بجز ماجرای هاشمی رفسنجانی،در انتخابات مجلس ششم اتفاقات دیگری هم افتاد که مهمترین آن، حضور نیروهای اپوزیسیون مذهبی ایران با نام ملی مذهبی ها در رقابتها بود. این گروه که با رهبری مهندس عزت الله سحابی و نهضت آزادی ایران شکل گرفته بود، حتی موفق شد چند نماینده اختصاصی خود از جمله علیرضا رجائی در تهران را به مجلس بفرستد. رجایی نفر 27 تهران شد که با حوادثی که پیش آمد و در جای خود گفته خواهد شد، نهایتا شورای نگهبان با ابطال 700هزار رأی مردم تهران مانع حضور وی در مجلس شد.
با اینحال مشخص شد که با وجود سالها سرکوب مخالفان، چنانچه امکان حضور حداقلی آنان نیز فراهم باشد آنان توان جلب آرای مردم را خواهند داشت. خطر جریان ملی مذهبی از دیدگاه بنیادگرایان ایران چنان بود که در سال بعد طی گستردهترین دستگیریهای سیاسی دهه اخیر، دهها تن از اعضای ملی مذهبی در تهران و شهرستانها دستگیر شدند و ماهها تحت فشار بودند تا به اصطلاح برانداز بودن آنها اثبات شود. خطر جریان ملی مذهبی در مجلس ششم کاملا به چشمها آمد و حتی نگرانی بخشی از لایه های محافظه کارتر رفورمیست های ایران را نیز برانگیخت.
شورای نگهبان در این دوره گرچه گروههای زیادی از اصلاح طلبان و حتی دهها تن از نمایندگان مجلس پنجم را ردصلاحیت کرد، لیکن نهایتاً به حضور بخشی از این نیروها تن داد. اواسط دیماه گروهی از شخصیتهای سیاسی با ارسال نامه ای سرگشاده خطاب به سید محمد خاتمی رئیس جمهوری، از وی درخواست کردند در قبال برخی تخلفات هیأت مرکزی نظارت بر انتخابات مجلس ششم به متخلفان و مسئولان مربوطه هشدار دهد.
امضاء کنندگان نامه از جمله بلندپایگان سیاسی دو دهه آغازین حکومت روحانیون در ایران بودند. از جمله امضا کنندگان می توان به نامهای: مهدی کروبی، سید محمد موسوی خوئینی ها، سید علی اکبر محتشمی، مرتضی الویری، بهزاد نبوی، سید محمدرضا خاتمی، سیدهادی خامنه ای، سید محمد هاشمی، مجید انصاری، صادق خلخالی، محمد سلامتی، سید کاظم بجنوردی، محسن امین زاده و ابوالقاسم سرحدی زاده اشاره کرد.[روزنامه اطلاعات– پانزدهم دی ماه 1378]
اخبار خصوصی محافل، خبر از ردصلاحیت های گسترده می داد. در اواخر دیماه نیز اخبار ردصلاحیت های گسترده منتشر شد. گفته می شد در مجموع 69 تن از داوطلبان ردصلاحیت شده اند. در میان ردصلاحیت شدگان اسامی چهره های سیاسی سرشناسی دیده می شد. از جمله آنها، عباس عبدی، ابراهیم یزدی، عزت الله سحابی، هاشم آغاجری، غلامعباس توسلی، حبیب الله پیمان، اعظم طالقانی، هادی قابل، حمیدرضا جلایی پور و بسیاری دیگر وجود داشتند. اواخر دی ماه خاتمی طی سخنانی گفت: «وظیفه ملی، شرعی و انسانی ما مسئولان این است که قانون را رعایت کنیم و امیدواریم و انتظار دارم که بزرگواران شورای نگهبان که تصمیم نهایی را می گیرند با دقت، وسواس و تکیه بر مدارک و اسناد و موازین قانونی سعی کنند حق مردم، نظام و نامزدهای انتخابات رعایت شود. ». [روزنامه فتح–سی ام دی ماه 1378]
اوایل بهمن ماه نیز وزیر کشور در سفری به قم با برخی مراجع دیدار کرده و تأکید کرده بود که دلایل برخی ردصلاحیت ها مستند و قانونی نیست [روزنامه همشهری– دوم بهمن 1378] چند روز بعد گزارش شورای نگهبان درباره بررسی صلاحیت ها منتشر شد که بر اساس این گزارش از مجموع 6858 نفر کاندیدا در سراسر کشور، 669 نفر ردصلاحیت شده بودند.
