چند روز پس از معرفی وزیر پیشنهادی علوم توسط روحانی به مجلس، به نظر می‌رسد برخی اصول‌گرایان ساکن بهارستان، از این انتخاب راضی نیستند.
هم‌زمان محمدعلی نجفی، سرپرست وزارت علوم، خبر داده که حسن روحانی در ماه‌های اخیر از او خواسته پست وزارت علوم را بپذیرد، اما او این خواسته را رد کرده.
سرپرست وزارت علوم در وبلاگ خود نوشت که دلیل ذکر این مساله آن است که برخی عدم معرفی نجفی را “نشانه عقب نشینی جناب آقای روحانی ریاست محترم جمهوری از مواضع خود در قبال گروه تندرو مجلس دانسته‌اند”.
نجفی اضافه کرده که وی “به دلایلی که ذکر همه آنها در اینجا میسر نیست”، این مسوولیت را نپذیرفته است.
هم‌زمان اصول‌گرایان مجلس نیز خود را برای جلسه رای اعتماد به وزیر پیشنهادی علوم آماده می‌کنند. شریف حسینی، عضو هیات رییسه مجلس، خبر از آن داده که جلسه رای اعتماد به نیلی احمدآبادی “سه‌شنبه یا چهارشنبه هفته جاری در صحن علنی برگزار می‌شود”.
از سوی دیگر بهروز نعمتی، سخن‌گوی هیات رییسه مجلس نیز درباره زمان برگزاری جلسه رای اعتماد اظهارنظر کرد: “زمان دقیق جلسه رای اعتماد به وزیر پیشنهای علوم مشخص نیست و احتمال دارد جلسه رای اعتماد روز چهارشنبه هفته جاری ۷ آبان‌ماه برگزار شود”.
قرار است طی روزهای آینده، وزیر پیشنهادی علوم در کمیسیون‌ها و فراکسیون‌های مختلف حضور یابد. از جمله امروز جلسه فراکسیون رهروان ولایت با حضور علی لاریجانی برگزار خواهد شد و گفته می‌شود نیلی احمدآبادی نیز در این جلسه حضور خواهد یافت. به گفته اعضای این فراکسیون، در این جلسه قرار است “موضوع چگونگی رای اعضای فراکسیون به وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری و سوابق این وزیر پیشنهادی مورد بررسی قرار گیرد”.
نیلی‌احمدآبادی، همچنین در جلسه کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس نیز حضور می‌یابد. او اعلام کرده برای تشریح برنامه‌هایش به مجلس می‌رود ولی زمان حضورش در مجلس مشخص نیست.
پیش از این رضا صابری، عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس، گفته بود “قضاوت اینکه نیلی احمدآبادی در مجلس رای اعتماد بگیرد یا نه، فعلا سخت است؛ چون اصلاً تصور نمی‌کردیم، وی به عنوان وزیر معرفی شود”.
هم‌زمان برخی تشکل‌های دانشجویی اصول‌گرا، در نامه‌هایی به روحانی ضمن انتقاد از معرفی نیلی‌احمدآبادی، خواستار آن شده اندکه او فرد دیگری را به عنوان وزیر به مجلس معرفی کند.
نیلی‌احمدآبادی، در زمان معرفی به عنوان سرپرست دانشگاه تهران، از سوی اصول‌گرایان متهم شده بود که در اعتراض‌های سال ۸۸ حضور داشته است.
خود وی در پاسخ به این مسایل گفته بود: “در سال ۸۸ رییس پردیس دانشکده فنی دانشگاه تهران بودم. در ۷ سال دوران مسوولیتم دانشکده فنی خیلی آرام بود”.
