در تاریخ نگاری جمهوری اسلامی، قم و حوزه‌ی علمیه این شهر نقش برجسته‌ای بازی می کند. نقش آیت‌الله خمینی به عنوان یک مرجع تقلید و تاکید بر پسوند اسلامی (با محوریت فقه) مثالی دیگر از این اهمیت است. اما در نگاهی غیر رسمی به متن روابط سه دهه‌ی حوزه‌ی علمیه و حکومت جمهوری اسلامی، نه تنها خبری از آرامش و حمایت ادعایی حوزه از حکومت نیست که درگیری‌هایی دیده می‌شود که در تاریخ این حوزه بی‌بدیل است و گاهی دامن بلند پایه ترین مراجع شیعه را نیز گرفته است.
دهه‌ی اول
در هر دهه از عمر جمهوری اسلامی، شدت و حدت این درگیری‌ها بسیار متفاوت بوده است. در دهه‌ی اول حکومت جمهوری اسلامی و با حضور روح الله خمینی، که خود یک مرجع تقلید شناخته شده بود و از اقتدار و جذابیت ذاتی برخوردار بود این برخوردها شکلی چالشی‌تر داشت.
در دوره‌ی حکومت آیت‌الله خمینی، به محض ثبات یافتن حکومت انقلابی و شروع جنگ هشت ساله، حذف گروههای مختلف و منتقدین شروع شد. درگیری با آیت‌الله خمینی برای بسیاری نتیجه ای سنگین داشت. قسمتی از این درگیری‌ها از سالهای قبل از انقلاب بین آیت‌الله خمینی و حوزویان هم‌تراز او باقی مانده یا با زعامت او ایجاد شده بود و زمام داری آیت‌الله خمینی فرصتی برای تسویه حساب او با مخالفانش شد.
آیت‌الله سید کاظم شریعتمداری
یکی از مهمترین اتفاقات دهه ی اول انقلاب مربوط به ماجرای حصر آیت‌الله شریعتمداری پس از مخالفت او با آیت‌الله خمینی بود. شریعتمداری متولد 1284-1365 یکی از مراجع تقلید شیعه بود که در آذربایجان به دنیا آمده بود. او با آیت‌الله خمینی در کلاسهای درس آیت‌الله حاج شیخ عبدالکریم حائری، بنیانگذار حوزه‌ی علمیه قم همدرس بود و بعد از فوت آیت‌الله بروجردی در سال 1340 به همراه آیت‌الله مرعشی نجفی و آیت‌الله گلپایگانی به عنوان یکی از “مراجع ثلاث” شهر قم مطرح بود.
اختلاف حوزوی‌ها مخصوصا از نظر علمی اتفاقی غیر عادی نیست ولی اتفاقی که اختلاف آیت‌الله خمینی و آیت‌الله شریعتمداری را غیر عادی می کند گذر از سطح نظری، اختلافات و حسابرسی عملی بعد از شروع جمهوری اسلامی است.
با مطرح شدن جریان اعترافات صادق قطب زاده، نام آیت‌الله شریعتمداری به عنوان یکی از حامیان کودتا و ترور آیت‌الله خمینی مطرح شد. این واقعه با اعترافات تلویزیونی او کامل شد. به گفته نزدیکان آیت‌الله شریعتمداری این اعترافات تحت فشار از ایشان اخذ شده بود و به کلی نادرست بوده اند.
