در اواسط اسفند ماه، به نظر می‌رسید که علاوه بر مساله هاشمی رفسنجانی، شورای نگهبان حاضر نخواهد شد که حضور علیرضا رجایی بعنوان نماینده مخالفان مذهبی حکومت را در مجلس تحمل کند. طرح نام حداد عادل نیز از سوی رهبر ایران جایگزین رجایی را معلوم کرده بود.
چند روز بعد، سیدمصطفی تاج زاده در گفتگویی جدید در مورد نامزدی که در اطلاعیه شورای نگهبان اعلام شد که آرای وی در صندوق محل سکونتش صفر بوده، با اینکه خود و بستگانش در آن حوزه رأی داده‌اند، گفت: «اگر منظور شورای محترم نگهبان همان نامزد محترمی است که در برخی روزنامه‌ها نام وی آمده است، باید به اطلاع شهروندان عزیز تهرانی برسانم که در صندق مورد نظر نه تنها آرای وی صفر نبوده، بلکه نزدیک به 750 رأی به نام ایشان ثبت شده است و نمی دانم چرا وی در محافل مختلف اعلام کرده که رأی من در آن صندوق صفر منظور شده است.»!
تاجزاده همچنین ضمن تکذیب اخبار بعضی روزنامه‌ها مبنی بر جابجایی در آرای برخی نامزدها گفت: «پاسخ دقیق به این سؤال منوط به پایان بازشماری است ولی می توانم بگویم که ادعای برخی روزنامه‌ها در زمینه جابجایی تعدادی از نامزدها صحیح نیست». وی گفت: «شمارش حدود 1000 صندوق اخذ رأی خود می تواند صحت عمل و رفتار مجریان انتخابات را روشن سازد. ضمن آنکه صندوقهایی که بازشماری می‌گردد مثل سایر صندوقها درسراسر کشور، آرای آنها با حضور ناظرین محترم شورای نگهبان شمارش گردیده و صورت جلسات شمارش آرای آنها نیز به امضای ناظرین محترم رسیده است.»
معاون سیاسی وزیر کشور در خصوص بازشماری آرای صندوقها توسط ناظرین شورای نگهبان گفت: «با وجود آنکه ما این اقدام را قانونی نمی دانیم معتقدیم که امور اجرایی انتخابات باید توسط مجریان صورت پذیرد و ناظرین محترم صرفاً عهده‌دار نظارت بر کیفیت انتخابات هستند، اما به منظور نشان دادن حسن نیت خود و حصول حداکثر تفاهم این اجازه را دادیم که کار قرائت و شمارش آراء توسط ناظران شورای نگهبان انجام پذیرد و بازرسین وزارت کشور و نمایندگان هیأت اجرایی بر کار آنها نظارت کنند، علت این امر هم این بود که ما به عنوان مسئول اجرای انتخابات به کار خود اطمینان کامل داریم و از جهت بازشماری آراء نگرانی نداریم». [روزنامه همشهری–شانزدهم اسفند 1378]
چند روز بعد، «قربانعلی دری نجف آبادی» عضو هیأت مرکزی نظارت بر انتخابات ششمین دوره مجلس شورای اسلامی گفت: «هیأت مرکزی نظارت بر انتخابات استان تهران ادامه بازشماری صندوقهای اخذ رأی را در حوزه انتخابیه تهران، ری، شمیرانات و اسلامشهر ضروری نمی‌بیند. با بازشماری 500 صندوق اخذ رأی تهران، تغییر ویژه ای در سرنوشت انتخابات حاصل نشده است.»
وی تأکید کرد: «کار بازشماری آرای صندوقهای رأی تهران به منظور کسب اعتماد لازم از صحت عملکرد مجموعه هیأتهای نظارت و اجرایی استان تهران انجام می شود که با بررسی هایی که تاکنون صورت گرفته، این اعتماد حاصل شده است». دری نجف‌آبادی پیش بینی کرده بود تا 24ساعت بعد شورای نگهبان نظر نهایی خود را در خصوص حوزه انتخابیه تهران، ری، شمیرانات و اسلامشهر اعلام کند. [روزنامه جمهوری اسلامی–نوزدهم اسفند 1378] اما شورای نگهبان حتی به سخن وزیر سابق اطلاعات و مامور خود در هیات نظارت نیز عمل نکرد. قرار بود ترکیب منتخبان تغییر یابد و ظاهرا دری نجف آبادی هماهنگ نشده بود!
