یک روز پس از سخنان غیرمنتظره هاشمی رفسنجانی در نماز جمعه تهران و همراهی او با بنیادگرایان، جبهه مشارکت با صدور بیانیه ای به اظهارات او پاسخ داد. مهمترین نکته این بیانیه حمله به گروههای اپوزیسیون اول انقلاب و مرز بندی مجدد با آنان بود. این جبهه در آن زمان در معرض اتهام نزدیکی با گروههای مخالف حکومت قرار داشت و چاره را در آن می‌دید که به نحوی خود را تبرئه کند. در این بخش از بیانیه آمده بود: “آقای هاشمی در تحلیل خود وضعیت کنونی جامعه را با ابتدای انقلاب مقایسه و نتایجی را استنتاج کرد. آنچه که در این قیاس مقایسه می‌شود، تبرئه کردن نیروهای ضدانقلاب و مسلح سال های 59 و 60 است، زیرا جوانانی که آن سال ها را به یاد نمی آورند، اجمالاً می دانستند که برخی گروههای خشونت طلب و مسلح و آشوبگر از فقدان نظارت قانونی سوءاستفاده کردند و مملکت را به اغتشاش کشانده و در نهایت موجب انسداد نسبی سیاسی شدند و تمامی این کارها در حالی صورت صورت گرفته که اکثریت و قاطبه مردم مخالف آنان بوده‌اند در حالی که قیاس آقای هاشمی به جوان امروزی چنین القا می کند که گویی در اول انقلاب هم مثل حالا عده ای فقط با تکیه بر قانون خواهان آزادی بوده‌اند و طرفدار حاکمیت مردم و مردم سالاری بودند و چون چنین خواسته‌هایی مخالف اسلام و نیروهای حاکم بود، سرکوب و حذف شدند.متأسفانه این قیاس باطل که هیچ نتیجه ای جز تبرئه ضدانقلاب برانداز و مسلح ندارد، صرفاً موجب تقویت خشونت‌طلبان می شود و تقریباً تمامی قیاس های انجام شده از همین نوع و باطل می‌باشد.” [روزنامه همشهری– دوازدهم اردیبهشت 1379]
جبهه مشارکت که رادیکال‌ترین بخش جریان رفورمیست ایران محسوب می‌شدبا این مرزبندی تمامی کوشش‌های چند سال اصلاحات در نزدیکی گروههای سیاسی رفورمیست داخل و خارج ایران را بی‌اثر کرد. گفتنی است اقدامات سالهای بعد این گروه نیز که به نوعی در برزخ انتخاب حکومتی بودن یا اپوزیسیون بودن قرار داشت نه توانست اعتماد حاکمیت را جلب کند و نه اینکه آنها را به اپوزیسیون و منتقدان حکومت نزدیک کرد.اشاره به این مساله ضروری است که جبهه مشارکت بعنوان جوانترین بخش بدنه چپ حاکمیت ایران، متهم به همکاری در سرکوبهای سیاسی دهه شصت و همچنین انسداد فضای سیاسی بود اما هرگز حاضر به سخن گفتن صریح در این باره نشد.
