مرگ آیت‌الله طالقانی در شهریور ماه ۱۳۵۸ از همان روزهای نخست، مشکوک تلقی شد. این روحانی عالی‌رتبه که محبوبیت بسیاری در بین مردم و گروه‌های مختلف انقلابیون داشت، در ۶۹ سالگی درگذشت و در بسیاری از وقایع حساس و تاثیرگذار پاگیری جمهوری اسلامی از جمله تدوین قانون اساسی غایب بود. او در همان چند ماه پس از پیروزی انقلاب بهمن ۵۷، به یکی از روحانیون منتقد تندروی نهادهای انقلابی تبدیل شده بود و همین انتقادها و اعتراضات، باور قتل او را در بین مردم تقویت می‌کرد. نخستین فردی از میان انقلابیون و مقامات نامدار، که افکار عمومی نامشان را در لیست مرگ‌های مشکوک به حذف و قتل نوشت هرچند هیچ سند و دلیل محکمی بر این ادعاها ارائه نشد.
شبی که تلفن قطع بود
محمد حیدری، آخرین دبیر سندیکای روزنامه‌نگاران و سردبیر روزنامه اطلاعات در سال ۵۸، در خاطراتش خود را “به احتمال بسیار بالا” آخرین فردی معرفی کرده که با آیت‌الله طالقانی گفت‌وگوی مفصلی داشت. او در صفحه فیس‌بوکش شرح داده که از سوی رییس دفتر طالقانی دعوت می‌شود تا به منزلش برود. همان روز جلسه هیات مطبوعاتی شوروی برقرار بود و حیدری صبر می‌کند تا این جلسه طولانی به پایان برسد. جلسه حیدری و طالقانی در یک اتاق و بدون حضور فرد سوم، حتی محافظان برگزار می‌شود و شام را هم همان جا می‌خورند. در این جلسه طولانی و چند ساعته، آیت‌الله درباره مسائل مختلف کشور سئوال پرسید و نظر روزنامه‌نگار را جویا شد.
محمد حیدری می‌نویسد: “وقتی گفت‌و‌گوها تمام شد و من آماده رفتن شدم، آیت الله طالقانی همان آقای ترکان(محافظ خود) را صدا زد تا ترتیب رفتن مرا به خانه ام بدهد و در همان حال گفت: در نماز جمعه این هفته ملاحظه‌کاری را کنار می‌گذارم و خیلی از مسائل را بیان می‌کنم.”
اما تنها پنج ساعت و نیم بعد خبر مرگ طالقانی منتشر شد. این روزنامه‌نگار قدیمی هیچ اشاره‌ای به مشکوک بودن مرگ طالقانی نکرده اما کوچکترین نشانی از بیماری هم گزارش نشده، آن هم وقتی طالقانی در دو جلسه طولانی در یک روز شرکت داشت.
این روحانی ۶۹ ساله بیماری قلبی داشت و سیگار هم بسیار می‌کشید، علت مرگ او هم در معاینات، سکته قلبی اعلام شد اما موارد مشکوک در شب مرگ او نیز قابل توجه است. از جمله اینکه خانواده طالقانی در آن شب حضور نداشتند و به مسافرت رفته بودند. همان شب تلفن و آب خانه نیز قطع بوده و پس از وقوع حمله قبلی، امکان تماس با پزشک وجود نداشته است.
مجتبی طالقانی هم سال‌ها بعد مرگ پدرش را مشکوک توصیف کرد و گفت که پس از مرگ پدر متوجه شده‌اند چمدان اسنادی که تنها خود آیت‌الله طالقانی کلید آن را داشت، مفقود شده است. محمد مدیرشانه‌چی، رییس دفتر طالقانی هم این مرگ را مشکوک توصیف کرده و از سهل‌انگاری میزبان گفته است.
شانه‌چی توضیح داده است: “ایشان آن شب تنها بود. زن و بچه‌اش که رفته بودند مشهد و محمد، پاسدار ایشان را هم که همیشه بود، آن شب ندیدم. در واقع ایشان بودند و خانوادۀ شهپور. من رفتم منزل و شام خوردم و خواستم استراحت کنم که تلفن زنگ زد که بیا که آقا حالش خوب نیست و شاید هم به من خبر داد که از دنیا رفته! یادم نیست. من اول مطلب را جدی نگرفتم و گفتم اگر چنین چیزی باشد، در محل سر و صدا می‌شود، چون منزل ما با منزل آقای شهپور بیشتر از ۵۰۰ متر فاصله نداشت. تلفن دوم و سوم که شد، فکر کردم که قاعدتاً باید چیزی شده باشد، در عین ناباوری بلند شدیم و رفتیم دیدیم جنازۀ آقا آن وسط است و دخترشان وحیده و شوهرش مخلصی هم هستند. سراغ از شهپور گرفتیم، گفتند رفت دنبال دکتر شیبانی! ایشان که آمد، گفتیم: اولاً این دور و اطراف سه تا بیمارستان هست. بعد هم تو چرا سریع به من که همسایه‌ات هستم خبر ندادی؟ گفت: اولاً اگر به تو خبر می‌دادم چه کار می‌خواستی بکنی؟ ثانیاً هر دکتری را هم که نمی‌توانستم بالای سر ایشان بیاورم.”
او ادامه داده که “این اسباب تردید نه‌تنها برای من که برای خیلی‌ها شد که به هر حال این امکان وجود داشت که در چنین شرایط حساسی بهتر و سریع‌تر عمل شود.”
