اولین حضورحسن روحانی در دانشگاه در مقام رییس‌جمهوری٬ با حاشیه همراه بود. همان زمان که وی از قابل قبول نبودن حاکم شدن جو امنیتی در دانشگاه‌ها سخن می‌گفت٬ برخی اخبار از بازداشت چند دانشجو و همچنین عدم صدور اجازه ورود دانشجویان منتقد به سالن سخنرانی حکایت داشت.
روحانی در سخنرانی خود٬ به انتقاد از امنیتی کردن فضا در دانشگاه‌ها پرداخت و این مساله را باعث بروز “نفاق” در جامعه دانست و گفت: “همه مسئولان بدانید اگر جو را امنیتی کردید، نفاق را توسعه داده‌اید… برخی تلاش می‌کنند ۷۵ یا ۷۶ میلیون جمعیت کشور را ضرب در ۲ کنند یعنی همه دو چهره داشته باشند و آنجا که بحث نمره، ارتقا و شغل است یک چهره و زمانی که زندگی آزاد است، چهره دیگری داشته باشند که ما این را نمی‌خواهیم”.
وی همچنین خواستار آن شد که وزارت اطلاعات به دانشگاهیان اعتماد داشته باشد و اجازه دهد که اساتید دانشگاه و دانشجویان در همایش های علمی جهانی شرکت کنند. مساله‌ای که در دولت احمدی‌نژاد ناممکن شده بود و برخی از اساتید دانشگاه به همین دلیل زودتر از موعد بازنشسته و یا حتی بازداشت شدند.
رییس دولت یازدهم٬ از این مساله با عنوان “دیپلماسی علم” یاد کرد و گفت: “ما نیاز به دیپلماسی علم داریم و شما عالمان و فرهیختگان باید از طریق علم و دانش و مقاله و تحقیق و حضور در مجامع علمی جهان در این راستا تلاش کنید و از همین جا به وزارت اطلاعات اعلام می‌کنم که راه را برای این دیپلماسی باز کنید، به دانشگاه اعتماد کنید و به اساتید بزرگ این دانشگاه‌ها اعتماد کنید و البته به دانشجویان عزیزمان اعتماد کنید، چون همه این عزیزان ایران را دوست دارند و توسعه این کشور را می‌خواهند”.
وی با ابراز مخالفت با بازنشستگی زودهنگام اساتید و “آزاد نبودن” اساتید در بیان عقاید خود افزود: “در دانشگاه اسلامی یک گروه باید ملامت شوند و آن کسانی هستند که در تولید علم و فناوری کاهلی کردند، پس ما نباید در روند معیوب نابه‌جای بازنشستگی زودهنگام اساتید گرفتار شویم”.
جو امنیتی دانشگاه‌ها٬ از دیگر مواردی بود که با انتقاد روحانی مواجه شد: “این موضوع باعث سرشکستگی یک دولت است که دانشجویش یا استادش به خاطر بهانه‌جویی‌های عده‌ای دم فرو بندد و نتوانند اظهار نظر کنند. دانشگاه جای بیان اظهارنظر است و در دانشگاه یک زبان را بیشتر نمی‌پذیریم و آن زبان علم، خرد و عقلانیت است”.
سخنرانی روحانی اما٬ بدون حاشیه هم نبود. برخی از رسانه‌‌ها نوشتند که نیروهای حراست دانشگاه تهران و نیروهای امنیتی٬ اجازه حضور برخی از دانشجویان منتقد را در سالن سخنرانی ندادند. برخی از سایت‌ها نیز خبر از بازداشت چهار دانشجو - سه پسر و یک دختر - داده‌اند. تاکنون منابع دانشجویی این خبر را تایید یا تکذیب نکرده‌اند. گفته می‌شود دلیل این بازداشت‌ها٬ اعتراض این دانشجویان به عدم صدور اجازه ورود به سالن سخنرانی بوده و آن‌ها پس از بازداشت٬ به پلیس امنیت تحویل داده شدند.
