در حالی که روند توقیف مطبوعات ادامه داشت، وزارت ارشاد در بیانیه‌ای نسبت به توقیف مطبوعات اعتراض کرد. در این بیانیه که از سوی معاونت مطبوعاتی آن وزارتخانه منتشر شد تصریح بود: “به اطلاع ملت عزیز ایران می‌رساند که در 48 ساعت گذشته دادگستری تهران 13 نشریه از جمله 9 روزنامه کثیرالانتشار کشور را توقیف موقت نموده است. چنین اقدام بی‌سابقه دادگستری تهران، فضای مطبوعاتی و رسانه‌ای کشور را ناامن و آینده آزادی بیان و قلم را در پرده‌ای از ابهام قرار داده است.” [روزنامه ایران –هفتم اردیبهشت 1379] همان روز روزنامه اخبار اقتصاد نیز توقیف شد.
در چنین فضائی اعتراض های آرام دانشجویی در برخی دانشگاههای کشور شکل گرفت که بدلیل فقدان مطبوعات رفورمیست اخبار زیادی از آن اعتراض ها منتشر نشده است. ظاهرا اولین تحرکات اعتراض‌آمیز در میان دانشجویان ساکن کوی دانشگاه تهران بود و پس از آن دانشگاههای دیگر از جمله دانشگاه بوعلی سینای همدان، دانشگاه شهید بهشتی کاشان، دانشگاه خواجه نصیرالدین طوسی تهران، دانشگاه شیراز، دانشگاه فردوسی مشهد، دانشگاه علم و صنعت تهران، دانشگاه ارومیه، دانشگاه شهید عباس پور تهران، دانشگاه یزد، دانشگاه شهید باهنر کرمان و برخی دیگر از مراکز آموزش عالی از جمله چند دانشگاه آزاد در روزهای ششم و هفتم اردیبهشت ماه صحنه اعتراض ها و تجمع های نه چندان بزرگ دانشجویی بود.
نهم اردیبهشت، اکبر هاشمی رفسنجانی که در آن زمان ناکام بزرگ انتخابات مجلس ششم محسوب می شد، نماز جمعه تهران را اقامه کرد و حملات لفظی شدیداللحنی به شرکت کنندگان در کنفرانس برلین و همچنین مطبوعات نمود. هاشمی از این زمان کاملا در دامن بنیادگرایان و راست افراطی و سنتی غلطید و در سالهای اول دهه هشتاد به متحد تمام عیار آنان تبدیل شد. البته اتحاد با هاشمی رفسنجانی از سوی بنیادگرایان هیچگاه به رسمیت شناخته نشد و در اولین آزمونهای مشترک کاملا علیه او اقداماتی جدی صورت گرفت که مهمترین آن حذف وی در انتخابات ریاست جمهوری نهم است.
هاشمی رفسنجانی در آن نماز جمعه که گونه ای انتقام جویانه سخن می گفت ارادت خود به رهبر ایران را چنین بیان کرد: “در دو سه مورد، مشاجرات بی جهت مطبوعات و جناح ها مثل بحث در خشونت، یا تقدم توسعه سیاسی و اقتصادی که باعث شده مسائل اصولی کشور فراموش و مسئولان کشور به کارهای غیرلازم مشغول شوند، از نگرانی های رهبر انقلاب بوده است. اما تعبیرات نسبتاً تند رهبر انقلاب که حاکی از احساس خطر ناشی از تبدیل برخی مطبوعات به پایگاه دشمن و نفوذ چندچهره ها به مطبوعات و اجرای مأموریت برای استکبار است، تازه است. ایشان استراتژی حرکت ما را تعیین کردند و مخاطبشان هم آمریکا و خارجی ها بود؛ رهبر انقلاب گفتند اگر شرایط حرکت امام حسن و امام حسین را مقایسه کنید و بخواهید بدانید شرایط امروز کشور چگونه است، مطمئن باشید سیاست نظام، سیاست امام حسن نیست. سیاست ما امام حسینی است.”
هاشمی همچنین به ماجرای کنفرانس برلین اشاره کرده و از اقدام صداوسیما در انتشار بخش‌هایی از این کنفرانس به شدت دفاع نموده و گفت: “طراحی های زیادی کرده بودند؛ چندماه است که در حرف‌های رهبری بود و رهبر معظم انقلاب حرف های سست نمی زند. مدتی اینها کار کرده بودند روی همه چیز کار کرده بودند. حرفهایی که آنجا باید زده شود، افرادی که باید به نمایندگی از جناح‌های مختلف اعم از نویسنده، شاعر و روزنامه چی و حزب چپی، لیبرال و حقوقدان و همه این چیزها را جور کرده و 17 نفر را تنظیم کرده بودند تا همه شئون انقلاب اسلامی را در آنجا محاکمه بکنند و از آن‌طرف هم نیروهایی را جمع کرده بودند تا در آنجا یک صحنه درست کنند باز و کبوتر در ست نمایند کبوترها در حد اعتدالی اصلاحات آمریکایی قانع شوند.”!
او اضافه کرد: “به هر حال خداوند در جاهایی که ما حاضر نیستیم، با ملائکه‌ی خودش از انقلابش حمایت می‌کند و این نمونه‌ی روشن حمایت الهی است که خوشبختانه فیلمش را گرفته‌اند. حالا حرفهایی که می زنند خانم برهنه دارد آنجا می رقصد چرا اینان را نشان دادید اینها حرف است. هر شب شما دارید از این فیلمها را می بینید، کسی غصه این چیزها را نمی خورد، لااقل شماها نمی‌خورید، حالا اگر دیگران غصه می‌خورند، آنها روی این یکی حرفی ندارند و حاضرند لخت ترش هم دیده شود حقایق باید روشن شود.” [روزنامه جمهوری اسلامی – دهم اردیبهشت 1379]
سخنان کینه توزانه‌ی هاشمی رفسنجانی اشتباه سیاسی بزرگ او را نیزدر تاریخ ثبت کرده است. او که تصور می‌کرد با نزدیک شدن به رهبر ایران خواهد توانست توازن قوا را به سود خود تغییر دهد بزرگترین بازنده‌ی این بازی تاریخی بود. پیش از این گفته‌ایم که اشتباه رفورمیست‌های ایران در هجوم به رفسنجانی تاچه حد مهلک بود و منجر به شکست پروژه رفورمیسم خاتمی شد. اکنون لازم به تکرار آن سخنان نیست . چنان رفتاری نه نشانه زیرکی سیاسی بود و نه نشانی از صداقت داشت. چراکه اغلب کسانی که بیشترین حمله به هاشمی رفسنجانی آوردند خود در دهه شصت همراه او بودند.
اما نباید فراموش کرد که هاشمی نیز در پشت کردن به اصلاح‌طلبان بزرگترین اشتباه سیاسی خود را مرتکب شد. او امکان هرگونه آشتی مسالمت جویانه با رفورمیست‌ها را از بین برد و به همین دلیل بود که آنان در انتخابات نهم ریاست جمهوری نتوانستند در همان مرحله اول از او حمایت کنند. سابقه‌ی کینه توزی هاشمی اجازه توجیه چنین اقدامی را به اصلاح طلبان نمی‌داد. و این در حالی بود که برخی از اصلاح‌طلبان در پشت صحنه صریحا اعلام می‌کردند که تنها گزینه ممکن برای جلوگیری از شکست کامل، هاشمی است. [از آن جمله بهزاد نبوی]