اما تعداد دیگری از نزدیکان و همراهان آیت‌الله طالقانی هم بوده‌اند که مرگ او را طبیعی دانسته و موارد مشکوک را رد کرده‌اند.
وقتی قهر آیت‌الله جنجالی شد
از همان روزهای نخست سقوط حکومت پهلوی و در زمستان پر آشوب ۵۷، آیت‌الله طالقانی به عنوان تعدیل کننده برخی نظرات و ایده‌های انقلابی عمل می‌کرد و سعی در آرام کردن اوضاع داشت. هنوز یک ماه از پیروزی نگذشته بود که آیت‌الله خمینی دستور حجاب اجباری در ادارات را صادر کرد. مخالفان خیلی سریع دست به راهپیمایی گسترده اعتراضی زدند،تنها قول‌های مساعد سخنگوی دولت موقت و توضیحات آیت‌الله طالقانی بود که به پایان اعتراضات انجامید. طالقانی کوشیده بود دستور رهبر انقلاب را تعدیل کند: “ما، اسلام، قرآن و مراجع دینی می‌خواهند زنان ما شخصیتشان حفظ بشود. اصل مساله این است که هیچ اجباری هم در کار نیست و مساله چادر هم نیست… اجباری حتی برای زن‌های مسلمان هم نیست. چه اجباری؟ حضرت آیت‌الله خمینی نصیحتی کردند مانند پدری که به فرزندش نصیحت می‌کند راهنماییش می‌کند که شما اینجور باشید به این سبک باشید”
اما پس از برگزاری همه‌پرسی و استقرار جمهوری اسلامی، خیلی زود خانواده طالقانی مورد سوءظن بخشی از انقلابیون قرار گرفت. صبح روز ۲۳ فروردین ۱۳۵۸، دو تن از فرزندان طالقانی، مامور شدند تا از مسوول دفتر سازمان آزادیبخش فلسطین، پیام یاسر عرفات را دریافت کنند. مجتبی، یکی از فرزندان آیت‌الله، عضو سابق سازمان مجاهدین خلق بود.
خودروی فرزندان طالقانی در راه بازگشت توقیف شد و خبر از سوی شاهدان عینی به دفتر طالقانی رسید. با جستجو و تلاش بسیار می‌فهمند که اصغر صباغیان و محمد غرضی از اعضای گروه ضربت سپاه، مسوول این بازداشت بوده‌اند. پاسداران در اختیار آیت‌الله طالقانی نیز به تلافی، غرضی را بازداشت کردند و در نهایت با پادرمیانی سید احمد خمینی، هر دو طرف آزاد شدند. اما وقتی آیت‌الله طالقانی در جریان ضرب و شتم و توهین به فرزندانش قرار گرفت و متوجه شد که بازجویی‌ها در پی یافتن رابطه آیت‌الله با آشوب‌های گنبد بوده، به نشانه اعتراض دفترهایش را تعطیل و به مقصد نامعلومی تهران را ترک کرد.
اطلاعیه دفتر طالقانی اشارات صریحی به تندروی‌های مرسوم آن دوران دارد و تاکید می‌کند که قهر و ترک تهران به دلیل اعتراض به حضور “عناصر غیرمسوول”، “وجود زندان‌های غیرقانونی” و “دقیقاً در ارتباط با حقوق لگدمال شده تمام مردم مستضعف ایران در قبال اقدامات و افراد غیرمسوول و خودسری است که بنام اسلام و مسلمین از هیچ اقدام غیرانسانی و غیراسلامی ابا ندارند”.
این اقدام باعث برپایی تظاهراتی در تهران شد و گلایه شورای انقلاب از آیت‌الله طالقانی را به دنبال داشت. صادق طباطبایی، سخنگوی دولت موقت هم ضمن اظهار تاسف از واقعه بازداشت فرزندان آیت‌الله طالقانی، این کار را نمونه‌ای از اقدامات خودسرانه برخی کمیته‌ها و پاسداران دانست.
موضوع آنقدر حاد شد که بنا به گزارش روزنامه کیهان آن سال، در روز دوم ترک تهران، گروه‌هایی از مردم در تهران و شهرستان‌ها در حمایت از آیت‌الله طالقانی به خیابان‌ها آمدند و آیت‌الله خمینی فرزند خود احمد را مامور پیگیری و برگرداندن طالقانی کرد.
بنا به گفته فرزندان طالقانی، او در نهایت پس از ابراز نگرانی احمد خمینی از به آشوب کشیده شدن کشور و احتمال بروز جنگ داخلی قبول کرد تا به تهران برگردد. او در بازگشت کوشید در سخنرانی‌هایش از “کمیته” دفاع و اختلافش با حاکمیت را تکذیب کند.
او در مرداد ۵۸ از سوی آیت‌الله خمینی به عنوان اولین امام جمعه تهران منصوب و نمازهای به اقامت او با استقبال بسیار مواجه شد. او در این دوران، سخنرانی‌هایی با مضامین همسو با ادبیات انقلابی آن دوران نیز داشت: “ کسی که روبروی انقلاب بایستد باید هلاک بشود، باید نابود شود. انقلاب، انقلاب محرومان است، انقلاب ما توده مسلمان است. انقلاب، انقلاب قرآن است. انقلاب، انقلاب توحید است. هرکسی از این مسیر منحرف شود باید پایمال شود.“