همچنین در خاطرات آیت‌الله منتظری که در آن زمان قائم مقام رهبری بود، درباره ی این جریان آمده است: “وقتی که آقای قطب زاده را بازداشت کردند ما شنیدیم که ایشان سوء قصدی راجع به مرحوم امام داشته و در چاهی نزدیک محل سکونت ایشان موادی کار گذاشته اند که کشف شده و آقای شریعتمداری هم از این موضوع اطلاع داشته اند. روزی آقای حاج احمد آقا در قم به منزل ما آمد و در حالی که آقای حاج سید هادی نیز حضور داشت به نحو تهدید آمیز گفت: “امشب قطب زاده در تلویزیون مطالبی را راجع به آقای شریعتمداری میگوید، شما مواظب باشید حرفی نزنید و چیزی نگویید!” بعد شب مصاحبه آقای قطب زاده از تلویزیون پخش شد و در این راستا بود که به سراغ آقای شریعتمداری رفتند و من از صحت و سقم قضایا بی اطلاع بوده و هستم. بعدا شنیدم آقای حاج احمد آقا در زندان سراغ آقای قطب زاده رفته و به او گفته است شما مصلحتا این مطالب را بگویید و اقرار کنید و بعد امام شما را عفو می‌کنند، ولی بالاخره او را اعدام کردند؛ و باز بعدها از طریق موثقی شنیدم که جریان ریختن مواد منفجره در چاه نزدیک محل سکونت مرحوم امام بکلی جعلی است و واقعیت نداشته است و منظور فقط پرونده سازی برای مرحوم آقای شریعتمداری بوده است.”
در پی اعتراف تلویزیونی آیت‌الله شریعتمداری، او در خانه زندانی شد و تا سال 1365 از آنجا بیرون نیامد. سرانجام در پی وخامت حال به یکی از بیمارستانهای تهران منتقل شد و چند روز بعد در 14 فروردین 65 درگذشت. جسد او توسط ماموران امنیتی ربوده و به قم منتقل شد. او شبانه و تنها با حضور معدودی از اعضای خانواده به خاک سپرده شد و حتی بر خلاف وصیت اش از نماز گزاردن آیت‌الله رضا صدر (از فقیهان نامدار قم و برادر امام موسی صدر) بر پیکرش و نیز از برگزاری مراسم ختم جلوگیری به عمل آمد. همچنین بر طبق خاطرات آیت‌الله سید رضا صدر این شایعه مطرح است که تمام محدودیتها برای خاکسپاری و مراسم ختم آیت‌الله شریعتمداری به دستور آیت‌الله خمینی ایجاد شده است.
آیت‌الله سید محمد حسینی شیرازی
مرجع تقلید دیگری که مخالفت او با آیت‌الله خمینی برایش بسیار گران آمد آیت‌الله سید محمد حسینی شیرازی است. او از نوادگان میرزای شیرازی رهبر نهضت تنباکو است که در سال 1307 در شهر نجف عراق به دنیا آمد و تا سن 44 سالگی در کربلا زندگی کرد. او که از معارضین حکومت بعث عراق بود در سال 1352 و در پی صدور حکم اعدام از عراق به کویت رفت و با وقوع انقلاب 1357 در قم سکنی گزید.
در پی پیروزی انقلاب به او منصبهایی از جمله امامت جمعه اهواز و نمایندگی ولی فقیه در استان خوزستان پیشنهاد می‌شود که او یکسره این مناصب را رد کرده و به شیوه‌ی زمام داری آیت‌الله خمینی اشکالات فراوانی وارد می‌کند. از جمله انتقادات او به آیت‌الله خمینی درخواست برای تعدد و آزادی تشکیل احزاب، تشکیل شورای رهبری در مقابل رهبری یکنفره و تطبیق قوانین حکومت با اسلام است و در پی شروع جنگ هشت ساله‌ی ایران و عراق او حکم به حرمت جنگ با مسلمین می دهد. این انتقادات باعث می‌شود که او در خانه خود حبس گردد.