در حالی که فضای سیاسی جامعه به دلیل تحولات پرشتاب و غیرمنتظره ایجاد شده ملتهب شده بود، خبر انفجار چند خمپاره در شمال تهران نیز منتشر شد. این خبر را صداوسیما در نوبت های متعدد خبری منتشر کرد و گفته می شد که سازمان مجاهدین خلق مسئولیت آن را بر عهده گرفته است. [روزنامه همشهری– سیزدهم اردیبهشت 1379]
در آن روزها سعید حجاریان در اولین گفتگوی خبری خود پس از سوءقصدی که به جانش شده بود مهمترین برنامه رفورمیست ها را افتتاح مجلس دانست. این ترس وجود داشت که پس از توقیف مطبوعات و دستگیریهای گسترده روزنامه نگاران و چهره های سیاسی بنیادگرایان اجازه تشکیل مجلس با اکثریت اصلاح‌طلب را ندهند. حجاریان تأکید کرده بود که هدف ما فقط باید مجلس باشد. او معتقد بود: “باید تا زمان مرحله دوم انتخابات، تأیید انتخابات تهران و بعد هم هفتم خرداد صبر کرد. در چنین شرایطی اصلاح طلبان باید هوشیار باشند. مجموعه اقداماتی که دارد اتفاق می افتد، به نظر من، از ستاد واحدی هدایت می شود.” [روزنامه ایران - سیزدهم اردیبهشت 1379]
در هفته های بعد، آرام آرام با افزایش دستگیری فعالان سیاسی و دانشجویی، فشار بر نیروهای سیاسی افزایش یافت. در این زمان نامه های مکرری از سوی فعالان سیاسی و یا گروههای غیردولتی و دانشجویی از جمله انجمن صنفی روزنامه نگاران و دفتر تحکیم وحدت منتشر شد که نسبت به وضعیت مطبوعات یا احضار و بازداشت فعالان سیاسی اعتراض می کردند.دستگیری علی افشاری، حسن یوسفی اشکوری و مهندس عزت الله سحابی در همین ایام صورت گرفت.
از اوایل آذرماه 1379 محاکمه شرکت‌کنندگان در کنفرانس برلین آغاز شد که پرخبرترین این دادگاه‌ها مربوط به محاکمه اکبر گنجی بود. گنجی که به همراه خلیل رستم‌خانی و به اتهام شرکت در کنفرانس برلین محاکمه می شد، در دادگاه تأکید کرد که صرفاً به دلیل نوشته هایش درباره قتل های زنجیره ای محاکمه می‌شود. او ضمن تکذیب اتهامات مربوط به کنفرانس برلین در خصوص اتهام انتصاب قتل های زنجیره ای به نظام نیز تأکید کرد که او آن را به محفلی دیگر نسبت داده است و در دفاعیات خود اسامی علی فلاحیان، دری نجف‌آبادی و محسنی‌اژه‌ای را مطرح کرد. روز بعد اگر چه مطبوعات از انتشار این نام ها خودداری کردند لیکن پاسخ های داده شده به گنجی مشخص کرد که او چه کسانی را متهم کرده است. اکبر گنجی علی فلاحیان را شاه کلید پرونده قتل ها، محسنی اژه ای را صادرکننده حکم قتل پیروز دوانی و دری نجف آبادی را صادر کننده دستور قتل‌های پاییز 77 معرفی کرده بود. محسنی اژه ای در اینباره گفت: “بزودی درباره ادعای گنجی درباره قتل های زنجیره ای پاسخ خواهم داد.” [ روزنامه جمهوری اسلامی – پانزدهم آذر 1379] و البته هیچ گاه پاسخی نداد.
دری نجف آبادی نیز از سوی دفتر خود ادعای گنجی را تکذیب کرد. او گفت: “همانطوری که قبلاً به اطلاع ملت شریف رساندم، بنده در جریان این مسأله نبودم و هرگونه اطلاعی در این رابطه را تکذیب می‌کنم.” دری نجف آبادی افزود: “در این مسأله نه حکمی بوده و نه فتوایی، متهمین خود باید پاسخگوی اعمال خویش باشند.” [روزنامه همشهری – نوزدهم آذر 1379]
اواخر دی ماه سال 79 بالاخره حکم دادگاه بدوی کنفرانس برلین اعلام شد. در این حکم محمود دولت‌آبادی، محمدعلی سپانلو، علیرضا علوی تبار، حمیدرضا جلایی پور، جمیله کدیور و منیرو روانی‌پور تبرئه شدند لیکن مهرانگیز کار به چهار سال زندان، علی افشاری به پنج سال، عزت الله سحابی چهار و نیم سال، فریبرز رئیس دانا سه سال (تعلیقی) و شهلا لاهیجی به چهارسال زندان محکوم شدند. در این میان حکم گنجی از همه شگفت انگیزتر بود. او به ده سال زندان و پنج سال تبعید در بشاگرد محکوم شده بود.