جمهوری اسلامی و جناح های اصلی آن در جنگ داخلی بیش از چهار و نیم ساله سوریه حمایت تمام عیاری از بشار اسد انجام داده اند. اگر چه تصور می شود موازنه قوای کنونی در خاور میانه،ملاحظات ژئوپلتیک، ضدیت با اسرائیل و ضرورت حفظ مسیر ارتباطی با حزب الله لبنان دلایل اصلی این حمایت است، اما تبیین درست مسئله نیازمند بررسی ریشه های تاریخی این حمایت است. حمایت جمهوری اسلامی از اسد های پدر و پسر ریشه های دور تری دارد. نطفه جنینی این پیوند راهبردی پیش از انقلاب شکل گرفت. برخی از نیرو های انقلابی در دهه های چهل و پنجاه از حمایت های حافظ اسد برای تقویت فعالیت های سیاسی براندازانه خود علیه نظام شاهنشاهی پهلوی استفاده می کردند. این حمایت شامل برخورداری از خدمات کنسولی، آموزش نیرو های چریک و … می شد. اما محور دیگری که این رابطه را برای کارگزاران ایران بعد از انقلاب تحکیم کرد، جنگ های داخلی لبنان بود. دخالت نظامی حکومت وقت سوریه باعث شد تا شیعیان بتوانند موقعیت خود را در عرصه سیاسی لبنان حفظ و ارتقاء ببخشند. عنصر دیگر که آنها را به هم پیوند داد و حتی گروه های چپ را نیز همراه ساخت قرار داشتن حکومت سوریه در بلوک ضد آمریکا در خاورمیانه بود.
بعد از انقلاب تقابل با اکثر کشور های عربی در چارچوب دکترین صدور انقلاب و رویکرد ضد اسرائیل و آمریکا ،جمهوری اسلامی را به سمت نزدیکی با حکومت سوریه سوق داد. اما جنگ با عراق جهشی در گسترش روابط و نزدیکی بود. همچنین حمله اسرائیل به لبنان نیز فرصتی برای تحرکات ایدئولوژیک و ایجاد اهرم فشار در منطقه را برای حکومت ایجاد کرد. در این رویکرد هم جناح خط امام و هم ملی- مذهبی ها در سال های اول انقلاب همسو بودند. نیاز به دریافت اسلحه و همچنین یارگیری منطقه ای باعث شد تا ارتقاء رابطه با بشار اسد در کانون سیاست منطقه ای جمهوری اسلامی قرار بگیرد. برنامه موشکی حکومت در همکاری و دریافت کمک از دولت وقت سوریه گذاشته پایه گذاری شد.
این پیوند راهبردی بیش از آنکه در چارچوب پارادایم منافع ملی باشد متاثر از سویه های ایدئولوژیک نظام و سیاست خارجی ستیزه جو و بخصوص تقابل با اسرائیل بود. همچنین رابطه خوب و مستحکم با حزب بعث سوریه و حاکمیت علوی ها بر این کشور فرصتی برای رشد و گسترش قرائت مورد نظر رهبران جمهوری اسلامی از بنیاد گرایی اسلامی شیعه محور بود. این نکته برای تصمیم گیران کلیدی حکومت اهمیت بیشتری از نفس نگاه ایدئولوژیک ونفس غرب ستیزی داشت. این عامل به لحاظ ساختاری بستر لازم برای پیوند با ناسیونالیسم ایرانی را فراهم ساخت. این چارچوب می توان علت اصلی همسویی و همراهی ناسیونالیست های ناب گرای ایرانی با بنیاد گرایان شیعه را درک کرد که از دو مسیر متفاوت پیوند با حکومت سوریه وحمایت از آن به هر قیمت را برای برتری ایران در خاور میانه ضروری بشمار می آورند. در عین حال باید توجه داشت این برخورد که شیعه به مثابه قرائتی از اسلام که ایرانیان محور آن در جهان کنونی هستند، را در کانون اسلام گرایی خود قرار می دهد به همان اندازه که شیعیان و گروه های همسو را جذب کرده است، در سنی ها دافعه ایجاد نموده است.چاشنی قوی ایرانی- شیعی در رویکرد ایدئولوژیک جمهوری اسلامی از جاذبه آن برای اسلام گرایان سنی رادیکال و خواهان تشکیل حکومت اسلامی و نفی سرمشق مدرنیته کاسته است.