درگیری های او و حکومت در دهه‌های دوم و سوم عمر جمهوری اسلامی نیز ادامه داشت و در سالهای حصر خانگی نیز شاگردان و نزدیکان او بارها بازداشت و روانه‌ی زندان شدند و خانواده‌ی او مورد تعرض حاکمیت قرار گرفت. در دهه‌ی سوم و با مرگ او در سال 1380 (در منزل شخصی خود در قم)، حامیان حکومت هنگام خروج جنازه‌ی وی از منزل برای تشییع جنازه به هواداران او حمله می‌کنند و جنازه ی او را می‌ربایند. او توسط نیروهای حامی حکومت در قسمت زنانه حرم حضرت معصومه به خاک سپرده می‌شود که دسترسی به محل دفن او برای هوادارانش میسر نباشد. در سالهای بعد نیز بارها به مراسم عزاداری که برای او تشکیل شده بود حمله شد و مقبره‌ی او مورد هجوم نیروهای ناشناس قرار گرفت.
در پرونده‌ی آیت‌الله شریعتمداری و آیت‌الله شیرازی غیر از اشتراک در هزینه‌ی گزافی که این دو در مخالفت با آیت‌الله خمینی پرداختند، نقطه‌ی اشتراک دیگری نیز وجود دارد و آن تلاش برای رهانیدن آیت‌الله خمینی از محکمه‌ی شاه در سال 1342 بود. خمینی بعد از یک سخنرانی شدید الحن علیه شاه در خرداد آن سال بازداشت شد و شایع شده بود که شاه در پی محاکمه و اعدام او است. تلاش ها و همراهی این افراد نقش بسزایی در عقب نشینی شاه از موضع خود و رضایت به تبعید آیت‌الله خمینی داشت.
در پی وقایع سال 1342 و زندانی شدن آیت‌الله خمینی، آقای شریعتمداری با گواهی کردن مقام مرجعیت او و تلاش برای راضی کردن گروهی از روحانیون برجسته شهرهای قم و مشهد توانست خطر محاکمه را از خمینی دور کند و شاه به تبعید او رضایت بدهد.
آیت‌الله شیرازی نیز در پی واقعه ی سال 1342 از علمای اعلم حوزه های عراق آیت‌الله حکیم، آیت‌الله شاهرودی و آیت‌الله خوئی درخواست می کند که به شاه ایران در اعتراض به زندانی شدن آیت‌الله خمینی تلگراف بزنند و این تلگرافها به همراه گواهی آیت‌الله شریعتمداری مبنی بر مرجعیت آیت‌الله خمینی او را از زندان شاه رهانید.
آیت‌الله سید ابوالقاسم خویی
یکی دیگر از مخالفان حوزوی آیت‌الله خمینی، آیت‌الله ابوالقاسم خویی معروفترین چهره جهان تشیع تا به امروز در حوزه‌های شیعی است چنان که آرا و عقاید او همچنان در حوزه تاثیرگذار و مورد بحث است. درگیری آیت‌الله خمینی و آیت‌الله خویی به سالهای سکونت خمینی در نجف باز می‌گردد. حضور پر سرو صدای آیت‌الله خمینی در نجف و نگاه‌های فقهی نو گرایانه این آیت‌الله و همچنین ایفای نقش سیاسی در مقابل نگاه‌های سنتی حوزه‌ی نجف و اجتناب از سیاست در این شهر مقدس برای شیعیان موجبات کدورت بسیاری را در بین اهالی حوزه با آیت‌الله خمینی پدید آورد. با پیروزی انقلاب 57 و قدرت یافتن آیت‌الله خمینی و هواداران او، و همچنین سرکوب شیعیان و حوزه های ایشان توسط دولت بعثی، فرصتی برای حسابرسی کینه‌های گذشته پدید آمد.
هواداران آیت‌الله ابوالقاسم خویی به علت اختلاف شخصی آیت‌الله خمینی با او همیشه در محدودیت در ایران به سر بردند و به دلیل مخالفتهای وی نسبت به خمینی نمایندگان وی اجازه نداشتند در بعثه ایران در زمان حج حضور یابند و یا وجوهات برای او بفرستند و کسانی چون شیخ محمد یزدی و شیخ احمد جنتی هم با اطلاع از نظر آیت‌الله خمینی نسبت به آیت‌الله خوئی از تریبون نماز جمعه کنایه هایی را نثار وی می کردند.
