به دنبال تشکیل شورایی از سوی رهبر جمهوری‌اسلامی برای حل اختلاف میان قوای سه گانه، برخی سایت‌های اصول‌گرا خبر از آن داده‌اند که هدف از تشکیل چنین شورایی، کاهش هزینه‌هایی است که بر رهبر جمهوری اسلامی به دلیل دخالت در کار دولت وارد می‌شود. در همین حال یک عضو مجلس خبرگان عملکرد نامناسب هاشمی‌رفسنجانی و مجمع تشخیص را از دلایل تشکیل چنین شورایی دانست.
به دنبال تشکیل شورای حل اختلاف قوای سه‌گانه از سوی رهبر جمهوری اسلامی، یک سایت نزدیک به محمدباقر قالیباف، دلیل تشکیل این شورا را اختلاف‌هایی دانست که “هیچ گاه به اندازه امروز جدی نبوده است. البته در حال حاضر بین دو قوه مقننه و قضائیه، اختلاف خاصی وجود ندارد، بلکه در عمل شاهد اختلافاتی بین قوه مجریه با بقیه نهادهای کشور هستیم”.
این سایت همچنین با متهم کردن احمدی‌نژاد و اطرافیانش به هزینه کردن رهبر جمهوری‌اسلامی، ادامه داده است: “با تشکیل این هیأت نیازی نخواهد بود مقام معظم رهبری شخصاً در برخی موارد اختلافی وارد شوند چرا که این هیأت با تفویض اختیاری که صورت گرفته، رأساً به بررسی اختلافات و ارائه نظرات مشورتی می پردازد. این تدبیر، در واقع برخی تلاش ها جهت هزینه کرد از رهبری را کاهش می دهد”.
آیت‌الله خامنه‌ای روز دوشنبه با صدور حکمی، محمود هاشمی شاهرودی، محمد حسن ابوترابی (نماینده مجلس)، مرتضی نبوی (عضو شورای مرکزی جامعه اسلامی مهندسین)، عباسعلی کدخدایی (سخنگوی شورای نگهبان)، و صمد موسوی خوشدل را به عنوان اعضای هیات پنج نفره‌ای برگزید که قرار است به منظور بررسی و ارائه نظرات مشورتی در موارد حل اختلاف و تنظیم روابط سه قوه (مجریه، مقننه و قضائیه) فعالیت کند.
وی در این حکم، از مسوولان خواسته در تعامل با یکدیگر، “روابط قوا را به نحو مطلوب تنظیم و اختلافات احتمالی را رفع” و با این هیات همکاری کنند.
این هیات در حالی از سوی رهبر جمهوری‌اسلامی تشکیل شده که براساس قانون اساسی، وظایف آن بر عهده مجمع تشخیص مصلحت نظام است. ریاست این مجمع با هاشمی‌رفسنجانی است که در زمره مخالفان پروپاقرص احمدی‌نژاد قرار دارد.
شاید به همین دلیل یک عضو مجلس خبرگان تشکیل چنین هیاتی را به دلیل “عملکرد نامناسب” مجمع تشخیص در “نحوه تنظیم روابط قوا” دانسته است.
حسن ممدوحی گفته است: “حکمیت هاشمی رفسنجانی در مجمع تشخیص بی‌طرفانه نبود و این مجمع نتوانست در تنظیم روابط قوا عملکرد مناسبی داشته باشد. زاویه‌ای که هاشمی رفسنجانی برای خود ایجاد کرد، باعث از دست رفتن این توانایی مجمع تشخیص مصلحت نظام شد”.
وی همچنین با اشاره به محدود شدن دامنه فعالیت‌های مجمع تشخیص مصلحت نظام، اضافه کرده است: “در واقع مجمع کار ارزشمند حکمیت را از دست داد، چراکه حکمیت هاشمی رفسنجانی بی‌طرفانه نبود و حکمیت مجمع نمی‌توانست مورد قبول قوا باشد”.
پیش از این و در زمان بالا گرفتن اختلافات میان مجلس و احمدی‌نژاد نیز رهبر جمهوری اسلامی هیاتی موقت را برای داوری درباره این اختلافات منصوب کرده بود.در زمان بحث ادغام وزارت‌خانه‌ها نیز جلسه‌ای با حضور خود وی برای حل اختلافات تشکیل شد که به نتیجه مطلوب نرسید.
جدی‌ترین اختلافات میان مسوولان جمهوری‌اسلامی اما از زمان برکناری وزیر اطلاعات به دستور احمدی‌نژاد و سپس ابقای وی با حکم حکومتی آیت‌الله خامنه‌ای به وقوع پیوست. این مساله باعث خانه نشینی یازده روزه احمدی‌نژاد و نزدیک شدن او به استعفا از مقام خود گردید.
از آن پس اصول‌گرایان ساکن در مجلس بر شدت انتقادات خود از احمدی‌نژاد افزودند و اطرافیان وی چون مشایی و بقایی را جریان انحرافی نام نهادند.
در همین حال برخی آگاهان سیاسی، اعلام کرده‌اند مطرح شدن مجدد نام آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی می‌تواند معانی مختلفی داشته باشد. در زمان ریاست شاهرودی بر قوه قضاییه، بر خی منابع غیررسمی از او با عنوان نایب رهبر جمهوری‌اسلامی یاد می‌کردند.
