هنوز چند روزی از دستگیری متهمان به ترور حجاریان نگذشته بود که با فشار دادگستری تهران و کشمکش های بسیار پرونده از وزارت اطلاعات گرفته شده و در اختیار دادگاه انقلاب قرار گرفت. مسئول پیگیری پرونده ترور در وزارت اطلاعات طی گفتگویی با خبرگزاری جمهوری اسلامی ایران تأکید کرد: «بر اساس نظر و اصرار رئیس کل محترم دادگستری تهران و قاضی ویژه، متهمین پرونده ترور آقای سعید حجاریان به طور کامل در اختیار شعبه 32 دادگاه انقلاب تهران قرار گرفتند». این مقام مسئول تاکید داشت: «وزارت اطلاعات معتقد است، پرونده در وضعیت فعلی آمادگی تحویل به دادگاه را نداشت اما رئیس کل محترم دادگستری تهران و قاضی ویژه پرونده معتقدند همه ابعاد و زوایای پرونده روشن است. مقام قضائی یاد شده طی نامه‌ای رسمی از وزارت اطلاعات خواست کلیه متهمین، اوراق بازجویی و سایر مدارک موجود تحویل شعبه 32 دادگاه انقلاب شود.» مسئول پیگیری پرونده ترور حجاریان در وزارت اطلاعات همچنین خبر داده بود: «طی 12 روز گذشته نیز 6 بار متهمین از اختیار وزارت اطلاعات خارج و ساعت ها در دادگاه انقلاب مورد بازجویی قرار گرفته اند وهم اکنون متهمین بر اساس نظر قاضی ویژه به بازداشتگاه جدید منتقل شده اند.» او ارائه هرگونه اطلاعات بیشتر در خصوص روند پیگیری پرونده توسط وزارت اطلاعات و نتایج حاصله تا این مرحله را به آینده موکول کرده بود. [روزنامه ایران - هفدهم فروردین 1379]
همان روز روابط عمومی دادگستری تهران با انتشار اطلاعیه‌ای جدیدگزارشی از روند رسیدگی به پرونده ترور را اعلام کرد. در این گزارش دو نکته حائز اهمیت وجود داشت. اول آنکه در بند 4 اطلاعیه تاکید شده بود: «در تاریخ 22/12/78 حدود ساعت 8:30 دقیقه که ترور آقای حجاریان انجام شد بیان دونکته حائز اهمیت است؛ اولاً یکی از عوامل ترور به نام محمدعلی مقدمی که وظیفه اش دادن نامه و متوقف کردن آقای حجاریان بود با در دست داشتن دو نامه از آقایان حکیمی پور و دکتر حمید اسماعیلی و ارائه آن به آقای حجاریان ایشان را متوقف و ترور توسط آقای سعید عسگر با شلیک گلوله انجام می گیرد و متعاقب آن آقای محمدعلی مقدمی به اتفاق آقایان حکیمی پور و طباطبائی دو تن از اعضای شورای شهر تهران مضروب را به بیمارستان منتقل می‌کنند. ثانیاً عصر همان روز آقای محمدعلی مقدمی توسط آقای حکیمی پور به شورای شهر تهران دعوت شد. نامبرده مشاهدات خود را از صحنه ترور بدون هیچگونه اشاره ای به نقش خود بیان داشته که از اظهارات وی نواری نیز تهیه و ضبط شده است.»
همچنین در بند نهم اطلاعیه مزبور نیز آمده بود: «ضمناً برای پیشگیری از هرگونه احتمال متصور و جلوگیری از گرفتن اقاریر از راه های غیرقانونی مانند تعزیر، تهدید و اعمال فشار (چنانچه در یک مورد انجام گرفته است) متهمان به مکان مطمئنی انتقال یافته و زیر نظر قاضی شعبه کماکان بازجوئی‌های اطلاعاتی و تحقیقاتی قضائی ادامه یافته و همه گونه تسهیلات جهت بازجویی‌های وزارت اطلاعات آماده می‌باشد و هیچگونه اختلالی در روند بازجویی و تکمیل و اتقان اطلاعات به وجود نیامده و قاضی هیچگونه پیش شرطی جهت بازجویی اطلاعاتی قائل نشده است.» [روزنامه رسالت –هفدهم فروردین 1379] اشاره این اطلاعیه مبنی بر در دست داشتن نامه عضو شورای شهر توسط یکی از عوامل ترور، چند روز بعد منجر به دستگیری احمد حکیمی پور عضو شورای شهر تهران شد.(که البته نهایتاً تبرئه گردید.) مورد دوم نیز که در آن وزارت اطلاعات تلویحاً متهم به شکنجه شده بود جنجالی جدید برپا کرد.
