تلاش دولت برای حذف نظارت استصوابی شورای نگهبان، واکنش برخی از اعضای این شورا را در پی داشت. چنانچه آیت الله خزعلی طی سخنانی در جمع اعضای سپاه پاسداران در رشت گفت: “خدا شاهد است که با اعمال نظارت استصوابی خیر مردم و مجلس را می‌خواهیم و یک ذره نمی‌خواهیم به مردم اجحاف شود.شورای نگهبان وقتی در مورد مسأله‌ای اظهار نظر می‌کند و می‌گوید درست است دیگر تمام شد و اگر گفت باطل است تمام شد.”
وی سپس اضافه کرد: “ما هرگز درباره اعمال نظارت استصوابی ذره ای از مواضع خود عقب نشینی نمی کنیم و نمی گذاریم ارزشهای بدست آمده خدشه دار شود. ما در شورای نگهبان مواظب آن هستیم تا جوانانمان طعمه جهنم نشوند.” خزعلی افزود: “اگر یک کاندیدا دارای صلاحیت باشد، مسلم است که شورای نگهبان هم او را تأیید می کند و اگر داوطلبی با خانمی خوش و بش داشته یا پولی از جایی بدست آورده، یا ولایت فقیه را قبول نداشته باشد، ملی‌گرا و یا سلطنت طلب و یا طرفدار مصدق باشد قبول نمی شود.”!
خزعلی همچنین گفته بود: “درباره قوانین مجلس نیز نظر استصوابی شورای نگهبان، حق و باطل را مشخص می کند، ولو اینکه 270 نماینده به آن رأی داده باشند.” [روزنامه صبح امروز–یازدهم خرداد 1378]
خزعلی چند روز بعد نیز در مسجد الغفور اصفهان گفت: “حکم ولی فقیه، زمانی که مردم به بن بست می رسند، راهگشا و کارساز است. اطاعت از شاه با زور سرنیزه باطل است. اما اطاعت از ولی فقیه واجب است.”! وی افزود: “الآن صدای عده ای روزنامه نویس بلند شده که این دیکتاتوری است. من به آنان می گویم ما همه باید به قانون الهی عمل کنیم.” [روزنامه خرداد–شانزدهم خرداد 1378]
نگرانی های شورای نگهبان در این‌باره بی‌مورد بود چرا که مجلس محافظه کار پنجم حاضر به تصویب لایحه دولت نشد.
در اواسط تیر ماه بود که خبر رسید با پیشنهاد وزارت کشور و تأیید شورای نگهبان انتخابات مجلس ششم، 29 بهمن ماه برگزار خواهد شد. حدود یک ماه بعد نیز تغییراتی در ترکیب شورای نگهبان بوجود آمد و ابوالقاسم خزعلی و محمد امامی کاشانی از آن خارج شدند. گفته می شد بعلت مواضع مضحک خزعلی که دیگر منجر به آبروریزی شده بود، رهبر ایران تصمیم گرفته تا او را برکنار کند و البته قرعه نیز اتفاقا بنام او افتاده است![لازم به ذکر است که فقهای شورای نگهبان با قید قرعه تغییر میکنند]
البته رهبر ایران در حکم خود دلیل برکناری “ابوالقاسم خزعلی” و “محمد امامی کاشانی” را کناره گیری خودشان خوانده بود. او در همین حکم “سید حسن طاهری خرم آبادی و شیخ رضا استادی” را به عضویت شورای نگهبان درآورد.[روزنامه جمهوری اسلامی–سیزدهم مرداد 1378]
چند روز بعد هم آیت الله محمد یزدی که دوره ریاستش بر قوه قضاییه پایان یافته بود، به جای آیت الله سید محمود هاشمی شاهرودی به عضویت شورای نگهبان درآمد.
اواخر مردادماه، وزارت کشور با صدور اطلاعیه ای روزهای ثبت نام نامزدها برای مجلس را بیست و یکم تا بیست و هفتم دی ماه اعلام کرد. بر اساس ماده واحده مصوب اول تیر در مجلس نیزکلیه اعضای شورای اسلامی شهرها و شهرکها و روستاها که می‌خواستند در انتخابات مجلس شرکت کنند باید حداقل چهار ماه قبل استعفا می‌کردند. استعفای نوری نیز به همین دلیل انجام شد.
از نیمه دوم سال78، فضای کشور کاملاً تحت تاثیر انتخابات آینده قرار گرفته بود. در اواخر شهریورماه سعید حجاریان، مدیر مسئول روزنامه صبح امروز، عضو شورای شهر تهران و از اعضای ارشد جبهه مشارکت اعلام کرد: “نام هیچ یک از نامزدهای جناح راست در فهرست اعتلاف دوم خرداد قرار نمی‌گیرد.”
معنی این جمله کاملا روشن بود. اصلاح طلبان حاضر نبودند که در لیست انتخاباتی خود حتی یک نام مشترک با راستگرایان داشته باشند. این سخن پیامی روشن به هاشمی رفسنجانی محسوب شد. چراکه اگر او کاندیدای انتخابات میشد بی تر دید راستگرایان نیز نام او را در لیست خود قرار می‌دادند. صف آرایی اصلی انتخابات در حال آغاز شدن بود.
مجلس هم تمام تابستان را با بررسی طرح اصلاح قانون انتخابات گذراند. نمایندگان اکثریت در جریان بررسی طرح خود، بار دیگر نظارت استصوابی شورای نگهبان بر انتخابات را تصویب کردند. بر اساس ماده سوم این طرح “نظارت بر انتخابات مجلس شورای اسلامی به عهده شورای نگهبان می باشد، این نظارت استصوابی و عام و در تمام مراحل و در کلیه امور مربوط به انتخابات جاری است.” این ماده ابتدا با رأی گیری به صورت قیام و قعود تصویب شد ولی با تشکیک برخی از نمایندگان رأی گیری مخفی با ورقه به عمل آمد که در نتیجه این ماده با 116 رای موافق در مقابل 60 رای مخالف و 14 رای ممتنع به تصویب رسید. [روزنامه اطلاعات-بیست ویکم مرداد 1378]
از نکات مهم مصوبات نمایندگان درباره انتخابات مجلس یکی هم این بود که رئیس مجمع تشخیص مسلح نظام را از استعفا برای شرکت در انتخابات مجلس معاف کردند. این ماجرا هم نوعی رانت سیاسی برای هاشمی رفسنجانی محسوب شد و بیش از گذشته رفورمیستها را علیه او برانگیخت. در جریان تصویب این استثنا مجید انصاری نماینده مردم تهران و مخبر کمیسیون شوراها و امور داخلی کشور به عنوان مخالف و سید حسین مرعشی نماینده کرمان و نماینده دولت، به عنوان موافق سخن گفتند، پیشنهاد به رأی گذاشته شد و تصویب گردید. [روزنامه همشهری-بیست و ششم مرداد 1378]