در بخش‌های پیشین گفتیم که گشایش مجلس ششم با بحرانی مواجه شد که نهایتا با ابطال گسترده‌ی رای مردم در تهران و برخی شهرها و جلوگیری از راهیابی علیرضا رجایی و برخی منتخبین دیگر خاتمه یافت.پس از برگزاری انتخابات 29 بهمن ماه و حضور گسترده مردم (حدود هفتاد درصد واجدین شرایط) و پیروزی رفورمیستها در آن، هنوز صد روزی تا هفتم خرداد1379، روز بازگشایی مجلس جدید، فرصت مانده بود.ترور سعید حجاریان، مشاور عالی رئیس جمهوری، عضو شورای شهر تهران و مدیرمسئول روزنامه صبح امروز، نشان از آغاز دور جدید «بحران سازی» بنیادگرایان برای مقابله با رفورم خاتمی داشت. این بحران با پخش گزینشی صحنه های کنفرانس «ایران پس از انتخابات» در برلین که حتی از نمایش رقص زنان نیمه عریان نیز در آن استفاده شده بود، به اوج خود رسید. تعطیل گسترده روزنامه های هوادار دولت، فضا را برای حرکت بعدی آماده کرد. موسوی لاری، وزیر کشور طی سخنانی در روز نهم تیرماه و در همایش دو روزه معاونین سیاسی و امنیتی استانداری‌های سراسر کشور، تأکید کرد: «شورای نگهبان از طرف برخی جریان ها به شدت تحت فشار بود تا نتیجه انتخابات را که برای آنها خوشایند نبود، ابطال نماید.» او با اشاره به تحولاتی که پس از پیروزی خاتمی در انتخابات دوم خرداد 1376 رخ داد، گفت: «کسانی که در اوج قدرت بودند این تغییرات و گرایش ها را ندیدند و شکست و موفقیت یک گروه و جریان یا فرد را، مساوی با شکست یا موفقیت اسلام معرفی کردند. این جریان برای اینکه مقابله کند، از روحانیت، مرجعیت، خدا و دین و اعتقادات مردم و هر آنچه سرمایه فناناپذیر جامعه بود، مایه گرفت، با این حال ذهنیت شکل گرفته در جامعه بر اساس مجموعه حوادث تاریخی به سمتی حرکت کرد که اکثریت می خواست.»
بالاخره، تلاش بنیادگرایان برای جلوگیری از گشایش مجلس ششم یا تعویق آن، ناکام ماند. این مجلس، سی امین مجلسی بود که پس از پیروزی جنبش مشروطهدر سال 1285 هجری شمسی، تشکیل شد. مجلس ششم در روز شنبه، هفتم خرداد ماه افتتاح شد. روز بعد روزنامه بهار که روزهای اول انتشار خود را می گذراند و در کنار روزنامه‌ی حیات‌نو پس از توقیف گسترده مطبوعات منتشر شده بود، طی سرمقاله ای با عنوان «مجلس و اصلاحات» نوشت: «افتتاح مجلس ششم که در پایان دادن به اصل رقابت سیاسی قانونی پیش رفت، فی نفسه واقعه ای مبارک است. می توان گفت مرحله ای که با ترور سعید حجاریان در جهت نظامی کردن فضای سیاست کشور آغاز شد، با شروع به کار مجلس، اینک به پایان رسیده است.»
شاید این تحلیل بهار، خوشبینانه بود، چرا که این «ماراتن» چند ماه پیش از آغاز انتخابات ریاست جمهوری دوره هفتم، شروع شده بود و هرگز به پایان نرسید. مجلس ششم، با دویست و هفتاد و نه نماینده به کار خود ادامه آغاز کرد در حالی که 173 تن از آنان فاقد سابقه نمایندگی بودند. از میان نمایندگان مجلس ششم، فقط «سید محمود دعایی» مدیر مسئول روزنامه اطلاعات بود که در تمام شش دوره مجلس شورای اسلامی، حضور یافت. میزان تحصیلات نمایندگان جدید هم قابل توجه بود. شصت و سه نفر از آنان دارای مدرک دکترا، شصت و پنج تن مدرک فوق لیسانس و نود و دو نفر، دارای مدرک لیسانس بودند.متوسط سن نمایندگان حدوداً سی و هشت سال بود که یازده نفر آنان زن و دویست و شصت و هشت نفر از آنان مرد بودند.
در مجموع، دوازده کرسی نمایندگی در مجلس، مربوط به حوزه های «بندر عباس و قشم»، «میناب و رودان»، «گچساران»، «داراب»، «نقده و اشنویه»، «جیرفت»، «دماوند و فیروزکوه»، «خوی»، «اسلام آباد غرب» و «سقز و بانه» به علت ابطال انتخابات از سوی شورای نگهبان خالی ماند و چند کرسی نیز با ابطال بعضی صندوق ها در حوزه مربوطه به نفر اعلام شده توسط وزارت کشور تعلق نگرفت.به این ترتیب از اقلیت محافظه‌کار و بنیادگرا در مجلس ششم حداقل ده نفر به کمک شورای نگهبان به این مجلس راه یافتند. البته از آن دوازده کرسی ابطال شده در مرحله میان‌دوره‌ای مجلس بازهم چند کرسی به رفورمیستها رسید. به نوشته مطبوعات، حدود دو میلیون رأی مردم، باطل یا جابجا شده بود. پرسروصداترین جابجایی ها در تهران صورت گرفت و «علیرضا رجائی» کاندیدای نیروهای ملی‌مذهبی و روزنامه های رفورمیست، که در لیست وزارت کشور به عنوان نفر بیست و هشتم معرفی شده بود، تا نفر سی و چهارم عقب رانده شد و به جای وی غلامعلی حدادعادل به عنوان نفر بیست و هشتم درهمان مرحله اول به مجلس رفت. این ابطال ها و جابجایی ها مورد اعتراض مسئولان اجرائی و وزارت کشور قرار گرفته و حتی اعتبارنامه برخی از آنان در مجلس با عدم تصویب اکثریت مواجه شد.
شورای نگهبان در روز پنجشنبه، دوم تیرماه با انتشار آخرین اطلاعیه خود در مورد انتخابات ششمین دوره مجلس، پرونده آنرا بست. در این اطلاعیه، شورای نگهبان با اشاره به سوابق ابطال در دوره‌های گذشته انتخابات، آورده بود: «با بررسی دوره سوم مجلس که 16 حوزه ابطال و یا در دوره چهارم که 11حوزه، متوقف و یا ابطال و همچنین در دوره پنجم که 14حوزه ابطال شد و مقایسه آن با دوره ششم که فقط 10حوزه ابطال و 3حوزه نیز جابجایی صورت پذیرفته، نشان از یک برخورد کاملاً قانونی دارد.» وزیر کشور نیزدر واکنشی به این اطلاعیه گفت: «با استناد به اطلاعیه پایانی شورای نگهبان می‌توان نتیجه گرفت که علی‌رغم گسترش بیش از حد نظارت و فشارهای روانی و تبلیغاتی که انجام گرفت تا نتیجه انتخابات را مورد شک و شبهه قرار دهد، انتخابات از سالم ترین انتخابات در طول دو دهه انقلاب محسوب می شود.» او اضافه کرد: «بنده نسبت به ابطال هایی که انجام گرفته هیچ توجیه نیستم و اگر مرجع بی طرفی وجود داشت قطعاً به این نتیجه می رسید که اکثر این ابطال ها بی دلیل بوده است» و «برای من جالب بود که شورای نگهبان در بیان دقت نظر خود، از ابطال کمتر در این دوره سخن گفته است!»