آیت‌الله سید محمد روحانی
یکی از شاگردان آیت‌الله خویی که در سالهای محدودیت حزب بعث برای شیعیان مجبور به ترک عراق شد سید محمد روحانی بود. او فقیهی بود که بسیاری از مراجع فعلی شاگردان او بودند.
هوداران آیت‌الله خمینی در آن زمان سندی جعلی در مورد ارتباط آیت‌الله روحانی با ساواک منتشر کردند که عدم موضعگیری قاطع خمینی موجب گلایه علمای عراق از این اقدام شده بود. بعد از انقلاب و بر مسند نشستن آیت‌الله خمینی و قدرت یافتن هواداران آیت‌الله خمینی این مساله به حبس خانگی سید محمد روحانی انجامید. او از سال 1364 تا زمان مرگ در سال 1376 در خانه‌ی خود در حصر بود.
آیت‌الله سید محمد صادق روحانی
وی متولد 1305 و برادر کوچکتر آیت‌الله محمد روحانی و از شاگردان آیت‌الله ابوالقاسم خویی است. او در سال 1364 و در اعتراض به نحوه برگزیدن قائم مقام رهبری مورد هجوم طرفداران آیت‌الله خمینی واقع شد و برای مدت 15 سال در حصر به سر برد.
آیت‌الله سید حسن طباطبایی قمی
آیت‌الله حسن طباطبایی قمی متولد 1290 شمسی از روحانیانی است که از قطب مذهبی ایران مشهد سر بلند کرد. او تحصیلات خود را در مشهد شروع کرد و به عراق برای ادامه تحصیلات مهاجرت کرد و در پی اعتراض سال 1342 به خاطر حمایت از آیت‌الله خمینی از قم به خاش تبعید شد. او در سالهای پس از انقلاب به خاطر مخالفت با اصل ولایت فقیه و جایز ندانستن جنگ با یک کشور مسلمان از سوی آیت‌الله خمینی مورد غضب واقع شد و تا پایان عمر خود در 1386 در محدودیت و حصر زندگی کرد و بارها مورد تعرض هواداران آیت‌الله خمینی قرار گرفت.
آیت الله شیخ مهدی حائری یزدی
مهدی حائری یزدی متولد 1301 هجری شمسی، فرزند بنیانگذار حوزه علمیه قم، آیت الله شیخ عبدالکریم حائری یزدی و عموی همسر سید مصطفی خمینی، فرزند ارشد بنیانگذار جمهوری اسلامی، است. او که در سال 1330 درجه اجتهاد خود را از مرحوم آیت‌الله بروجردی کسب کرده به نمایندگی از ایشان به آمریکا و کانادا می‌رود و دکترای فلسفه‌ی خود را از آنجا اخذ می‌کند. او از حامیان دکتر محمد مصدق بوده است و در دولت مهندس بازرگان به عنوان سفیر ایران در آمریکا مشغول به فعالیت بوده است. او همچنین از مخالفان نظریه ولایت فقیه بود.
او اگر چه در سالهای عمر جمهوری اسلامی به خاطر رفاقت دیرینه با آیت‌الله خمینی به سرنوشت آیت‌الله شریعتمداری دچار نشد اما تا پایان عمر خود، 1378، دچار محدودیت بود.
آیت‌الله سید رضا صدر
آیت‌الله سید رضا صدر متولد 1307 فرزند یکی از مراجع ثلاث قم قبل از ورود آیت‌الله بروجردی به این شهر است. او دایی همسر سید احمد خمینی دیگر فرزند بنیانگذار جمهوری اسلامی است. وی و برادرش امام موسی صدر از شاگردان آیت‌الله ابوالقاسم خویی هستند.
