از اواسط بهمن ماه لیست های نهایی گروههای سیاسی اعلام شد. مهمترین ویژگی این لیستها آن بود که مجمع روحانیون مبارز، جبهه مشارکت ایران اسلامی و دفتر تحکیم وحدت، هاشمی رفسنجانی را در لیست خود قرار نداده بودند.
از طرفی گروههای کارگزاران سازندگی و حزب اسلامی کار نام هاشمی رفسنجانی را در لیستهای خود قرار داده بودند. همچنین در کلیه لیستهای محافظه کاران و بنیادگرایان هاشمی رفسنجانی در صدر لیست قرار داشت.
برای نمونه در لیست جمعیت مؤتلفه اسلامی در تهران افراد زیر حضور داشتند: “اکبر هاشمی رفسنجانی، حسن روحانی، سید علی موحدی ساوجی، محمود احمدی نژاد، جواد اردشیر لاریجانی، غلامحسین الهام، محمدرضا باهنر، احمد توکلی، سید مرتضی نبوی، غلامعلی حداد عادل، محسن رضایی، عباس شیبانی وحسن غفوری فرد.”
همچنین لیست کامل جبهه مشارکت نیز چنین بود: “محمدرضا خاتمی، محسن میردامادی، محسن صفایی فراهانی، علی شکوری راد، سید شمس الدین رهابی، محمد نعیمی پور، مهدی کروبی، رسول منتجب نیا، مجید انصاری، هادی خامنه ای، علی اکبر محتشمی پور، بهزاد نبوی، محسن آرمین، احمد بورقانی، گوهرالشریعه دستغیب، فاطمه حقیقت جو، میثم سعیدی، داود سلیمانی، فاطمه راکعی، بهروز افخمی، الهه کولایی، وحیده طالقانی، جمیله کدیور، احمد پورنجاتی، محمود دعایی، ابوالقاسم سرحدی زاده، مجید انصاری، سهیلا جلودارزاده، علی اکبر رحمانی، اکبر موسوی خوئینی و علیرضا نوری” در لیست های رقیبان، حتی یک نفر هم مشترک نبود و اصلاح طلبان خط قرمز خود را عدم اشتراک می‌دانستند.
توجه به لیست ائتلاف نیروهای ملی- مذهبی در تهران نیز ضروری است. این جریان موفق شد که با کمترین تبلیغات یکی از نمایندگان اختصاصی خود را به مجلس بفرستد. فهرست کامل نشده نیروهای ملی-مذهبی در تهران چنین بود: “سعید مدنی، علیرضا رجایی، محمد بهزادی، محمود عمرانی، میثم سعیدی، الهه کولایی، احمد پورنجاتی، محمدرضا خاتمی، علیرضا نوری، شکوری راد، محسن آرمین، سید محمود دعایی، حسین هاشمیان، علی اکبر موسوی، فاطمه حقیقت جو، جمیله کدیور، داود سلیمانی، شمس الدین وهابی.”
مهمترین اتفاق در انتخابات مجلس ششم ارائه لیست انتخاباتی از طرف روزنامه های اصلاح طلب است که تا آنزمان بی سابقه بود. در این لیست که با عنوان “نامزدهای روزنامه های دوم خرداد کشور” منتشر شد اسامی احمد بورقانی فراهانی (معاون مطبوعاتی سابق وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی)، سید محمدرضا خاتمی (صاحب امتیاز و مدیر مسئول روزنامه مشارکت)، علیرضا رجایی (دبیر گروه سیاسی روزنامه های جامعه، توس، خرداد، نشاط و عصرآزادگان)، محسن آرمین (سردبیر روزنامه عصرما)، بهزاد نبوی (عضو سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی و سخنگوی ائتلاف دوم خرداد)، جمیله کدیور (عضو شورای سردبیری روزنامه اطلاعات بین الملل) 7به چشم می خورد. البته در این لیست از غیر روزنامه نگاران هم حمایت شده بود. از جمله بهروز افخمی (کارگردان سینما)، علیرضا نوری (پزشک)، مهدی کروبی (دبیر مجمع روحانیون مبارز) مجید انصاری (عضو مجمع روحانیون مبارز) و ابوالقاسم سرحدی زاده (دبیر کل حزب اسلامی کار) نیز بچشم می خورد.
در آستانه انتخابات مصطفی تاج زاده معاون سیاسی وزارت کشور و رئیس هیات اجرایی انتخابات، در گفتگویی با خبرگزاری جمهوری اسلامی ایران خبر داد که رفتارهای شورای نگبان در رد صلاحیت داوطلبان انتخابات غیرقانونی بوده است. سید رضا زواره ای، عضو حقوقدان شورای نگهبان چند روز پیش از آن در گفتگویی با بخش فارسی رادیو بی‌بی‌سی به برخی انتقادات مطرح شده درباره عملکرد این شورا پاسخ داد. گفتگوی عضو شورای نگهبان با رادیو انگلیسی بی‌بی‌سی در آن زمان برای توضیح عملکرد شورای نگهبان بود و البته این اتفاق نیز کم سابقه بود. در آن زمان فشار افکار عمومی چنان افزایش یافته بود که شورای نگهبان برای توجیه اقدامات خود به بی‌بی‌سی متوسل گردید. زواره ای در آن گفتگو، در توجیه عدم اعلام دلایل و مدارک ردصلاحیت ها و عدم مصاحبه و استماع دفاعیات داوطلبان ردصلاحیت شده در شورای نگهبان به کمی فرصت و ضیق وقت اشاره کرده بود. تاج‌زاده نیز در گفتگوی خود پاسخ داد: “تعداد زیاد شکایات و محدود بودن زمان رسیدگی به صلاحیت‌ها در شورای نگهبان غیرقابل انکار است، اما […] زمان محدود و تعداد زیاد شکایات اقتضا می‌کرد شورای نگهبان وقت خویش را صرف رسیدگی به شکایات داوطلبان ردصلاحیت شده و احقاق حقوق آنان می‌کرد. حال آنکه آن شورای محترم به سراغ پرونده داوطلبانی رفت که صلاحیتشان قبلاً به تأیید هیأتهای اجرایی و نظارت رسیده بود و به این ترتیب صلاحیت نزدیک به 100نفر از داوطلبانی را که قبلاً صلاحیتشان بطور مشترک به تأیید هیأتهای اجرایی و نظارت رسیده بود، رد کرد!” [روزنامه آفتاب امروز– هجدهم بهمن 1378]
روز سه شنبه نوزدهم بهمن ماه، رئیس جمهور طی سخنانی با اشاره به بررسی صلاحیتهای داوطلبان، اعلام کرد که مکن است افرادی احساس کنند حقی از آنان ضایع شده که در این صورت “به عنوان خدمتگزاری کوچک از آنان معذرت می خواهم.”
اواخر بهمن ماه وزیر کشور وعده داد که اسامی کسانی که ردصلاحیتشان قانونی نیست از سوی وزارتخانه در فهرست داوطلبان قرار خواهد گرفت که البته چنین نشد و زور دولت به نهادهای پنهان بیش از آنچه اتفاق افتاد نرسید. و چند روز بعد هیأت نظارت تهران اعلام کرد که صرفاً اسامی افراد تأیید صلاحیت شده توسط شورای نگهبان معتبر و قانونی بوده و اسامی داوطلبان ردصلاحیت شده در فهرست اسامی قابل قبول نخواهد بود. [روزنامه رسالت- بیست‌وهفتم بهمن ماه 1378] در این زمان زورآزمایی رفورمیستها و بنیادگرایان و محافظه کاران به اوج خود رسیده بود.