با گذشت نزدیک به بیست و پنج سال از اعدام زندانیان سیاسی در سال شصت و هفت، با سکوت مسوولان جمهوری‌اسلامی و دست‌اندرکاران امور، هم‌چنان آن‌که رخ داده، در پرده‌ای از ابهام باقی مانده است.
در این میان تاکنون تنها حسین‌علی منتظری، قائم‌مقام سابق آیت‌الله خمینی، بود که درباره این مساله موضع‌گیری کرده و در کتاب خاطرات خود نیز به این مساله اشاره کرده است. وی آن زمان تعداد اعدام شدگان را رقمی مابین 2500 تا 3500 نفر دانسته بود.
سایت بازتاب – نزدیک به محسن رضائی – در مطلبی نوشته است که سیدعلی خامنه‌ای، مانع اعدام “هزاران مارکسیست و توده‌ای” شده است. این سایت در این باره نوشته: “مجمع تازه تاسیس تشخیص مصلحت که در آن دوره به ریاست رییس جمهور تشکیل می گردید و از اعضای معدودی تشکیل می شد، به این موضوع رسیدگی کرد. در جلسه این مجمع که در دفتر آیت الله خامنه ای تشکیل گردید، ایشان پس از طرح موضوع با صراحت و شدت با این اقدام مخالفت کرده در سخنان صریح و تندی به مخالفت با این رویه می پردازد و بر اساس این نظر آیت الله خامنه ای و حمایت رییس وقت مجلس شورای اسلامی و سایر اعضا از این نظر، موضوع اعدامهای زندانیان چپ که تعدادشان به هزاران نفر بالغ می شد، منتفی گردید”.
بازتاب این خبر را به نقل از “یک منبع آگاه” منتشر کرده و با اشاره به این‌که “س از صدور حکم تشکیل محاکم سه نفره در سال 1367 برای اعضای سازمان مجاهدین خلق(منافقین)، افرادی که این حکم را از امام دریافت کرده بودند، توانستند حکم مشابهی را در مورد اعضای سازمانهای چپ و مارکسیستی اعم از چریکهای فدایی خلق، حزب توده و… دریافت کنند”، نوشته است: “با آگاهی وزیر وقت اطلاعات، حجت الاسلام ری شهری از این موضوع، گزارشی به امام خمینی ارائه گردید و ایشان پس از دریافت این گزارش، حکم را متوقف و موضوع را جهت تصمیم گیری نهایی به مجمع تشخیص مصلحت ابلاغ کردند”.
پیش از این آیت‌الله منتظری، در خاطرات خود چنین نوشته بود: “بعد از مدتی یک نامه دیگری از امام گرفتند برای افراد غیر مذهبی که در زندان بودند، در آن زمان حدود پانصد نفر غیر مذهبی و کمونیست در زندان بودند، هدف آنها این بود که با این نامه کلک آنها را هم بکنند و به اصطلاح از شرشان راحت شوند، اتفاقا این نامه به دست آقای خامنه ای رسیده بود، آن زمان ایشان رییس جمهور بود، به دنبال مراجعه خانواده های آنان با ایشان با متصدیان صحبت کرده بود که این چه کاری است که می خواهید بکنید دست نگه دارید، بعد ایشان آمد قم با عصبانیت گفت : “از امام یک چنین نامه ای گرفته اند و می خواهند اینها را تند تند اعدام کنند”، گفتم : “چطور شما الان برای کمونیستها به این فکر افتاده اید؟ چرا راجع به نامه ایشان در رابطه با اعدام منافقین چیزی نگفتید؟” گفتند: “مگر امام برای مذهبیها هم چیزی نوشته؟!” گفتم: “پس شما کجای قضیه هستید، دو روز بعد از نوشته شدن آن نامه به دست من رسید و این همه مسائل گذشته است، شما که رییس جمهور این مملکت هستید چطور خبر ندارید؟!” حالا من نمی دانم ایشان آیا واقعا خبر نداشت یا پیش من این صحبتها را می کرد”.
