پس از فشارهای مجلس و مطرح شدن بحث امکان استیضاح وزیر علوم٬ رضا فرجی‌دانا گفته است که اگر ثابت شود معاونانش در اعتراض‌های سال‌ها ۷۸ و ۸۸ حضور داشته‌اند٬ آنها را برکنار خواهد کرد.
رضا فرجی‌دانا٬ وزیر علوم گفته است که اگر حضور جعفر توفیقی و جعفر میلی‌منفرد در اعتراض‌های سال ۷۸ و ۸۸ ثابت شود٬ آنها را از کار برکنار خواهد کرد. وی اما اضافه کرده است که “صلاحیت و اعتبار این افراد تایید شده است ونیازی به استعلام نداریم زیرا بار اول از سوی ریاست جمهوری استعلام انجام شده و این افراد به عنوان وزیر تایید شده‌اند، بنابراین از نظر ما استعلام صورت گرفته است”.
جعفر میلی‌منفرد٬ نخستین فردی بود که از سوی حسن روحانی برای تصدی پست وزارت علوم به مجلس معرفی شد٬ اما موفق به کسب رای اعتماد نمایندگان نشد. پس از آن جعفر توفیقی به عنوان سرپرست وزارت علوم منصوب شد. انتصابی که با واکنش اصول‌گرایان مواجه شد. پس از معرفی فرجی‌دانا٬ برخی رسانه‌ها نوشتند که دلیل عدم معرفی توفیقی٬ مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با انتخاب وی به عنوان وزیر علوم بود. این خبر از سوی علی مطهری هم تایید شد٬ اما علی لاریجانی دخالت رهبر جمهوری‌اسلامی در این مساله را تکذیب کرد.
فرجی‌دانا٬ که در دولت دوم خاتمی رییس دانشگاه تهران بود٬ پس از کسب رای اعتماد مجلس٬ توفیقی و میلی‌منفرد را به عنوان مشاور وزیر و معاون آموزشی وزارت علوم منصوب کرد. انتصاب‌هایی که با واکنش نمایندگان مجلس روبه‌رو شد.
این انتصاب‌ها باعث شد که نمایندگان مجلس ضمن ابراز نارضایتی از این انتصاب‌ها٬ تهدید به استیضاح وزیر علوم کنند. عباس مقتدایی، عضو کمیسیون آموزش مجلس در این زمینه گفته بود: “دلخوری برخی نمایندگان از انتصابات اخیر فرجی دانا روند استیضاح وی را بسیار زودتر از آنچه پیش بینی می شد کلید زد. انتصابات و نوع عملکرد وزیر علوم ناخرسندی تعدادی از نمایندگان را ایجاد کرده و موجب شده مقدماتی برای استیضاح وزیر علوم شکل بگیرد. امروز بیش از ۸۲ نفر از نمایندگان در تذکر کتبی به وزیر علوم در خصوص انتصابات اخیر اعتراض کردند… فرجی دانا قول داد افرادی که شائبه حضور آن ها در فتنه ۸۸ وجود داشته در وزارت علوم به کار نگیرد. به نظر می رسد دلخوری بعضی نمایندگان استیضاح وزیر علوم را بسیار زودتر از آنچه پیش بینی می شد کلید بزند”.
جبار کوچکی‌نژاد نایب رئیس کمیسیون آموزش و تحقیقات هم به “خانه ملت” گفته بود: “این کمیسیون معتقد است در بدنه وزارت علوم خلافی صورت گرفته بنابراین از وزیر اطلاعات می‌خواهیم تا نسبت به شبهات کاری این افراد پاسخگو باشد. بحث دانشجویان ستاره‌دار از جمله موضوعاتی است که باید وزیر علوم، تحقیقات و فناوری نسبت به آن پاسخگو باشد. اینکه دانشجویان ستاره‌دار چند نفر و در قالب چه گروه‌هایی هستند و با توجه به اینکه نباید در دانشگاه ادامه تحصیل می‌کردند لازم است توضیحاتی در خصوص ورود آنها به مراکز آموزش عالی ارایه شود. فرجی دانا قبل از رای‌اعتماد از مجلس با حضور در کمیسیون آموزش و تحقیقات اعلام کرد که اعتدال را رعایت کند و از نیروهایی استفاده کند که دارای پرونده‌هایی در زمان کوی دانشگاه و حوادث سال ۸۸ نداشته باشند”.
فرجی‌دانا اکنون درباره شبهات نمایندگان مجلس گفته است: “آنچه که در مجلس ایجاد شده سوتفاهم است به گونه‌ای که برخی نمایندگان معتقدند کسی که نتوانسته از مجلس رای اعتماد به دست آورد نمی‌تواند در سمت معاون وزیر فعالیت کند”. وی اضافه کرده که “اگر مشخص شد که آنها در این حوادث نقش داشتند آنها را برکنار خواهم کرد”.
هم‌زمان برخی نمایندگان مجلس نیز خبر از احضار وزیر اطلاعات به این نهاد داده بودند: “به صورت اضطراری از وزیر اطلاعات دعوت می‌کنیم تا در کمیسیون آموزش و تحقیقات حضور یابد. بدون‌شک از وزیر اطلاعات سئوال خواهیم کرد که وضعیت استعلام توفیقی و میلی‌منفرد چگونه است؟ آیا به درستی استعلام انجام شده است یا خیر؛ و اینکه نظر صریح این وزارتخانه نسبت به شبهات به وجود آمده در مورد این افراد چیست. در حال حاضر دیدگاه مجلس آن است که وزیر علوم، تحقیقات و فناوری خلاف عمل کرده و اعتدال‌ها رعایت نشده است. به طور حتم استیضاح، آخرین اهرم بازدارنده است که کمیسیون از آن استفاده خواهد کرد و امید است وزیر علوم اشتباه در انتصاب‌های خود را بپذیرد و آن را تعدیل کند”.
این اعتراض‌ها در نهایت منجر به نامه ۸۲ نماینده مجلس خطاب به فرجی‌دانا شد و آنها نسبت به “انتصاب افراد دخیل در “فتنه ۸۸” در مناصب مدیریتی وزارت علوم که “خلاف وعده وزیر علوم به مجلس شورای اسلامی بوده است”، به وی تذکر دادند.
روزنامه کیهان در این زمینه نوشته بود: “وزیر علوم در پی کسب رأی اعتماد مجلس، اقدام به انتصاب فردی به معاونت خود کرد که صلاحیت وی برای وزارت به خاطر مشارکت در فتنه ۸۸ از سوی نمایندگان رد شده بود. فرجی دانا در حکمی میلی منفرد را به عنوان معاون آموزشی وزارت علوم منصوب کرد و این در حالی است که نمایندگان مجلس به خاطر مستندات موجود، با وزارت میلی منفرد مخالفت کرده بودند. میلی منفرد با ۱۶۲ رأی مخالف نمایندگان از مجموع ۲۸۴ رأی، از وزارت بازماند و به جای وی فرجی دانا با ۱۵۹ رأی موافق، ۷۰ رأی مخالف و ۳۲ رأی ممتنع وزیر علوم شد. برخی گزارش های موثق حاکی از آن است که مدعیان اصلاحات دور زدن مجلس و گماشتن برخی نیروهای خود در سطوح معاونت وزیر و مدیر کلی را در دستور کار قرار داده اند که این امر ناقض حسن ظن و اعتماد مجلس به وزراست”.
