نهضت آزادی ایران با انتشار نامه سرگشاده ای خطاب به هاشمی شاهرودی، رئیس قوه قضائیه با اشاره به اینکه دور دوم ریاست وی بر قوه قضائیه “در شرایطی پایان می‌پذیرد که موارد نقض حقوق شهروندان از سوی مراجع قضایی، امنیتی و انتظامی نسبت به سال‌های گذشته بسیار افزایش یافته است” تاکید کرد که “دستگاه‌های مختلف قضایی اعم از دادگستری، دیوان عدالت اداری و سازمان بازرسی کل کشور، که می بایست ضامن استقرار و حاکمیت قانون بر امور کشور باشند، گویی بیش از پیش ضعیف شده و نمی‌توانند ضامن اجرای قوانین باشند.“
در ادامه این نامه با ابراز تاسف از اینکه “تمامیت‌خواهان حاکم بر دولت نهم با زیر پا گذاشتن بدیهی‌ترین اصول قانون اساسی و تضییع حقوق شهروندی نشان دادند که امنیت و ثبات نظام با برگزاری مراسم سالگرد زنده‌یاد مهندس مهدی بازرگان ـ نخست وزیر منصوب رهبر فقید انقلاب ـ و سخنرانی تنی چند از روشنفکران و اصحاب قلم و اندیشه مختل و متزلزل خواهد شد” آمده است: “با یادآوری آرمان‌های انقلاب و علل شکل‌گیری آن تأکید می‌شود که مشروعیت، اقتدار و ثبات یک نظام سیاسی با ساخت موشک و پرتاب ماهواره فراهم نمی‌آید. اگر چنین می‌بود، نظام‌های ظاهراً بسیار مقتدر چند دهه گذشته و تا بن دندان مسلح ناگهان فرو نمی‌پاشیدند، نظام سلطنت مطلقه‌‌ی پهلوی باید هنوز برجا بود و دولت غاصب اسراییل نیز باید مقام اول را در منطقه به دست می‌آورد، حال آنکه این گونه نیست و چنین دولت‌هایی همواره در معرض شدیدترین بحران‌های ساختاری قرار داشته‌اند. این اشتباه همه‌‌ی قدرتمندانی است که، به دلیل انباشت و پیشرفت تسلیحاتی، خود را “جزیره‌ی ثبات” می‌پندارند، اما مدتی نمی‌گذرد که همه چیز را از دست رفته می‌یابند. تاریخ معاصر جهان گواهی می‌دهد که اقتدار نظام‌های سیاسی تنها با سنجش میزان حاکمیت ملت، تحمل مخالفان قانونی و شاخص‌های نهادینه شدن حقوق و آزادی‌‌های سیاسی و مدنی شهروندان قابل ارزیابی است.“
در بخش دیگری از این نامه می خوانیم: “در حالی که دولت نهم بیشترین آمار تضییع حقوق شهروندان را نسبت به دولت های گذشته در کارنامه‌اش داشته است، در شرایطی که دولت و مقامات و نهادهای رسمی و غیررسمی حامی آن تاب تحمل برگزاری مراسم پاس‌داشت تنی چند از فعالان عرصه‌‌ی حقوق بشر را در یک منزل شخصی و با حضور تعداد اندکی از چهره های شناخته شده ندارند و وزارت کشورش یک گردان نیروی انتظامی و امنیتی را برای جلوگیری از آن برنامه به منطقه اعزام می‌کند، تاسیس دفتر حقوق شهروندی در نهاد ریاست جمهوری تنها در راستای تبلیغات زود هنگام انتخاباتی و موجب وهن نظام و توهین آشکار به شعور ملت فرهیخته‌ی ایران و آرمان‌های انقلاب اسلامی ارزیابی می‌شود.“
در ادامه این نامه فهرستی از موارد نقض حقوق ملت در ارتباط با وابستگان فکری نهضت آزادی به شرح زیر، رده بندی شده است:
1- جلوگیری از برگزاری نماز عید فطر روشنفکران دینی در 21/07/1386 و برخورد توهین آمیز با نمازگزاران
2- جلوگیری از برگزاری نماز عید قربان روشنفکران دینی در 19/08/1387 و برخورد توهین آمیز با نمازگزاران
3- جلوگیری از برگزاری مراسم ترحیم یکی از جوانان در نایین
4- جلوگیری از برگزاری کنگره نهضت آزادی ایران در منزل شخصی یکی از اعضا
5- عدم صدور مجوز برای برگزاری تجمعی با هدف اعتراض به جنایات رژیم صهیونیستی در غزه
6- دو بار جلوگیری از برگزاری جلسه محدود در منازل اعضای نهضت آزادی برای تجلیل از فعالان حقوق بشر، در25/10/87 و 14/11/87
7- دو بار جلوگیری از برگزاری مراسم چهاردهمین سالگرد درگذشت مهندس مهدی بازرگان در حسینیه ارشاد در 03/11/1387 و 17/11/1387
8- بازداشت همراه با ضرب و شتم تعدادی از افرادی که در روز 17/11/1387 برای شرکت در مراسم سالگرد درگذشت مهندس بازرگان در محل حسینیه ارشاد حاضر شده بودند و تداوم بازداشت هفت تن از ایشان، به صورت غیرقانونی، تا این تاریخ.
9- جلوگیری از برگزاری سخنرانی آقای دکتر ابراهیم یزدی در اصفهان، در 28/11/1387
10-جلوگیری از برگزاری جلسه‌ی عمومی اعضای نهضت آزادی ایران در تهران در منزل شخصی یکی از اعضا، در 4/12/1387
در این نامه همچنین در ارتباط با سایر گروه های سیاسی و اجتماعی نیز به مواردی از جمله بازداشت‌های گسترده‌ی فعالان جنبش دانشجویی و اعضای انجمن‌های اسلامی دانشجویان (دفتر تحکیم وحدت) و همچنین دراویش گنابادی اشاره شده است. نهضت آزادی ایران در پایان این نامه با ابراز “تاسف عمیق” از این “روند ناصواب” از شاهرودی خواسته است تا ”در مدت اندک باقی مانده” از دوران مسئولیتش، “اقدامات موثری را برای جلوگیری از نقض حقوق شهروندان و ملزم کردن مقامات دادستانی، انتظامی و امنیتی ـ که زیرمجموعه‌های قوه‌ی قضاییه محسوب می‌شوند ـ به رعایت قوانین اساسی و عادی” در دستور کار قراربدهد