وب‌سایت رجانیوز٬ نزدیک به جبهه پایداری٬ در همین زمینه نوشت: “مهمترین حاشیه این حضور، فصای امنیتی پررنگی بود که خیابان های اطراف دانشگاه تهران و محیط خود دانشگاه شاهد آن بود. بر پایه این گزارش، خیابان های اطراف دانشگاه تهران برخلاف روزهای گذشته مملو از پلیس بود بگونه ای که هیچ خودرویی اجازه پارک کردن در اطراف دانشگاه تهران را نداشت، این تصمیم عجیب در حالی اتخاذ شده بود که در سالهای گذشته و همزمان با حضور رییس جمهور سابق در دانشگاه تهران، خیابان های اطراف دانشگاه روال عادی خود را طی می کرد. اما فضای داخل دانشگاه نیز دست کمی از خیابان های اطراف دانشگاه نداشت و حضور پر رنگ حراست و انتظامات دانشگاه تهران به همراه نیروهای امنیتی، باعث شده بود تا فضای دانشگاه نسبت به روزهای گذشته کاملا متفاوت جلوه کند… از تردد دانشجویان در برابر درب تالار علامه امینی نیز به شدت جلوگیری شده و دانشجویان حتی در چهارراه های منتهی به مسجد دانشگاه تهران به سختی اجازه تردد داشتند”.
خبرگزاری تسنیم نیز در این باره نوشت: “برخی دانشجویان و مسئولان برگزاری مراسم می‌گفتند وزارت علوم که مسئول توزیع کارت‌های حضور در مراسم بود، ۲۰۰ عدد از کارت‌های دعوت را میان نمایندگان مجلس و رؤسای دانشگاه‌های مختلف توزیع کرده و سهمیه اندکی برای دانشجویان در نظر گرفته است”.
از سوی دیگر٬ حضور جعفر توفیقی٬ سرپرست وزارت علوم همراه با روحانی٬ باعث بروز حاشیه‌هایی شد. مسوول بسیج دانشگاه تهران٬ در سخنرانی خود٬ خطاب به روحانی گفت: “فردی را به عنوان سرپرست وزارت علوم تعیین کرده‌اید که قانون اساسی و شورای نگهبان که انتخابات را تأیید می‌کند، قبول ندارد و این مسئله را در سخنرانی سال ۸۸ خود نشان داده است که دانشجویان با تشویق خود سخنان وی را تأیید کردند”.
دبیر انجمن اسلامی دانشگاه تهران نیز در سخنان خود خطاب به روحانی٬ چنین گفت: “خبر مسرت بخش آزادی تنی چند از زندانیان سیاسی نه فقط بعنوان تحقق یک وعده انتخاباتی، بلکه از این حیث حائز اهمیت بود که از شنیده شدن صدای مردم و پیگیری همین خواست آنان توسط مسئولان حکایت می کرد. آزادی سایر عزیزانی که در حبس و بزرگانی که در حصر مانده اند نیز تحقق این وعده مهم و این مطالبه عمومی را به یاری خداوند به اتمام و کمال خواهد رساند”.
از سوی دیگر وب‌سایت کلمه - نزدیک به میرحسین موسوی - پیرامون سخنرانی روحانی نوشت: “ فرهاد رهبر در میان فشار شدید اجازه قرائت دو بیانیه انجمن اسلامی و بسیج دانشجویی را در مراسم داده بود. وی همچنین با جلوگیری از حضور دانشجویان در اطراف تالار محل سخنرانی حسن روحانی، از بروز تجمعات احتمالی مطالبه کننده تغییر رئیس دانشگاه تهران جلوگیری کرده بود. فضای امنیتی آنقدر شدید بود که حسن روحانی نیز گلایه خود را از این فضا خطاب به فرهاد رهبر چنین ابراز کرد «همه مسئولان بدانید اگر جو را امنیتی کردید، نفاق را توسعه داده‌اید.» همه اینها در حالی اتفاق می افتد که در روزهای گذشته دکتر غلامرضا جمشیدیها از حامیان سعید جلیلی در انتخابات به سمت معاونت فرهنگی دانشگاه تهران برگزیده شده و دکتر جواد ساداتی نژاد معاون سابق حقوقی کامران دانشجو در وزارت علوم احمدی نژاد معاونت اداری مالی دانشگاه را بر عهده گرفته است. ریاست دانشکده علوم اجتماعی دانشگاه تهران نیز به یونس نوربخش عضو کمیته اسلامی سازی دانشگاه ها و معاونت سابق نهاد رهبری سپرده شده است”.
