در جلسات دادگاه تروریستهای بنیادگرا، شکایت مربوط به ترور شش قربانی دیگر ترور در شهرری با نام های ابراهیم قمری، غلامرضا عبداللهی، مجتبی امین، مریم متقی، محمود کاوه و محمدحسین مهراسبی نیز مطرح شد. به گفته وکیل حجاریان شبکه ترور در شهر ری که پیش از آن و طی چند سال قبل چندین نفر دیگر را هم مجروح کرده و یا به قتل رسانده بودند، اما این افراد یا خانواده آنان هیچگاه به دادگاه آورده نشدند و پرونده فردی بنام کاوه که یکی از قربانیان ترور این گروه بود نیز در بیمارستان هفتم تیر مفقود شد، به خانواده مهراسبی یکی دیگر از قربانیان اجازه مراسم ختم داده نشد و حتی حجله اش به رگبار بسته شد. پیگیری پرونده قتل مریم متقی نتیجه ای در برنداشت و پی جویی پرونده دیگر قربانیان ابراهیم قمری، مجتبی امین و غلامرضا عبداللهی به سرانجام نرسید.
حاشیه جلسات محاکمه تروریست هایی که به حجاریان حمله کرده بودند نیز نکات مهمی داشت. در آخرین جلسه محاکمه هنگام ورود متهمان به دادگاه جمعی از حضار دادگاه صلوات فرستادند و از میان همان جمع معدودی که هم سن متهمان به نظر می رسیدند به علی پورچالویی بیش از دیگر متهمان عرض ارادت و مودت کردند، پورچالویی هم ارادت آنها را بی پاسخ نگذاشت و هنگامی که می خواست بر روی صندلی بنشیند برای دوستان خود دست تکان داد.
نهایتا چند روز بعد حکم طنزآمیز دادگاه صادر شد. به گزارش روابط عمومی دادگستری کل استان تهران سعید عسگر به اتهام اقدام علیه امنیت کشور از طریق مباشرت به ترور سعید حجاریان و ابوالقاسم شفیعی به مجازات 15 سال حبس در زندان اصفهان محکوم شدند.سید محسن مجیدی( پاسدار سژاه پاسداران)نیز به اتهام اقدام علیه امنیت کشور از طریق معاونت در ترور حجاریان و شفیعی و کاوه به 10 سال حبس در زندان شیراز محکوم شدند و محمدعلی مقدمی به اتهام اقدام علیه امنیت کشور از طریق معاونت در ترور حجاریان به 7 سال حبس در زندان کرمانشاه محکوم شد.بقیه متهمان نیز به حبس از چهار تا سه سال محکوم شده و موسی جان نثاری، مهدی روغنی و سعید گگونانی نیز تبرئه شدند. [روزنامه بهار – بیست و نهم اردیبهشت 1378]
جبهه مشارکت پیش از صدور حکم، طی بیانیه ای نسبت به شیوه محاکمه عوامل ترور حجاریان اعتراض کرد و نوشت:
“متهمان پرونده جوانانی هستند که ادعا می کنند با انگیزه مذهبی مدتهاست تشکیل گروه داده و با تهیه سلاح و شناسایی اهداف خود و عملیات مسلحانه درصدد اصلاح جامعه برآمده اند. اگر فشار افکار عمومی در قضیه ترور آقای حجاریان نبود معلوم نبود تاکنون اینان دستگیر و به اقدامات آنان خاتمه داده می شد، حال آنکه برای دستگاههای انتظامی و امنیتی شناسایی افراد کم سن و سال و عمدتاً بی تجربه و برخورد با آنان نباید چندان دشوار بوده باشد.این بیانیه همچنان اعلام کرد: دادگاه به ریشه ماجرا که چگونه عده ای به خود حق داده اند در زمان استقرار حکومت مشروع جمهوری اسلامی درصدد قضاوت برآمده و نسبت به دیگران اجرای حکم کنند، نپرداخت و مشخص نکرد که بر اساس کدام آموزه ها این جوانان با قهقهه و اعتماد به نفس و در میان صلوات و تکبیر دوستانشان (!) همچون قهرمانان در جایگاه حاضر می شوند و بدون ذره ای احساس پشیمانی به نقل داستانی که اجزای آن نیز حاوی تناقضات بسیار است، می پردازند.دادگاه مشخص نکرد که چرا در میان حوادث سالهای اخیر در شهر ری که به این گروه نسبت داده شده، مواردی که به قتل منجر شده است مورد بررسی قرار نگرفت؟” [روزنامه همشهری – بیست و ششم اردیبهشت 1379]
ماجرای ترور حجاریان و محاکمه عوامل آن در همین جا پایان نیافت بلکه چند ماه بعد در میان شگفتی محافل سیاسی ایران خبر رسید که محکومین پرونده مزبور آزاد شده اند. گفته می شد توجیه قاضی پرونده آن بوده است که چون این حکم قطعی نیست متهمان می توانند تا صدور حکم بعدی آزاد باشند. در حکومتی که روزنامه نگاران و فعالان سیاسی قبل از محاکمه ماهها زندانی می شدند تروریستها حتی پس از محاکمه و صدور حکم نیز آزاد شده بودند.
در این زمان چند ماهی از تشکیل مجلس ششم گذشته بود؛ نمایندگان مجلس اسماعیل شوشتری، وزیر دادگستری را به مجلس فراخواندند تا در اینباره از او پرسش کنند. سؤال نمایندگان این بود که چرا روزنامه نگاران حتی پیش از محاکمه ماهها در حبس نگه داشته می شوند اما متهمان ترورهای متعدد که در دادگاه اعتراف نیز کرده اند آزاد شده اند. به گفته نمایندگان وزیر مزبور تأکید داشت که تصمیم گیری در این مورد با قاضی است و او در این مورد نمی تواند پاسخگو باشد و حاضر نشد که در مجلس حضور یابد. فاطمه حقیقت جو نماینده تهران در مجلس با اعتراض به این مسئله معتقد بود: «وزیر دادگستری رابط سه قوه است و از لیست پیشنهادی رئیس قوه قضائیه برای عضویت در کابینه انتخاب می شود. به این ترتیب رئیس جمهور اختیار تام برای انتخاب وزیر دادگستری را ندارد و وزیر کسی است که بیشترین هماهنگی را با رئیس قوه قضائیه دارد، بنابراین باید شاهد پاسخگویی بیشتری در خصوص مسائل قوه قضائیه از سوی وزیر دادگستری باشیم.» [روزنامه همشهری –هشتم آذر 1379]
اظهارات وزیر دادگستری در کمیسیون قضائی مجلس نمایندگان را قانع نکرد و آنان وزیر را برای پاسخگوئی در جلسه علنی به مجلس فراخواندند. وزیر دادگستری البته به مجلس نیامد و مهدی کروبی رئیس مجلس در پاسخ به تذکر یکی از نمایندگان در اینباره گفت: «وزیر دادگستری معتقد است که چون در مسائل مربوط به قوه قضائیه مسئولیتی ندارد، لذا پاسخگو نمی تواند باشد.»کروبی اضافه کرد که پرسش از وزیر دوستانه بوده و وی نیز دوستانه در جلسه کمیسیون قضائی حاضر شده و به آن پاسخ داده است! به دنبال خودداری وزیر دادگستری از حضور در جلسه پنجاه تن از نمایندگان طرح استیضاح وزیر دادگستری را امضا کردند که محقق نشد. [روزنامه همشهری – دهم دی ماه 1379]