نهضت آزادی ایران با ارسال نامه ای به محمود احمدی نژاد، با تشریح “عملکردها و برخوردهای وزارت اطلاعات در محدود ساختن آزادی‌های اساسی و حقوق قانونی شهروندان و ضایع کردن سرمایه‌های اجتماعی و معنوی ـ و در نتیجه، تضعیف امنیت ملی” خواستار “اصلاح عملکرد برخی از نهادهای تحت مدیریت” وی شد.
در این نامه که امضای ابراهیم یزدی، دبیر کل نهضت آزادی ایران را بر پای خود دارد تاکید شده است که “نهضت آزادی ایران دوگانگی و تناقض گفتار و رفتار مقامات مسئول جمهوری اسلامی ایران درباره وضعیت آزادی‌ها و اجرای اصول راجع به حقوق و حاکمیت ملت را عامل تضعیف نظام، کاهش اقتدار سیاسی و وهن مقامات مسئول کشور در عرصه‌ی داخلی و بین‌المللی ارزیابی می‌کند.“
در نامه مزبور با اشاره به اصول قانون اساسی جمهوری اسلامی در ارتباط با مسئولیت های رئیس جمهور، وبا استناد به سخنان رئیس دولت نهم مبنی بر اینکه “ایران را آزادترین کشور جهان” خوانده، آمده است: “اینک درآستانه‌ی سیُ امین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی، که ملت ایران و مردم جهان به دستاوردهای آن، به ویژه دستاوردهای اخلاقی، سیاسی و فرهنگی آن، چشم دوخته‌اند، شاهد تشدید حرکات خلاف قانون اساسی و ارزش‌های اصیل آن هستیم. این گونه اقدامات، که در دولت نهم بارزتر شده است، به تعبیر وزیر سابق اطلاعات، موجبات تضعیف امنیت ملی و خدشه وارد شدن به سرمایه‌های اجتماعی، تشویش اذهان عمومی و بدگمانی و عدم اعتماد و اطمینان مردم نسبت به دولت و نظام جمهوری اسلامی ایران را بیش از پیش فراهم ساخته است.“
در ادامه این نامه به چند نمونه از این گونه اقدامات، اشاره شده است:
1- جلوگیری از برگزاری مراسم نماز عید فطر
2- جلوگیری از برگزاری مراسم یادبود بنیان‌گزاران نهضت آزادی ایران
3- جلوگیری از برگزاری مراسم سالگرد تاسیس نهضت آزادی ایران
4- جلوگیری از برگزاری کنگره‌ی سالانه
5- جلوگیری از برگزاری نماز جمعه در اصفهان
6- جلوگیری از برگزاری سمینار آموزشی در منزل شخصی یکی از اعضای نهضت آزادی ایران
7- ورود غیر قانونی به خانه‌ی آقای دکتر ابراهیم یزدی، در اوایل سال جاری(در غیاب ایشان)
8- وارد کردن فشار به اعضای نهضت آزادی ایران
9- خودداری از آزادسازی وثیقه‌های متهمان پرونده‌ی اعضای نهضت آزادی ایران
10- تشدید فشارها و گسترش فضای امنیتی
نهضت آزادی ایران سپس با استناد به این موارد تاکید کرده است که: “اعمال این گونه فشارها و رفتارهای غیر قانونی در سالهای اخیر منحصر و محدود به اعضای نهضت آزادی ایران نبوده است. وزارت علوم دولت تحت امر جنابعالی در این سه سال، به بهانه‌های واهی، انواع تضییقات را بر دانشجویان روا داشته و صدها دانشجو، به دلایل نامعلوم یا ناموجه از ادامه‌ی تحصیل محروم شده یا مورد پیگردهای ایذایی مقامات امنیتی قرار گرفته‌اند. تعداد قابل ملاحظه‌ای از استادان