روز شنبه یک روز پس از سخنان رهبر ایران، روابط عمومی دادگستری استان تهران اعلام کرد که شرکت کنندگان در کنفرانس برلین به دنبال تشکیل پرونده ای در دادگستری به دادگاه احضار شده‌اند. آنروز سید محمد خاتمی رئیس جمهوری نیز در جمع وزیر و کارکنان وزارت علوم طی سخنانی تأکید کرد: «اصلاح، پاسداری از ارزش های دینی و انقلابی و دستاوردهای بزرگ انقلاب است و دفاع از ارزش ها و دین به معنای نشناختن حقوق و آزادی های مردم نیست.» خاتمی که گویی پاسخ سخنان مقام های ارشد محافظه کار را می‌داد، با طرح این پرسش که چرا ذهن جامعه مؤمن تحریک می شود که دین از بین رفت، گفت: «چرا زمینه‌سازی می شود تا جامعه به نام دفاع از ارزش ها به سوی بی‌قانونی و خشونت سیر کند؟» او با اشاره به حوادث دوران انتخابات ریاست جمهوری هفتم، گفت: «جریانی که پایگاهش معلوم و وظیفه اش حفظ امنیت کشور بود، علنی این نظر را مطرح کرد که با آمدن خاتمی هم اسلام و هم امنیت از بین خواهد رفت و آن را به شدت ترویج کردند. آیا بسیاری از بحران سازی‌های امروز ادامه آن حرکت نیست که طوری وانمود کنند که دین و اسلام از بین رفت.»
خاتمی سپس به ماجرای کنفرانس برلین اشاره کرده و گفت: «به هیچ وجه با کار صداوسیما موافق نبودم که مسأله را به این نحو مطرح کند که موجب تحریک احساسات و نگرانی بیش از حد بخش‌های مؤمن جامعه و کسانی که خواستار عظمت کشور هستند، بشود.» وی با تأکید بر اینکه آنچه در برلین نیز رخ داد قابل قبول نیست، گفت: «از آغاز انقلاب، از زمان حضرت امام (قدس) تاکنون دهها نشست و سمینار با انگیزه های مختلف که نوعاً برای تحریف انقلاب و دستاوردهای آن بوده برگزار شده و حرف های بی ربطی هم زده شده است و شنیده ام در کنفرانس برلین هم حرف های بد و نامناسبی زده شد و برخی حرف های خوب و معقول هم زده اند، آیا بناست هر چه در آرشیوهاست بیرون بکشند و نشان بدهند؟» [روزنامه ایران – چهارم اردیبهشت 1379]
بعدازظهر آن روز نیز اکبر گنجی که به تازگی از کنفرانس برلین برگشته بود به دادگاه مطبوعات رفت تا به شکایت شاکیانش از حفاظت اطلاعات نیروی انتظامی، معاونت اطلاعات نیروی انتظامی، ستاد احیای امر به معروف و نهی از منکر، ستاد مشترک سپاه پاسداران، وزارت اطلاعات و روزنامه کیهان پاسخ دهد. گنجی قبل از ورود به دادگاه در مصاحبه با خبرنگاران در حالی که به شدت سرفه می کرد، گفت: «اظهاراتم در کنفرانس برلین علیه حزب کمونیست کارگری و منافقین بوده است و صداوسیما اگر به دنبال حقایق است باید متن کامل سخنرانی ام را پخش کند.» او با دفاع از اظهاراتش در کنفرانس برلین، صداوسیما را متهم ساخت که اطلاعات دروغین در اختیار مردم قرار داده است و وعده داد که فیلم کامل کنفرانس برلین، به زودی از طریق شبکه مطبوعاتی در اختیار مردم قرار بگیرد.وی افزود: «من برای شرکت در هر مناظره ای آماده ام و متن کامل این فیلم مشخص می کند که چقدر آنان دروغ گفته اند. ما می دانیم در کنفرانس برلین چه گفته ایم و مطمئن هستیم که در این مورد چیزی عایدشان نخواهد شد.»
گنجی آن روز با حکم سعید مرتضوی، قاضی دادگاه مطبوعات بازداشت شد و به زندان رفت. در حالی که ماجرای برلین ابعاد گسترده ای یافته بود، وزارت ارشاد کوشید تا با دعوت از روزنامه ها برای بررسی دغدغه های رهبری از ایجاد بحرانی دیگر در عرصه مطبوعات جلوگیری کند. لیکن این تمهیدات فایده ای نداشت. یکی از روزنامه های محافظه کار در یادداشتی با عنوان «مشکل اصلی خود وزیر است» این اقدام وزارت ارشاد را تخطئه کرده و نوشت: «ماجرا این است که مشکل مطبوعات را خود آقای وزیر ارشاد به وجود آورده است. روزنامه هایی که به فرموده رهبر معظم انقلاب، پایگاه دشمن شده‌اند و علیه مصالح نظام و انقلاب عمل می‌کنند و به شارلاتانیسم مطبوعاتی متوسل می‌شوند و کشور را دچار تفرقه و هرج و مرج می‌کنند، در زمان همین آقای وزیر ارشاد و از رهگذر سیاست مطبوعاتی ایشان به وجود آمده‌اند و با حمایت های ایشان به کار خود ادامه می‌دهند. وضعیت فرهنگ و هنر کشور نیز که به مراتب بدتر از مطبوعات است، محصول سیاست های همین آقای وزیر است. بنابر این، مشکل اصلی، خود وزیر است و اگر ایشان کرسی وزارت را رها کند، راه برای حل این مشکل هموار خواهد شد.» [روزنامه جمهوری اسلامی – سوم اردیبهشت 1379]
از روز یکشنبه، چهارم اردیبهشت 1379 موج توقیف مطبوعات آغاز شد. در ابتدا روزنامه های عصرآزادگان و فتح و مجله ایران فردا به دستور صارمی رئیس شعبه 1408 مجتمع قضائی رسیدگی به جرایم کارکنان دولت توقیف شدند. در سه نامه که از سوی این شعبه خطاب به مدیر کل مطبوعات داخلی ارسال شده است، خواسته شده بود تا اطلاع ثانوی از انتشار این نشریات جلوگیری به عمل آید. در حکمی دیگر روزنامه آفتاب امروز نیز توقیف شد. همان روز لطیف صفری مدیرمسئول روزنامه توقیف شده نشاط روانه زندان گردید. روز بعد نشریات پیام آزادی، آریا، آزاد، گزارش روز، بامدادنو و هفته نامه‌های پیام هاجر، آبان و ارزش نیز توقیف شدند.
همچنین در آن روز روزنامه های صبح امروز و مشارکت نیز توقیف شدند. توقیف نشریات از این پس به رویه ای عادی در دستگاه قضائی مبدل شد و طی ماههای بعد دهها نشریه به محاق توقیف رفتند. از جمله مهمترین نشریاتی که در چند هفته پس از آن توقیف شدند، روزنامه هم میهن و هفته نامه جبهه بودند. البته نمایش توقیف هفته نامه‌ی بنیادگرای جبهه بیشر به طنزی تلخ شبیه بود. گویا در مقابل دهها نشریه رفورمیست یک نشریه “سرکش” آن طرف هم بسته شد تا گفته شود عدالت برقرار است!