پس از ترور حجاریان روزنامه های اصلاح‌طلب گزارش‌های مفصلی در اینباره منتشر کردند. توجه به خلاصه‌ای از این گزارشها نکات قابل تاملی را مشخص می‌کند. گفته می‌شد سی و پنج دقیقه از ساعت هشت بامداد روز یکشنبه بیست و دوم اسفند ماه گذشته بود که یک تیم سه نفره تروریستی از فاصله کمتر از یک متری گلوله ای را به سوی مغز سعید حجاریان- از رهبران ارشد جریان اصلاحات و جبهه مشارکت ایران اسلامی- شلیک کردند. تروریست ها که با موتور هزار سی‌سی حرکت می‌کردند در فاصله‌ای نزدیک به نائب رئیس شورای شهر تهران ایستادند و به او که همراه با محمود علیزاده طباطبایی-دیگر عضو شورای شهر تهران-در حال پاسخگویی به شهروندان تهرانی بود، در ابتدا مانند بسیاری از دیگر افراد حاضر در محل به حجاریان سلام کردند-بدون آنکه وی آنان را بشناسد- و سپس با شلیک یک گلوله اقدام به سوء قصد کردند. این در حالی بود که هیچ کدام از نیروهای انتظامی حاضر در محل و شورای شهر واکنشی از خود نشان ندادند و حتی به شلیک هوایی نیز اقدام نکردند.
سعید حجاریان به وسیله موتور سیکلتی مورد سوء قصد قرار گرفت که تعداد محدودی از آن در تهران وجود دارد و بر اساس گزارش مراکز امنیتی، کمتر از صد نفر به آن نوع موتوردسترسی داشتند. تردد این وسیله در سطح شهر تهران نیزبسیار محدود است و گفته می شد تنها در برخی مأموریتها مورد استفاده قرار می‌گیرد. از طرفی حجاریان، نایب رئیس شورای شهر تهران برای تردد از حفاظت ماموران امنیتی بهره نمی برد و با یک ماشین پیکان سفیدرنگ سطح شهر را طی می‌کرد. وی حتی در شرایطی که احتمال ترورش افزایش یافته بود حاضر نشد از ماموران امنیتی برای حفاظت از خود استفاده کند و تنها پس از اصرار بسیار چند روزی بود که پذیرفته بود برای حفاظت از جانش سلاح تحویل بگیرد. این مساله از آن نظر مهم است کگه نشان می دهد بر اساس پیشبینی نهادهای امنیتی جان حجاریان پس از انتخابات مجلس ششم در خطر بوده است.
بدن آغشته به خون مدیر مسئول روزنامه صبح امروز پس از اصابت گلوله چند دقیقه ای بر کف زمین باقی ماند و سپس توسط دو عضو دیگر شورای شهر به بیمارستان سینا منتقل شد تا زیر نظر یک تیم پزشکی به سرپرستی دکتر محمدرضا ظفرقندی تحت درمان قرار گیرد. علی شکوری راد و علیرضا نوری دو تن از نمایندگان پزشک مجلس ششم-که از سوی جبهه مشارکت حمایت می‌شدند- نیز در اتاق معالجه سعید حجاریان حضور یافتند و بر مراحل درمان وی نظارت کردند. در حالی که در ابتدا اعلام شده بود دو گلوله به سوی قلب و مغز حجاریان شلیک شده بود، پزشک معالج وی اعلام کرد تنها یک گلوله به سوی مغز وی شلیک شده است و با حرکت صورت حجاریان به سوی گونه سمت چپ منحرف شده و با ورود به گردن از کنار نخاع عبور کرده و رگ تغذیه کننده خون مغز را قطع کرده است. همین فرآیند منجر به آن شد که پزشکان معالج اعلام کنند تا زمانی که علائم حیاتی مغز را دریافت نکنند اقدام به عمل جراحی برای خارج کردن گلوله از کاسه سر نخواهند کرد.