پیش از این و در اوج اعتراض‌های جنبش سبز، و پس از اعدام پنج زندانی سیاسی در اردیبهشت سال 89، میرحسین موسوی و مهدی کروبی به این اعدام‌ها اعتراض کرده بودند. آن زمان جعفری دولت آبادی چنین سخن گفته بود: “چرا آقای موسوی در آن زمان به اعدام هایی که با حکم حضرت امام صورت گرفت اعتراض نکردند”.
این مساله با واکنش مهدی کروبی مواجه شده و وی در نامه‌اب خطاب به موسوی اردبیلی گفته بود: “ایشان همان حرفی را می‌زند که دشمن می گوید. تاکنون کسی در این باره این گونه حرف نزده است، چرا که تاکنون هیچ گاه ریز آن قضایا بررسی نشده و چرایی آن مشخص نیست و هنوز ماجرا در ابهام قرار دارد و معلوم نیست که تا چه اندازه امام در این ماجرا دخالت داشته اند و به نظر می رسد که ایشان برای توجیه عملکرد فعلی دستگاه قضایی در این شرایط چنین مسائلی را بیان می کند”.
این مسایل در حالی است که به نظر می‌رسد ادعای بی‌خبری ابتدایی سیدعلی خامنه‌ای از این اعدام‌ها درست نباشد. سیدعلی خامنه‌ای، آن زمان در دیدار با دانشجویان و در پاسخب ه چرایی اعدام زندانیان، گفته بود: “مگر ما مجازات اعدام را لغو کردیم؟ نه! ما در جمهوری اسلامی مجازات اعدام را داریم برای کسانی که مستحق اعدامند… این آدمی که توی زندان، از داخل زندان با حرکات منافقین که حملهٔ مسلحانه کردند به داخل مرزهای جمهوری اسلامی … ارتباط دارد، او را به نظر شما باید برایش نقل و نبات ببرند؟ اگر ارتباطش با آن دستگاه مشخص شده، باید چه کارش کرد؟ او محکوم به اعدام است و اعدامش هم می‌کنیم. با این مسئله شوخی که نمی‌کنیم”.
آن‌گونه که ایت‌الله منتظری نوشته است، پس از عملیات مجاهدین، آیت‌الله خمینی، با نوشتن نامه‌ای دستور بررسی مجدد پرونده زندانیان را می‌دهد و می‌نویسد: “کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رای اکثریت آقایان حجه‌الاسلام نیری دامت افاضاته (قاضی شرع) و جناب آقای اشراقی (دادستان تهران) و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات می‌باشد.” گرچه آیت‌الله منتظری در انتساب این نامه به آیت‌الله خمینی تشکیک می‌کند و آن را مربوط به سیداحمد خمینی می‌داند.
یرواند ابراهامیان، در این باره می‌نویسد: “در نخستین ساعات روز جمعه ۲۸ تیرماه ۱۳۶۷ حصارهای آهنینی بر گرد زندان های اصلی در سرتاسر ایران کشیده شد. دروازه‌ها بسته و تلفن ها قطع شد. تلویزیون ها را از برق کشیدند و از توزیع نامه ها، روزنامه‌ها و بسته های دارویی (در زندان ها) خودداری ورزیدند. ساعات ملاقات منحل شد و بستگان زندانیان را از حول و حوش زندان ها پراکنده ساختند. به زندانیان دستور داده شد که در سلول های خود باقی بمانند و از صحبت با نگهبانان و کارگران افغانی خودداری کنند. رفت و آمد به مکان های عمومی مانند درمانگاه ها، کارگاه ها، قرائت خانه ها، تالارهای تدریس و حیاط ها ممنوع شد.”
بسیاری از اعدام شدگان را به طور دسته جمعی در گورستان خاوران دفن کردند. هنوز جای دفن بسیاری از آنها مشخص نیست و تا چند سال پیش حتی به خانواده آنها نیز اجازه حضور در گورستان خاوران نمی‌دادند. تنها چند سال است که به طور محدود خانواده‌ها اجازه دارند بر سر قبر عزیزان خود حاضر شوند.