او که از نزدیکان آیت‌الله شریعتمداری و از زعمای حوزه بعد از روی کار آمدن جمهوری اسلامی است، پس از فوت آیت‌الله شریعتمداری بنا به وصیت آن مرحوم موظف به گذاردن نماز میت شد که با ممانعت ماموران امنیتی از انجام آن بازماند و توسط اداره اطلاعات قم بازداشت شد.
او در انتقادی عریان از جمهوری اسلامی، “اسلام” را مهمترین قربانی حکومت آیت‌الله خمینی دانست و این جمله بسیار بر آیت‌الله خمینی بسیار گران آمد. به گفته‌ی آگاهان مسائل حوزه اگر پایگاه مستحکم آیت‌الله العظمی سید رضا صدر در حوزه قم نبود وی نیز به سرنوشتی بدتر از شریعتمداری دچار می شد، هرچند که به خاطر این انتقادات عریان وی در سالهای پایانی عمر در محدودیتهای فراوانی به سر برد.
همچنین در مورد برادر دیگر او، امام موسی صدر، به دلیل ناراحتی برخی از هواداران آیت‌الله خمینی از اینکه یکی دیگر از علمای شیعه با لقب “امام” خطاب شود، هیچگونه پیگیری خاصی در مورد وضعیت وی از سوی جمهوری اسلامی انجام نشد و حتی شنیده می شود از کانال جلال الدین فارسی نیز پیامی به معمر قذافی فرستاده شده که ایران هیچ دخالتی در ماجرای برخورد قذافی با امام موسی صدر نخواهد کرد.
دهه دوم و سوم
حاکمیت جمهوری اسلامی در دهه های دوم و سوم عمر با درگذشت بنیانگذار خود، قدرت فقهی خود را در مقابل حوزه از دست داد.
جانشین آیت‌الله خمینی پیش از رسیدن به پست رهبری تنها با پیشوند “حجت الاسلام” خطاب می‌شد و سابقه تدریس کوتاهی در حوزه داشت و با در قید حیات بودن افرادی چون آیت‌الله گلپایگانی و آیت‌الله اراکی، جایگاه او بسیار ضعیف بود. آیت الله خامنه‌ای که بر مراکز قدرت جمهوری اسلامی تسلطی نداشت، ترجیح داد که خود را با بزرگان حوزه‌ی قم درگیر نکند و تنها درگیری‌های خود را در سطح هواداران مراجع منتقد محدود کرد. تنها اقدام موثر آیت‌الله خامنه‌ای در دهه‌ی اول خارج کردن جامعه مدرسین حوزه‌ی علمیه قم از دست مراجع حوزه و تبدیل این جامعه به یک نهاد حکومتی بود. در همین دوره بود که برای اولین بار و برخلاف سنت رایج حوزه‌های علمیه در تمام سالهای رونق حوزه، یک نهاد دولتی به تعیین مرجع تقلید دست زد. این نهاد بعد از فوت آیت‌الله اراکی به انتشار نام هفت نفر به عنوان مراجع تقلید دست زد، که در جایگاه سوم فهرست، نام آیت‌الله خامنه‌ای به چشم می‌خورد.
همچنین درگیری حاکمیت با آیت‌الله منتظری که در هر سه دهه‌ی عمر جمهوری اسلامی ادامه داشت توسط آیت‌الله خامنه‌ای وارد فازهای دیگری شد.
آیت‌الله شیخ حسینعلی منتظری
گروه دیگری از مخالفان آیت‌الله خمینی که به خاطر مخالفت با او هزینه ای گزاف پرداخت کردند؛ آیت‌الله منتظری و هوادارانش بودند. حسینعلی منتظری یکی از همراهان به نام آیت‌الله خمینی از سالهای قبل از خرداد 1342 بود و نسبت به دیگر یاران آیت‌الله خمینی، مرتضی مطهری، محمد حسین بهشتی، علی اکبر هاشمی رفسنجانی، و سید علی خامنه‌ای از مرتبه علمی بالاتری در حوزه برخوردار بود.