وزیر اطلاعات طی نامه ای به رئیس جمهور، نسبت به این مسأله به شدت اعتراض کرد و در نامه خود نوشت: «همانگونه که استحضار دارید علی‌رغم توافقات قبلی، متهمین و پرونده ترور آقای حجاریان به صورت ناتمام از وزارت اطلاعات گرفته شد و وزارت اطلاعات موفق نشد به وظایف قانونی و ذاتی خود عمل کند. در اطلاعیه دادگستری به دور از انتظار و واقعیت، ایراد تعزیر و ضرب و شتم احدی از متهمان، به نحوی به وزارت اطلاعات نسبت داده شد که این مسأله باعث تشویش اذهان عمومی و کارکنان خدوم این وزارتخانه گردید. با عنایت به اشراف حضرتعالی بر عملکرد وزارت اطلاعات و التزام این مجموعه بر قانونمداری و رعایت مسائل اخلاقی و شرعی، تقاضا داریم که از موضع مسئول و ناظر بر اجرای قانون اساسی، گروهی را برای بررسی موضوع مأمور فرمایید اگرچه معاون محترم اول قوه قضائیه جناب حجت الاسلام والمسلمین آقای مروی مسأله را به طور کامل بررسی کرده و به نتیجه قطعی هم رسیده‌اند. توفیق بیش از پیش جنابعالی را از خداوند متعال خواهانم.» [روزنامه همشهری – هجدهم فروردین 1379] اشاره وزیر اطلاعات به معاون اول قوه قضائیه از آن جهت بود که در آن زمان بر اساس تحقیقات او مشخص شده بود که شکنجه یکی از متهمان که ظاهرا ارتباط سازمانی با دیگر متهمان نداشته و طعمه آنان شده بود؛ در زمانی اتفاق افتاده که وی را در اختیار دادگاه انقلاب قرار داده بودند.
آن روز در جلسه شورای شهر تهران نمایندگان عضو شورا ضمن تأکید بر اینکه ترور حجاریان محفلی نبوده و سازماندهی شده است، نسبت به اتهامات وارد شده بر احمدحکیمی پور اعتراض کردند. از طرفی آیت الله سید محمود هاشمی رئیس قوه قضائیه طی نامه ای به آیت الله هادی مروی معاون اول خود، مأموریت داد که درباره تعزیر یکی از متهمان ترور حجاریان تحقیق کند. البته مروی پیش از آن نیز بی آنکه اطلاعیه رسمی منتشر شود چنین کاری کرده بود.چند روز بعد سیدمحمد خاتمی رئیس جمهور با اشاره به تأکید وزیر اطلاعات درباره کشف عامل شکنجه مورد ادعا طی نامه ای به رئیس قوه قضائیه نوشت: «امیدوارم با کشف ماوقع و برخورد قاطع با عامل یا عوامل آن، در هر سمت و رده و وابسته به هر دستگاه، و اعلام مناسب و به موقع آن به ملت شریف ایران و مهمتر از آن، نشان دادن عزم همه ارکان نظام برای مقابله دائمی با این پدیده زشت، حتی شائبه وجود شکنجه که طبق موازین اسلامی و نص قانون اساسی به شدت ممنوع است برای همیشه از میان برداشته شود و جامعه، با امنیت و اعتماد بیشتر از حقوق خود پاسداری و به وظایف خود عمل کند.» خاتمی اضافه کرده بود:« در مورد اصل پرونده نیز، اینک که پیگیری امر در همه مراحل، از بازجویی تا صدور حکم در حیطه مسئولیت مستقیم قوه قضائیه است، برای جنابعالی و متصدیان محترم پیگیری، آرزوی موفقیت می کنم و امیدوارم هرچه زودتر و بدون آنکه دقت فدای سرعت شود، با بیطرفی کامل و بدون تأثر از القائات و تحلیل ها و تلاش های جناحی و سیاسی، مسئولان ذیربط بتوانند این فتنه را که حیات پاک جامعه را تهدید می کند بشناسند و با آن برخورد کنند و با توجه به اینکه حادثه پیش آمده بیش و پیش از آنکه جنایی باشد، امنیتی – سیاسی است و پیچیدگی خاص خود را دارد عزیزان با نگاه همه جانبه به یافتن ریشه های فتنه بپردازند.» [روزنامه عصرآزادگان – بیست و یکم فروردین 1379]
نامه خاتمی حاوی سه نکته مهم است. اول آنکه تعزیر، یا با عبارت صریحتر خاتمی، شکنجه را نفی کرده و آرزوی روزی را می کرد که برای همیشه این پدیده ریشه کن شود. به این ترتیب تلویحا اعلام میکرد که هنوز این پدیده وجود دارد. دیگر آنکه تأکید داشت مسئولیت پرونده به طور کامل به قوه قضائیه سپرده شده است و سوم آنکه ترور حجاریان را امری سیاسی – امنیتی قلمداد می کرد و نه حادثه ای جنایی. بعدها دادگاه متهمان ترور تنها وظیفه خود را «فصل خصومت» که امری شخصی است عنوان کرد و به وجه سیاسی – امنیتی ترور توجه ننمود.