اواخر فروردین 1379، شورای نگهبان در اطلاعیه ای تأکید کرد:«شورا الزامی ندارد که اقدامات و تصمیماتش مورد قبول کسانی باشد که مدتهای زیادی قبل از انتخابات و در جریان انتخابات و هنوز هم تدارک ها دیده و می بینند که نامزدهای خود را به مجلس بفرستند و مجلسی دلخواه و از طیف خود بسازند. (شورا) انتظاری هم ندارد که چنین اشخاص و جریانهای خاص به تخلفات و قانون‌شکنی‌های خود اعتراف کنند و مثلاً بپذیرند که انتصاب افراد بیسواد که بجای امضاء، صورتجلسه‌ها را انگشت می زنند در سرشعبه‌ها خلاف قانون است یا اعتراف کنند که مسئولان اجرایی به نفع نامزد مورد نظر فعالیت می‌کرده که گاه هم در جلسات خصوصی خود اقرار نموده‌اند».[روزنامه رسالت-بیست و سوم فروردین ماه 1379]
اطلاعیه تند شورای نگهبان که در پاسخ به اعتراض‌های وزارت کشور صادر شده بود این نگرانی را که انتخابات تهران نیز مورد دستبرد این شورا قرار گیرد افزایش داد و حتی شایعاتی درباره احتمال ابطال انتخابات تهران به گوش رسید.
در این میان شورای نگهبان و عوامل آن – خصوصا در آذربایجان که محمود احمدی‌نژاد کاندیدای انتخاب نشده تهرانی نماینده این شورا شده بود- همچنان به ابطال صندوقهای رای و تغییر نتیجه آرا در برخی حوزه‌های کوچکتر مشغول بودند.در اواخر فروردین ماه مصطفی تاج زاده در گفتگویی دیگر به ابطال انتخابات نقده و اشنویه اعتراض کرد و آن را غیرقانونی و غیرمنتظره دانست. تاج زاده گفت: «بعد از انتخابات، استاندار سابق اردبیل آقای احمدی نژاد به عنوان بازرس ویژه شورای نگهبان به استان آذربایجان غربی اعزام شد. اگر چه اعزام وی که خود نامزد یک جناح خاص در تهران بود و موفق به کسب آرای مردم نشد، به عنوان بازرس ویژه شورای نگهبان، که علی القاعده باید بی طرف باشد، قابل تأمل است، اما جالبتر آنکه وی نیز شخص دیگری را به نام شکراللهی که ایشان نیز نامزد همان جناح در انتخابات اخیر ارومیه بود و فقط دودرصد آرای مردم را کسب کرد، به نقده اعزام نمود و مشخص نیست وی چه گزارشی تنظیم کزده است که منجر به عدم تأیید انتخابات آن حوزه شد.»
رئیس ستاد انتخابات کشور در مورد نحوه برگزاری انتخابات در این شهرستان گفت: «انتخابات در حوزه انتخابیه نقده و اشنویه در کمال آرامش و سلامت برگزار گردید و علاوه بر امضا و تأیید صورت جلسات شمارش آرا توسط کلیه ناظران شورای نگهبان در همه صندوق های اخذ رأی، هیأت های نظارت حوزه های اصلی و فرعی نیز صحت انتخابات را در همه مراحل تأیید کردند.» [روزنامه اطلاعات – بیست و نهم فروردین 1379]
در این میان شکری، فرماندار نقده نیز نسبت به ابطال انتخابات در این حوزه اعتراض کرد. او گفته بود: « «به نظر من انتخابات مجلس ششم در حوزه‌ی نقده سالم ترین انتخابات طول تاریخ این حوزه بوده و به همین خاطر نه تنها بنده و هیأت اجرایی بلکه هیأت نظارت شهرستان نیز از اعلام ابطال انتخابات این حوزه اظهار تعجب می کنیم.» وی در پاسخ این پرسش که دلایل یا تخلفات یا شکایاتی که احتمالاً مورد استناد شورای نگهبان قرار گرفته چه بوده است؟ گفت: «متأسفانه شورای محترم نگهبان هیچ دلیلی برای ابطال انتخابات نقده ارائه نکرده است.» او همچنین تاکید کرد: «در حوزه انتخاباتی نقده هیچگونه تخلفی از طرف ناظرین هیأت نظارت در صندوق ها، اعضای صندوق ها و هیأت های بازرسی و حتی نمایندگان کاندیداها در سر صندوق ها و خود کاندیداها در سر صندوق ها و خود کاندیداها به هیچ مرجعی گزارش نشده است که این مسأله صحت و سلامت انتخابات را می رساند» [روزنامه همشهری – بیست و نهم فروردین 1379]