منتظری متولد 1301 در نجف آباد اصفهان است و اجازه اجتهاد خود را از آیت‌الله بروجردی، مرجع اعلم دهه‌های 20 و 30 شمسی گرفته است. او از شاگردان آیت‌الله خمینی بود و به همراه او در سال 1342 به زندان افتاد. همچنین به خاطر کوشش‌های بسیارش در راه انقلاب از سال 1345 بارها تبعید و زندانی شد. در پی پیروزی انقلاب 1357 او به ریاست مجلس خبرگان قانون اساسی انتخاب شد و پیشنهاد اضافه شدن اصل ولایت فقیه که خود پیش از این واضع و شارح آن بود به قانون اساسی از طرف او ارائه شد. او پس از آیت‌الله طالقانی به امامت جمعه تهران منصوب شد ولی به جای خود علی خامنه‌ای را پیشنهاد کرد و جایگاه او را به عنوان خطیب جمعه تثبیت کرد. پس از این نیز در سال 1364 از سوی مجلس خبرگان رهبری به عنوان قائم مقام ولی فقیه (آیت‌الله خمینی) انتخاب شد. او در سال 1368 و در پی سلسله‌ای از اختلافات با آیت‌الله خمینی از منصب خود استعفا کرد. در سالهای رهبری آیت‌الله خامنه‌ای از سوی هواداران حاکمیت او بارها مورد تعرض قرار گرفت و بسیاری از هواداران او به زندان رفتند؛ روندی که همچنان نیز ادامه دارد.
در سال 1376 و در پی یک سخنرانی انتقادی و تشکیک در مقام فقهی رهبر جمهوری اسلامی به حصر خانگی دچار می‌شود و 5 سال را در حصر می‌گذراند. حصر او در سال 1381 شکسته می شود و او به اعتراضهای خود نسبت به عملکرد حاکمان جمهوری اسلامی ادامه می دهد. او در زمستان سال 1388 در منزل خود فوت می‌کند و در پی تشییع جنازه‌ی او، شهر قم دستخوش نا آرامی‌هایی می‌شود. گروهی از هواداران و شاگردان او بازداشت می‌شوند و اجازه برگزاری مراسم ختم او نیز از خانواده‌ی وی سلب می‌شود. یکصد روز بعد، در پی فوت همسر او در روزهای آغازین بهار 1389، نیروهای امنیتی پیکر همسرش را ربودند و تنها دقایقی برای نماز در حرم حضرت معصومه در قم در اختیار خانواده گذاشتند و بعد از آن نیز در فاصله‌ی اندکی مانده به محل تعیین شده برای تدفین جسد را باز گرداندند.
علی خامنه‌ای با یافتن متحدانی در مراکز قدرت جمهوری اسلامی و با شروع دهه‌ی سوم، سعی کرد جایگاه خود را در حوزه تثبیت و به مخالفان اش در حوزه حمله کند. او اگر چه در این دهه مجبور شد که آیت‌الله منتظری را از حصر خارج کند اما با به قدرت رسیدن احمدی‌نژاد در سال 1384 و ناتوانی دولت محبوبش در اداره کشور به ویژه در اقتصاد، روابط او و حوزه به شدت تیره شد.
گروهی از حوزویان در این دهه به صورت علنی و ضمنی بر او تاختند. از مهمترین مخالفتهای علنی این دوره نامه‌ی کناره گیری آیت الله طاهری اصفهانی از امامت جمعه اصفهان بود.
آیت الله سید جلال الدین طاهری اصفهانی
او متولد سال 1305 در اصفهان و از شاگردان مهمترین استاد اصول فقه در قم، آیت الله محقق داماد و از نزدیکان آیت‌الله خمینی است که پیش از انقلاب به امامت جمعه‌ی این شهر منصوب می‌شود و تا فوت آیت‌الله خمینی از نزدیکان و از اقوام سببی او بوده است. او در سال 1381 نامهای به رهبر جمهوری اسلامی نوشت و او را به باد انتقاد گرفت. در پی این نامه فشارها به بیت او فزونی یافت و انتشار متن نامه و واکنشهای آن، در روزنامه‌های کشور ممنوع شد.