واکنش جمهوری اسلامی به قیام اخوان المسلمین سوریه علیه بشار اسد در درک هسته اصلی رویکرد نظام به سوریه روشنگر است. پیش از آنکه رویارویی اخوان و حافظ اسد به نقطه اوج خود برسد و حافظ اسد با سرکوبی خونین و گسترده قیام اخوان را قلع و قمع نماید، درگیری ها بین دو طرف وجود داشت. علی رغم اشتراک مواضع زیاد بین جمهوری اسلامی و اخوان المسلمین به لحاظ گفتمانی ولی حکومت حمایت از بشار اسد را انتخاب کرد. اخوان المسلمین و شاخه آن در سوریه ابتدا از انقلاب اسلامی ایران حمایت کردند اما خیلی زود معلوم شد گرایش اسلام گرایی مد نظر آنها با قرائت آیت الله خمینی تفاوت های بارزی دارد. آیت الله خمینی اصرار داشت که روایت وی از اسلام ملاک مشروعیت اسلامی حرکت گروه ها و جریان ها قرار بگیرد. این اختلاف نه تنها مجالی به همکاری بین آنها نداد بلکه جمهوری اسلامی و اخوان را در موقعیت تقابلی قرار داد.
آنگونه که ابولحسن بنی صدر توضیح می دهد در سالیان نخستین حیات جمهوری اسلامی بین طبقه حاکم اجماع نظری وجود داشت که اخوان المسلمین سوریه آلت فعل غرب و متحد حکومت های اردن و عراق است. این نگاه و برخورد منفی اخوان السلمین با دکترین اسلام گرای آیت الله خمینی باعث شد تا روابط خصمانه ای بین دو جریان شکل بگیرد. نگاه منفی حکومت در سخنان محمد علی رجایی نخست وزیر وقت ایران در سال ۱۳۶۰ به خوبی آشکار است که وی اخوان المسلمین سوریه را یک باند و محفل نامید که در پوشش اسلام فعالیت می کند. مسئولان جمهوری اسلامی از برخورد حافظ اسد در سرکوب خشن اخوان المسلمین سوریه حمایت کرد. در آن اتفاق بین ده تا سی هزار نفر از اعضاء و هواداران اسلام گرایان سنی در سوریه کشته شدند. حکومت به جنبه ایدئولوژیک و گفتمان اسلام گرای خود توجهی نکرد و آشکارا از حکومت شبه سکولار سوریه در برابر اخوان المسلمین حمایت کرد. اما تضاد این سیاست با وجه ایدئولوژیک نظام هزینه هایی را برای نظام در جامعه هدف داشت از اینرو سیاست تبلیغاتی حکومت در مدار تخطئه جنبه اسلامی اخوان المسملین سوریه و متهم کردن آن به همسویی با غرب و اسرائیل و افراطی گری قرار گرفت.
تقریبا جمهوری اسلامی از دهه شصت سیاستی مشابه حکومت سوریه در پیش گرفت که هر گونه مخالفت داخلی با این حکومت را به تروریسم و افراطی گری متهم ساخت. به عبارت دیگر نظام تغییر در حکومت سوریه را تهدید جدی برای موقعیت منطقه ای و جهانی خود ارزیابی می کرد. این ارزیابی پایه اصلی سیاست حمایتی کنونی را تشکیل می دهد . به نظر می رسد تا جایی که حکومت امکان عملی پیشبرد سیاست فوق را داشته باشد، پشت حزب بعث سوریه را خالی نمی کند.