مهمترین رویدادی که در اواخرسال 1375 بوجود آمد و نهایتاً در فروردین ماه 1376 به ا وج خود رسید، بحران دادگاه میکونوس بود. در اواخر تابستان 1370 چندتن از مخالفان حکومت ایران که در رستوران میکونوس گرد هم آمده بودند، مورد حمله قرار گرفته و کشته شدند. مشهورترین کشته شدگان، صادق شرفکندی دبیر کل حزب دموکرات کردستان ایران بود. یک سال پس از آ ن ماجرا دادگاهی تشکیل شد تا به این ماجرا رسیدگی کند. سیر دادگاه حدود 4 سال بطول انجامید و بیش از صدوهفتاد نفر به عنوان مطلع و شاهد در دادگاه حاضر شدند. دلیل طولانی شدن روند دادگاه، وقفه‌ای چندساله بود که گفته می‌شد به دلیل فشارهای سیاسی ایران بوده است.
در آخرین روزهای آبا ن ماه 1375، یکی از مقامات قضایی آلمان طی اظهاراتی حکومت ایران و رهبران آنرا متهم کرد که ماجرای تروریستی رستوران میکونوس آلمان را برنامه ریزی کرده‌اند. وی همچنین حزب‌الله لبنا ن و سازمان امنیت ایران را مجریان نهایی این سوء قصد معرفی کرد. به دنبال این اظهارات، روابط ایران و آ لما ن که در بهترین شرایط خود به بود سرد شد و حملات لفظی بی‌سابقه ای از سوی ایران علیه آلما ن آغاز گردید.
برای نمونه روزنامه کیهان در یکی از سر مقاله های خود نوشت: “در ایجا د موج نوین «تهاجم فرهنگی» به کشورها ی جهان سومی و بخصوص ملتهای مسلمان، سهم آ لمان به هیچ وجه کمتر از آمریکا نیست. چه کسی است که نداند در سا لهای اخیر، سرنخ هدایت بسیاری از جریانات ضدا نقلابی، منجمله گروههای ضدانقلاب اسلامی در دست محافل دولتی آلمان بوده است؟ در بُعد نظامی نیز سرانِ بُن- این جانشینان هیتلر - تمامی ظرفیت کینه و هراس خود نسبت به اسلام و ایران را به نمایش گذاشتند.» [ روزنامه کیهان – هفتم آبان 1375] با افزایش بحران در روابط ایران و آلمان، موقعیت نیروهای میانه‌رو اروپایی که معتقد به مذاکره‌ی سازنده یا حداقل انتقادی با ایران بودند تضعیف شد و نگاه رادیکال به چگونگی تعامل با حکومت ایران که مبتنی بر ارعاب و احیانا سرکوب بود تقویت گردید. برای نمونه موضع وزیر خا رجه آ لمان و جنا ح وی که خواستار گسترش روا بط با ایران بودند، تضعیف شده بود.
در دادگاه میکونوس رهبران ایرا ن متهم شدند که با تشکیل یک کمیته‌ی ویژه، مبادرت به صدور حکم ترور مخالفان خود کرده‌اند. همزمان با برگزاری دادگاه میکونوس در آلمان، ماجرای دیگری در ایران اتفاق افتاد که بر بحران بوجود آمده دامن زد. چهارم مرداد ماه 1375، در حالی که ماجرای میکونوس در حا ل اوج گیری بود، نیروها ی امنیتی ایران به منزل وابسته‌ی فرهنگی سفارت آلمان در تهران وارد شده، مهرانگیز کار، روشنک داریوش، سیمین بهبهانی، هوشنگ گلشیری، فرج سرکوهی و محمدعلی سپانلو را دستگیر کردند. افراد دستگیر شده پس از دیدار و گفتگو با یک مقا م امنیتی که ظاهرا سعید اسلامی بوده است آزاد شدند، اما در اواخر شهریورماه 1375، فرج سرکوهی مجدداً به مدت دوروز بازداشت و دوباره آزاد شد و چند روز بعد در تاریخ 13/8/75، سرکوهی ناپدید شد. او بعدها در نامه ای به تاریخ 14/10/75، ماجرای ربوده شدن خود را شرح داد و تأکید کرد که توسط نیروهای امنیتی ایران بازداشت شده است. اخبار مربوط به این ماجرا بصورت اختصاصی در روزنامه کیهان منتشر می‌شد. این روزنامه در اوایل آذر ماه، طی گزارشی نوشت: «تردیدی نیست که حرکت اخیر وابسته فرهنگی آلمان، ابتدا به ساکن و تنها از سر دلسوزی برای جریان روشنفکری ایران نیست، بلکه یک سناریو و برنامه از پیش طراحی شده و کاملاً مرتبط با حوا د ث دادگاه «میکونوس» است. و ملت ایران انتظار دارد که مسئولین امنیتی و امور قضاییِ این آ ب و خاک، انگیزه های به اصطلاح روشنفکران ایرانی را در ایجاد ارتباط با سفارتخانه یک دولت خارجی به دقت کشف کنند و اگر جرمی در این زمینه مرتکب شده‌اند، حتماً و بدون هیچ اغماض و گذشتی مجرمین را به کیفر قانونی برسانند.» [ روزنامه کیهان – هفتم آذر 1375]
چند روز بعد در حالی که حدود 34 روز از ناپدید شدن سرکوهی سپری شده بود و اخبار ضد و نقیضی ازخروج او از ایران و وارد شدنش به آلمان منتشر می شد - البته این خبر توسط آلمانی ها تکذیب شده بود- ناگهان کیهان خبر داد که: “فرج سرکوهی هنگام خروج غیر قانونی از کشور دستگیر شد.” [هفدهم اسفند 1375] ماجرای سرکوهی، بحران دیگری بوجود آورد و منجر به انتقادات شدید محافل اروپایی شد. این ماجرا چنان ابهام داشت که حتی هاشمی رفسنجانی وقتی در برابر پرسش خبرنگارایتا لیایی قرار گرفت که از ماجرای بازداشت سرکوهی می پرسید، پاسخ داد: “از نظر من هم قضیه مقداری مبهم و باعث تعجب است… آن آقا هم برای ما یک معما شده است… البته من دارم همه گزارشهای مربوط را بررسی می کنم تا ببینم ماهیت قضیه چیست؟” [سیزدهم فروردین 1376]