در سالهای دولت محمود احمدی نژاد او به انتقادات خود ادامه داد و با شروع اعتراضات مردمی به نتایج انتخابات دهمین دوره‌ی ریاست جمهوری به صف حامیان معترضین پیوست. فرزند او در پی فراخوان وی برای برگزاری مراسم رحلت آیت‌الله منتظری در اصفهان بازداشت و پس از چند روز آزاد شد.
آیت‌الله شیخ یوسف صانعی
این مرجع نوگرا، متولد 1316 و از مهمترین شاگردان آیت‌الله خمینی و از نزدیکان او در بعد از انقلاب به شمار می‌رود. او که نسبت به سایر مراجع فعلی جوانتر است در سال 1372 رساله‌ی خود را منتشر کرده است. نام وی از نامهای غایب در فهرست مراجع مورد نظر جامعه مدرسین بود.
او در سیاست به حمایت از گروههای چپ مشهور است و از معدود مراجعی بود که به صورت مستقیم از محمد خاتمی رییس جمهور نوگرای دوره‌ی هفتم و هشتم جمهوری اسلامی حمایت می‌کرد. همچنین در انتقاد از محمود احمدی‌نژاد از صراحت کلامی بی سابقه نسبت به دیگر مراجع برخوردار است. او بعد از انتخابات ریاست جمهوری سال 1388 از حامیان پر و پا قرص جنبش مخالفان دولت بود و دفتر او بعد از تشییع جنازه‌ی آیت الله منتظری مورد حمله طرفداران آیت‌الله خامنه‌ای واقع شد. همچنین جامعه‌ی مدرسین حوزه ی علمیه در اطلاعیه ای، سلب صلاحیت وی برای مرجعیت را اعلام کرد اما با واکنش تند برخی از نهادهای دینی و سیاسی روبرو شد.
آیت‌الله سید محمد علی دستغیب
این آیت‌الله اهل شیراز، زاده 1313 در یک خانواده روحانی است و از نزدیکان و شاگردان آیت‌الله خمینی قبل و بعد از انقلاب به شمار می رود. او همچنین دوره‌ای از تحصیل خود را در نجف و نزد آیت‌الله خویی به سر برده است. او که از حامیان رهبری آیت‌الله خامنه‌ای در جلسه مجلس خبرگان برای تعیین رهبری به شمار می‌رود بعد از روی کار آمدن محمود احمدی نژاد، به جرگه‌ی منتقدین حوزوی رییس دولت نهم درآمد و در پی برگزاری انتخابات دهمین دوره‌ی ریاست جمهوری، به حامی اعتراضات مردمی تبدیل شد.
در پی انتقادات تند او از رهبر جمهوری اسلامی، مسجد، محل نماز و مدرسه تحت مدیریت او مورد حمله‌ی حامیان آیت‌الله خامنه‌ای واقع شد.
آنچه گذشت همه ی برخورد حاکمیت با حوزویان نیست. به نظر می رسد با شروع دهه‌ی چهارم عمر جمهوری اسلامی و افزایش قدرت نظامیان بنیادگرا در ارکان نظام جمهوری اسلامی این برخوردها بیشتر هم بشود؛ چنان که در ماههای گذشته نیز برخوردهای لفظی تندی بین مراجع تقلید و فرستادگان آیت‌الله خامنه‌ای گزارش شده است. برخوردهایی که حکایت از آن دارد که حوزویان، حاضر به پذیرفتن نظر رهبر جمهوری اسلامی و حکومت بلامنازع محمود احمدی نژاد نیستند.