در حالیکه ماجرای تهران هنوز ادامه داشت، اخباری هم از ابطال انتخابات توسط شورای نگهبان در برخی شهرستان ها منتشر شد.پیش از این گفته‌ایم که اکثر ابطالها در آذربایجان توسط محمود احمدی‌نژاد صورت گرفته بود. سید مصطفی تاج زاده طی گفتگویی نسبت به این حوادث به شدت اعتراض کرد و گفت: « در مورد برخی حوزه های انتخابیه قرائن حاکی از این بود که عده ای همچنان با اصرار به روشهای پیشین با بی توجهی به رأی مردم در پی اعلام ابطال انتخابات هستند، بطوری که حتی یکی از روزنامه ها، صحبت از ابطال انتخابات 40حوزه انتخابیه در شورای نگهبان کرد که متأسفانه تکذیب نشد.
معاون سیاسی و اجتماعی وزارت کشور گفت:«دونفر از پنج منتخب مردم در سه حوزه انتخابیه ابطال شده، قبلاً در هیأتهای نظارت ردصلاحیت شده بودند که در نهایت حسب نظر شورای نگهبان صلاحیت آنان تأیید شد به این ترتیب تلاش برای متوقف ساختن انتخابات بندرعباس و رد کردن صلاحیت منتخب مردم گچساران این شبهه را ایجاد می‌کند که ظاهراً عده ای به هیچ قیمتی نباید وارد مجلس شوند.»[روزنامه ایران–بیست و دم اسفند 1378]
از سوی دیگر بهزاد نبوی، سخنگوی ستاد هماهنگی جبهه دوم خرداد نیز طی گفتگویی، نسبت به ابطال آرای مردم ً اعتراض کرده و خبر داد: « بعضی از صندوقهای رأی باطل می‌شود تا نامزدهای جناح راست به مجلس ششم وارد شوند. با ابطال انتخابات در حوزه های انتخابیه بندرعباس، میناب و گچساران عملاً پنج نماینده منتخب مردم از حضور در مجلس ششم شورای اسلامی بازماندند. آنها از نمایندگان جبهه دوم خرداد یا گروههای وابسته به این جبهه بوده اند». بهزاد نبوی افزود: «اخباری شنیده می‌شود که در حوزه‌هایی که هنوز انتخابات در آنها تأیید نشده، شورای نگهبان و یا هیأت های مرکزی نظارت بر انتخابات به دنبال ابطال کل حوزه و یا برخی از صندوقها ی اخذ رأی می‌باشند.»
نبوی خبر داد: «از میان 65 نماینده ای–به جز تهران- که در مرحله نخست انتخابات به مجلس راه یافته ولی آرای‌شان در حوزه های انتخابیه‌شان هنوز به تأیید شورای نگهبان نرسیده است، 58 نماینده وابسته به جبهه دوم خرداد، چهار نماینده وابسته به جناح راست و سه نماینده مستقل هستند». [روزنامه فتح-بیست و دوم اسفند 1378]
همانروز نامه علی اکبر هاشمی رفسنجانی هم منتشر شد که خواستار ادامه بازشماری آرای صندوقها شده بود. او در نامه ای به جنتی، دبیر شورای نگهبان، با اشاره به اینکه با توقف بازشماری حدس و گمان به وجود آمده است، تأکید کردکه بهتر است شمارش صندوقها ادامه یابد! [روزنامه جمهوری اسلامی–بیست و دوم اسفند 1378] هیچ نامزد دیگری نمی توانست با نامه به جنتی خواستار شمارش مجدد رأی خود شود. البته نامه رفسنجانی از موضعی بود که می‌باید معنی آن رفع سوء تفاهم نسبت به خودش تلقی میشد ، لیکن خواسته وی مبنی بر ادامه شمارش آراء تنها نتیجه‌ای که داشت بالاتر رفتن او در میان اسامی منتخبان و حذف یک منتخب دیگر مردم به بهای ابطال هفتصد هزار رأی بود.