأسا اقدام به تصویب قانون هم می کند!
اشاره به یک مصوبه مجلس هم ضروری است. در همان ایام ، مجلس شورای اسلامی با تصویب یک ماده اصلاحی مربوط به لایحه آئین دادرسی دادگاههای عمومی و انقلاب، ادامه کار دادگاه ویژه روحانیت را به تصمیم مقام معظم رهبری موکول کرد.
در این ماده اصلاحی آمده بود: «دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت که بر اساس دستور مقام ولایت، رهبر کبیر انقلاب اسلامی امام خمینی (ره) تشکیل گردیده، طبق اصول 5 و 57 قانون اساسی تا زمانی که رهبر معظم انقلاب اسلامی ادامه کار آن را مصلحت بدانند، به جرایم اشخاص روحانی رسیدگی خواهد کرد و پرداخت حقوق و مزایای قضاوت و کارکنان آن تابع مقررات مربوط به قوه قضاییه می باشد.» [روزنامه همشهری-بیست و چهارم آذر 1378]
اگرچه بنیادگرایان با حذف نوری از صحنه سیاسی ایران، خطر ریاست او بر مجلس آینده را دفع کردند، لیکن انتخابات مجلس ششم همچنان برای آنان نگران کننده بود. در ادامه این مقالات نشان خواهیم داد که بنیادگرایان چگونه توانستند از ماجرای درگیری اصلاح طلبان و هاشمی رفسنجانی -که دیگر برای شرکت در انتخابات تردیدی نداشت- استفاده کنند و خواهیم دید که نهایتا اتحاد رفسنجانی با محافظه کاران سنتی و بنیادگرایان منجر به سرکوب نهایی موج رفورمیسم در ایران شد.
از اولین روزهای سال 78، بحث انتخابات مجلس ششم از مباحث مهم سیاسی بود و تقریباً همه ماجراهای ایجاد شده با نگاهی به این انتخابات و تاثیر هر حادثه در سرنوشت آن، تحلیل و تفسیر می شد. در اوایل بهار 1378، دولت خاتمی، لایحه ای درباره قانون انتخابات به مجلس برد و کوشش کرد نظارت استصوابی شورای نگهبان را حذف کند. اما چند روز بعد نمایندگان محافظه کار مجلس طرحی قدیمی را برای اصلاح قانون انتخابات فعال کردند و به این ترتیب لایحه دولت بی اثر شد. بر اساس لایحه دولت، تفتیش عقاید ممنوع شده و اصل بر برائت قانونی و صحت شرعی داوطلبان بود. همچنین ردصلاحیت نامزدها بدون دلیل و مدرک، غیرقانونی اعلام شده بود. بر اساس این لایحه، هیأتهای نظارت و اجرایی تنها بر اساس مدارک قانونی می توانستند کسی را ردصلاحیت کنند. همچنین در لایحه دولت نوع نظارت شورای نگهبان محدود شده و از حالت استصوابی خارج شده بود.
محافظه کاران با فعال کردن یک طرح برای اصلاح قانون انتخابات عملا لایحه دولت را از دستور کار مجلس خارج کردند.
همان روزها، شیخ مهدی کروبی، دبیر مجمع روحانیون مبارز در گفتگویی با خبرنگاران از حذف نظارت استصوابی شورای نگهبان حمایت کرد. او به خاطره جالبی هم اشاره کرده و گفت: «در سال 59 شورای نگهبان تشکیل شد و در سال 60 نخستین انتخاباتی که شورای نگهبان بر آن نظارت کرد برگزار شد. پس از فاجعه هفتم تیر در دفتر حزب جمهوری اسلامی 32 تن از نمایندگان مجلس به شهادت رسیدند و انتخابات میاندوره ای برای جانشینی آنها و پس از آن انتخابات ریاست جمهوری برگزار شد.»
کروبی گفت: «در این انتخابات شورای نگهبان اصلاً در فکر نظارت استصوابی نبود و چنین چیزی نیز به ذهنشان خطور نمی‌کرد. در سال 60 کمونیستها، چریکهای فدائی و توده‌ای هایی مانند کیانوری و عمویی هم برای انتخابات مجلس ثبت نام کردند. صادقی فرماندار وقت تهران که شرکت کمونیست ها در انتخابات مجلس را با قانون جمهوری اسلامی سازگار نمی‌دانست تلاشهای زیادی کرد تا این عده از فهرست کاندیداها حذف شوند، به همین دلیل نامه ای در تاریخ 24/4/60 به هیأت سه نفره تهران نوشت ولی هیأت نظارت به او جواب دادند که با مسئولان مملکتی تماس حاصل شد نظر اغلب آنان بر این است که با توجه به قانون فعالیت احزاب، شرکت افراد مورد بحث در انتخابات بلامانع است». [روزنامه اطلاعات- بیست و هشتم اردیبهشت 1378]