دانشگاه‌ها به علت مواضع سیاسی یا عقیدتی از کار برکنار شده یا به اجبار و بر خلاف تصریح قانون، احکام بازنشستگی دریافت کرده‌اند. وزارت ارشاد، بدون مستند قانونی، از صدور مجوز چاپ کتاب برای نویسندگان و نیز مجوز نمایش (اکران) فیلم سینمایی خودداری می‌کند. روزنامه‌نگاران با محدودیت‌های فراوان و سانسور روبرو هستند. کارگران و معلمانی که، در واکنش به گرانی سرسام آور و بحران و فشار طاقت‌فرسای اقتصادی ناشی از سیاست‌گذاری‌های فاقد مبانی کارشناسی دولت نهم، خواهان ترمیم دستمزد و حقوق صنفی‌شان هستند و از دولت جنابعالی، که شعار عدالت‌گستری می‌دهد، اجرای نظام قانونی هماهنگ پرداخت دستمزد را ـ که ساده‌ترین معنای عدالت اقتصادی را به ذهن متبادر می‌سازد ـ درخواست می‌کنند، به جای رسیدگی به درخواستهای آنان و گفتگو برای یافتن راه حل، بازداشت می‌شوند.زنانی که نسبت به پاره‌ای از قوانین تبعیض‌آمیز اعتراض می‌کنند و مطالباتشان را به روشهای مسالمت‌آمیز، مطرح می‌سازند، با برخوردهای خشونت‌آمیز و سرکوب روبرو می‌شوند. فعالان سیاسی و حقوق بشر که خواهان اجرای کامل تعهدات بین‌المللی نظام جمهوری اسلامی ایران، مانند اجرای مفاد اعلامیه‌ی جهانی حقوق بشر و دو کنوانسیون مرتبط با آن هستند و اجرای واقعی اصول مصرح در فصل‌های سوم، پنجم و هفتم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران را مطالبه می‌کنند، مورد تهدیدهای فیزیکی و روانی و تضییقات فراوان قرار می‌گیرند.“
در ادامه این نامه با اشاره به اینکه “امنیت جامعه تنها از سوی دشمنان خارجی و داخلی و از طریق حملات نظامی و محدودیت‌های اقتصادی یا توطئه‌های سیاسی تهدید نمی‌شود، بلکه از طریق تبعیض، تباه شدن حقوق اساسی و تضعیف سرمایه‌های اجتماعی، انسانی و معنوی کشور نیزبه شدت تهدید می‌گردد” می خوانیم: “بدیهی است که این گونه اقدامات از نگاه ملت پنهان نمی‌ماند و امکان دارد که خدای ناکرده به استحاله‌ی نظام، عدم تحقق آرمان‌های اصیل انقلاب مردمی 1357، از دست رفتن ظرفیت‌های قانونی نظام و کاهش اعتبار مسئولان آن و گسترش شکاف ملت ـ دولت بیانجامد.“
نهضت آزادی ایران آنگاه “دوگانگی و تناقض گفتار و رفتار مقامات مسئول جمهوری اسلامی ایران درباره وضعیت آزادی‌ها و اجرای اصول راجع به حقوق و حاکمیت ملت را عامل تضعیف نظام، کاهش اقتدار سیاسی و وهن مقامات مسئول کشور در عرصه‌ی داخلی و بین‌المللی ارزیابی” کرده و ضمن اعتراض به “عملکرد وزارت اطلاعات” از احمدی نژاد به عنوان رئیس جمهور و همچنین رئیس شورای عالی امنیت ملی خواستار رسیدگی و پاسخگویی شده است.
در پایان این نامه می خوانیم: “بدیهی است که در صورت عدم دریافت پاسخ این نامه و جلوگیری مجدد نهادهای شبه امنیتی از برگزاری کنگره، حق شکایت رسمی از جنابعالی و همکارانتان در دولت نهم برای نهضت آزادی ایران محفوظ خواهد بود.“