اویل مهرماه 1379 آفتاب یزد از قول الشرق الاوسط به نقل از یک منبع نزدیک به دولت ایران خبر داد که «مهاجرانی در ماه مارس گذشته به دنبال حملات شدید جناح ضداصلاحات علیه او و نیش و کنایه‌ای که متوجه او بود، استعفای خود را به خاتمی تسلیم کرد. اما خاتمی به او گفته بود: با هم آمده‌ایم و با هم خواهیم رفت!» همان روزها رسول منتجب نیا، عضو مجمع روحانیون مبارز در گفتگویی با خبرگزاری دانشجویان ایران گفت: «بسیاری از انتقادهایی که نسبت به دکتر مهاجرانی صورت می گیرد، متوجه نقاط قوت اوست نه نقاط ضعف وی. به عبارت دیگر انتقاد از شعارهای دولت و رئیس جمهوری است نه عملکرد وزیر یا وزارت ارشاد.» وی افزود: «در زمانی که آقای خاتمی، تصدی وزارت ارشاد را بر عهده داشت، در همان مدت محدود، چنین تهاجم همه جانبه ای به ایشان نیز صورت گرفته و چنین ابراز می‌داشتند که وزارت ارشاد یعنی کانال ورود دشمن و تهاجم فرهنگی»
از طرفی روزنامه انتخاب از قول کوزه گر، نماینده شهریار در مجلس که وی را به عنوان «دوست نزدیک مهاجرانی» معرفی کرده بود، نوشت: «من مهاجرانی را مرد استعفا نمی‌بینم.» خبر دیگری که در هفته اول مهر منتشر شد اعلام آمادگی مدیر شبکه چهارم سیما، برای برگزاری مناظره «محمدتقی مصباح یزدی» و «عطاالله مهاجرانی» بود.در عین حال به نوشته روزنامه رسالت، آیت‌الله مصباح یزدی در جمع «هزاران نفر از فضلا و طلاب حوزه علمیه قم در مدرسه فیضیه» گفته بود: «نباید چنین توقعی باشد که هر کسی و از هر جایی مرا به مناظره دعوت کرد، بنده هم بپذیرم. این موردی را هم که پذیرفتم به این صورت بود که یک بار در صداوسیما مناظره به شکل مستقیم برگزار شود تا مردم متوجه ماهیت این افراد بشوند!»اشاره مصباح به مناظره اش با محمد جواد حجتی کرمانی در تلوزیون بود.
چند روز بعد و در یازدهم مهر ماه روزنامه ایران به نقل از روزنامه الحیات خبر از استعفای مهاجرانی داد و نوشت مهاجرانی تا دوهفته آینده کنار خواهد رفت.این روزنامه همان روز از قول یکی از نمایندگان نیز این خبر را نقل کرده و گزارش داد که در صورت استعفای مهاجرانی، وی به عنوان دبیرکل حزب کاگزاران سازندگی انتخاب خواهد شد.ایران، پست بعدی مهاجرانی را نیز معاونت رئیس جمهوری در سازمان ایرانگردی و جهانگردی معرفی کرده بود. روزنامه انتخاب نیز به نقل خبر استعفای وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی پرداخت لیکن نوشت که او پس از وزارت، معاون اول رئیس جمهوری خواهد شد.
روزنامه جمهوری اسلامی روز سیزدهم مهر در ستون جهت اطلاع خود از قول خبرگزاری رویتر آورد:«آقای خاتمی از مهاجرانی خواسته است پیش از پذیرش استعفایش، باید تغییراتی در متن پنجاه صفحه‌ای استعفانامه‌اش به عمل آورد و آن را تعدیل و بازنویسی کند؛ زیرا این استعفانامه به این صورت پذیرفتنی نیست.»
در همان ایام نشریه جمعیت مؤتلفه اسلامی درباره این خبر نوشت:« جالب است که آقای مهاجرانی تصور می‌کند که استعفای او خیلی برای این طرف اهمیت دارد و در نقد حال خود در اطلاعات طوری نوشته است که گویا رفتن او مژده‌ای برای خط ولایت و امامت است. در حالی که این طرف چندان اهمیتی برای این استعفا قائل نیست. زیرا به جای او فردی به شدت جناحی وزیر می‌شود که تفاوتی با او ندارد» روزنامه کیهان نیز روز یازدهم مهر از قول یکی از خوانندگان خود، استعفای وزیر ارشاد را نوش‌دارویی بعد از مرگ سهراب خوانده و آورد:« با این کار می‌خواهند بگویند به درخواست علما و ایثارگران توجه شده است»
در آن زمان گفته می‌شد که فشار مستقیم رهبر ایران به خاتمی و خواسته‌ی صریح او مبنی بر تغییر مهاجرانی تا پیش از پایان دور اول ریاست‌جمهوری‌اش خاتمی را مجبور به عقب نشینی کرده است. مهاجرانی علاوه بر اینکه وزیری پرحاشیه محسوب می‌شد به عنوان نماد رفورمیستهای رادیکال باقی‌مانده در دولت نیز محسوب می‌گردید. مهاجرانی در دوران وزارت خود حتی یکبار صریحا درباره‌ی این سخن آیت‌الله خامنه‌ای که مصباح یزدی را با مطهری و علامه طباطبایی مقایسه کرده بود چنان سخنی را به طنز شبیه دانست و تلویحا چنان تعبیری را رد کرد. رویارویی مهاجرانی با رهبر ایران در موارد دیگری هم بوجود آمد که از جمله به شرکت نکردن او در جلسات خصوصی با آیت‌الله خامنه‌ای مربوط می‌شد. البته مهاجرانی نیز چند باری برخلاف رویه‌ی خود اظهاراتی علیه نهادهای رفورمیست از جمله مطبوعات – و بخصوص روزنامه جامعه- داشت. اما کارنامه او را مجموعا باید کارنامه‌ای نامطلوب از دیدگاه بنیادگرایان دانست.
به هر حال، در حالی که محافظه کاران نیز چندان از استعفای وزیر ارشاد اظهار راضایت نمی‌کردند، روز چهاردهم مهر روزنامه آفتاب یزد از قول مهاجرانی آورد:« استعفا نداده ام».
سیزدهم مهر، روزنامه ایران مصاحبه ای با محمدعلی ابطحی رئیس دفتر ریاست جمهری را منتشر کرد، که نکات مهمی داشت. ابطحی در پاسخ به سؤالی درباره خاتمی گفته بود:« ایشان یک سلسله نگرانی کلی و در واقع دل نگرانی‌هایی دارند، نسبت به اینکه آیا روشی که انتخاب کرده‌اند، جامعه را به سرمنزل مقصود می‌رساند یا خیر؟ و اینکه موانع و مشکلاتی که پیش روی آقای خاتمی است تا چه زمانی قرار است تداوم داشته باشد؟ به هر حال ایشان نگران عدم تحقق شعارها و برنامه هایی است که به مردم اعلام کرده است.»
چند روز بعد استعفای مهاجرانی، وزیری که رئیس جمهور دیدگاه فرهنگی او را نزدیک ترین دیدگاه به اندیشه خود معرفی کرده و حتی او را به سخنگویی دولت برگزیده بود، نگرانی‌های خاتمی را مشخص‌تر کرد. مهاجرانی، همان که از استیضاح محافظه کاران در مجلس پنجم نیز جان به در برد و همواره استعفا را بدسلیقگی می دانست، در حالی که کمتر از یک سال به پایان دوره ریاست جمهوری خاتمی باقی مانده بود، مجبور به ترک کابینه شده بود.