همان روز اطلاعیه جدید شورای نگهبان نیز منتشر شد که در آن به نتایج انتخابات در تهران پرداخته شده بود.در این اطلاعیه آمده بود: «اکنون شورای نگهبان پس از صرف وقت بسیار و طی جلسات عدیده و با بررسی همه جانبه در خصوص لزوم رسیدگی به شکایات وارده و احساس ضرورت رفع هرگونه شبهه و ابهام جهت حراست از آرای مردم و حقوق داوطلبان، با استفاده از اختیارات قانونی هیأتی را انتخاب نمود که با تجهیز نیروی انسانی مطمئن اقدام به بازشماری آرای صندوق های مورد شکایت نماید و تا آنجا که لازم باشد سایر امور مهم و اعلام شده را نیز بررسی نماید تا پس از حصول اطمینان به صحت انتخابات، نتیجه را اعلام دارد. بدین جهت از وزارت محترم کشور خواسته شد از تاریخ 28/1/79 هرچه زودتر صندوق های مورد نظر را در اختیار نمایندگان شورا قرار دهند تا به خواست خداوند هر چه سریعتر کار را آغاز و نتایج را مرحله به مرحله به اطلاع مردم عزیز برساند.» [روزنامه جمهوری اسلامی – بیست و نهم فروردین 1379] این سومین باری بود که شورای نگهبان تصمیم به بازشماری آرای تهران می‌گرفت!
از روز بعد، شمارش مجدد آرا در تهران آغاز شد. در عین حال ابطال انتخابات در برخی حوزه ها – خصوصا در آذربایجان- همچنان ادامه داشت؛ از جمله انتخابات شهرستان داراب کلاً باطل شد. در ارومیه با ابطال سیزده صندوق انتخابات به دور دوم کشیده شد و در خوی نیز نه صندوق ابطال گردید و نفری دیگر به جای نفر اصلی به مرحله دوم انتخابات رفت. تاج زاده رئیس ستاد انتخابات کشور که بعدها بدلیل مقاومتها و افشاگریهایش محاکمه شد، درباره ابطال آرای مردم در این حوزه ها خبر داد: «شماره صندوقهای ابطال شده سه حوزه انتخابیه ارومیه، خوی و سروستان هنوز به وزارت کشور اعلام نشده است.» وی در مورد تأکید آیت الله جنتی بر بی طرفی بازرسان شورای نگهبان گفت: «همانگونه که قبلاً اعلام کردم، افرادی همچون آقایان احمدی نژاد و منصور واعظی به عنوان بازرسان ویژه شورای نگهبان به استان های آذربایجان غربی و فارس اعزام شدند و مشخص نیست بر اساس چه اسناد و مدارکی گزارش هایی تنظیم کرده‌اند که منجر به اخذ چنین تصمیماتی شده است. ظاهراً گزارش‌های آقای احمدی نژاد نامزد ناکام حوزه انتخابیه تهران و همکارش که در ارومیه موفق به کسب تنها دو درصد آرای مردم شد، موجب ابطال حوزه انتخابیه نقده و اشنویه و تغییر نتایج انتخابات حوزه های انتخابیه خوی و ارومیه گردید و گزارش آقای منصور واعظی که رئیس سازمان فرهنگی شهرداری تهران بود و در انتخابات اخیر موفق به کسب کمتر از نیم درصد آرای مردم تهران شد، باعث ابطال انتخابات حوزه انتخابیه داراب و تغییر نتایج انتخابات در حوزه انتخابیه سروستان گردید.» تاج‌زاده همچنین از تعویق برگزاری انتخابات در 52 حوزه با 66 نماینده ابراز نگرانی کرده بود. [روزنامه همشهری – یکم اردیبهشت 1379]