در این مدت دوطرح ارائه شده از سوی نمایندگان محافظه کار در مجلس نیز واکنش های شدیدی برانگیخت که نهایتاً منجر به کنار گذاشتن آنها شد. از جمله آنکه محمدرضا باهنر نماینده محافظه کار در اواسط دیماه 78 و در جریان بررسی طرح ممنوعیت استفاده از عکس و پوستر رنگی برای تبلیغات انتخاباتی پیشنهاد کرد که برگزاری انتخابات یک مرحله ای شود. این طرح بدان معنا بود که هر کس از کاندیداها موفق می شد اکثریت نسبی آرا را بدست آورد وارد مجلس می شد. در حالی که در قانون اصلی هر نماینده الزاماً می بایست حداقل یک سوم کل آرا را بدست آورد.
این پیشنهاد باهنر دقیقا همان پیشنهادی بود که گروههای سیاسی چپ و منتقد در ابتدای پیروزی انقلاب می دادند لیکن روحانیوم و حزب جمهوری با آن مخالف بودند.
پیشنهاد باهنر با مخالفت شدید نمایندگان اقلیت مجلس پنجم مواجه شد و نهایتاً آنها برای جلوگیری از تصویب این پیشنهاد جلسه را ترک کردند تا مجلس از اکثریت خارج شود. آبستراکسیون نمایندگان اقلیت انعکاس گسترده ای در جامعه داشت و روز بعد که با لغو کلیه مرخصی های نمایندگان اقدام اقلیت خنثی شد که باز هم این طرح رأی نیاورد. [روزنامه همشهری–چهاردهم دی ماه 1378]
چندی بعد گروه دیگری از نمایندگان محافظه کار طرح سه قسمتی کردن برگ رأی و درج شماره سریال روی آن را پیشنهاد کردند که وزارت کشور با عنوان اینکه می خواهند با این کار رأی دهندگان شناسایی شوند و بر اساس اصل 62 قانون اساسی این کار خلاف است، با آن مخالفت کرد. از طرفی وزارت کشور تأکید می کرد که تعرفه های مربوط به انتخابات چاپ شده و پیشنهاد جدید منجر به بار مالی جدیدی برای دولت خواهد شد. این تعرفه ها حدود 45 میلیون برآورد می شد. نهایتاً با فشار افکار عمومی طرحی دیگر به مجلس رفت که بر اساس آن تنها شماره مسلسل مندرج در پشت برگه های رأی حذف شد، لیکن وزارت کشور مجبور به چاپ برگه های رای جدید گردید.
مهمترین رویدادهای مجلس ششم را باید فشار بی امان افکار عمومی و نقش رسانه ها در آن دانست. چنانچه حتی شورای نگهبان نیز مجبور به بازنگری در رفتارهای معمول خود شد و بعدها برخی اعضای شورای نگهبان از اینکه صلاحیت اصلاح طلبان را تایید کرده اند صریحا ابراز پشیمانی نمودند. با اینهمه هم اتحاد رفورمیست های ایران در اوج خود بود و هم محافظه کاران و بنیادگرایان در وضعیت ضعف قرار گرفته بودند و توان رقابت دموکراتیک را کاملا از دست داده بودند. به تعبیر حجاریان، ساختار حقیقی قدرت در حال تغییر بود در حالی که ساختار حقوقی آن هنوز دست نخورده مانده بود.