در حالی که گلوله نیز در مجاورت نخاع و در داخل ماهیچه های گردن متوقف شده بود. با وجود این پس از گذشت پنج ساعت قرار گرفتن سعید حجاریان در حالت کمای درجه سه–شدیدترین درجه کما- نخستین علائم حیاتی وی ظاهر شد و وی به دستور پزشک معالج اقدام به تکان دادن پای خود کرد.نخستین واکنش جدی به ترور حجاریان از سوی شورای امنیت کشور صورت گرفت. علی ربیعی، به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی بلافاصله در بیمارستان محل بستری شدن سعید حجاریان حضور یافت و ضمن اعلام تشکیل جلسه اضطراری شورای امنیت کشور، از تشکیل کمیته ای به ریاست سیدعبدالواحدموسوی لاری وزیر کشور و با حضور نماینده وزارت اطلاعات خبر داد. علی یونسی وزیر اطلاعات نیز بعدازظهر همانروز در بیمارستان حضور یافت و ترور حجاریان را محکوم کرد. وی اعلام کرد با تمام توان جلوی این اقدام تروریستی خواهد ایستاد.
ربیعی نیز از جلسه فوق العاده شورای امنیت ملی خبر داد. ربیعی که مشاور رئیس جمهور نیز بود در یک اظهار نظر رسمی اعلام کرد: “کسانی که حجاریان را برای ترور انتخاب کرده اند، می دانستند که با این اقدام، کشور را به بحران می‌کشانند.” همچنین سید محمد خاتمی رئیس جمهور که برای یک سفر چند روزه به یزد سفر کردهبود، هنگامی که خبر ترور سعید حجاریان مشاور عالی رتبه اش را شنید، در میانه سخنرانی خود این اقدام را محکوم و اعلام کرد به مبارزه با تروریسم و خشونت ادامه خواهد داد. خاتمی در بخشی از سخنان خود گفت: “امروز نماینده مردم شهر تهران در شورای شهر مورد اصابت گلوله قرار گرفت و به شدت مجروح شد. دشمنان آزادی و سربلندی این ملت می پندارند که با از پای درآوردن یک انسان اهل ایمان، اندیشه و خدمتگزار به مردم و انقلاب به اهداف خود می رسند.” رئیس جمهور ترور را وسیله کسانی خواند که “چون از وقفه در حرکت رو به آینده این ملت مایوس شده اند به آن متوسل می شوند.” رئیس جمهور در تهران نیز رئیس دفتر خود را به بیمارستان سینا فرستاد و ضمن عیادت از سعید حجاریان که همچنان در حالت کما به سر می برد در گفتگو با خبرنگاران این حرکت را محکوم کرد.
ترور حجاریان در شرایطی صورت گرفت که موج انتقاد محافظه‌کاران علیه اصلاح طلبان پس از انتخابات مجلس فزونی یافت و حتی در مواردی به تهدیدهای آشکاری بدل شد. کیهان در روز یکشنبه - همان روز که حجاریان ترور شد- نوشت: “اگر موج گسترده حملات تخریب شخصیت، جریان نفاق جدید را به نتیجه مطلوب رساند، در مرحله بعدی تیم نظامی این جریان به کمک خواهد آمد و بعضی از شاخص های انقلاب و یاران امام و ولایت را ترور فیزیکی خواهد کرد.” سرمقاله این روزنامه متن خود را با این عبارت به پایان رسانده بود: “با چنین تحلیلی از اوضاع کنونی است که این تفسیر حکیمانه از شرایط فعلی را می توان درک کرد که باب شهادت باز شده است!”
در آن زمان تهدید چهره‌های شاخص رفورمیست از جمله اکبر گنجی نیز افزایش یافته بود. حتی به گفته شاهدان عینی، یکی از تروریستها هنگام اقدام به ترور ابتدا نام گنجی را بر زبان آورده بود.
پس از ترور حجاریان همه بیاد آوردند هنگامیکه برنامه قتلهای زنجیره ای روشنفکران با افشای تیم عملیاتی آن ناتمام ماند، در محافل سیاسی، فهرستی منتشر شد که حکایت از برنامه ریزی برای ترور تعدادی از روشنفکران دینی و سیاستمداران اصلاح طلب می‌کرد. در این فهرست-که بیش از یکصد نام در آن به چشم می خورد- سعید حجاریان، عبدالله نوری و محسن کدیور در رأس قرار داشتند. به نظر می‌رسید که برنامه تروریستهای حکومتی، در جایی دیگر ادامه دارد.