پس از آنکه وزیر اطلاعات از هویت ضارب حجاریان که جوانی بنام سعید عسگر بود خبر داد و عمل او را خودسرانه دانست، اکبر گنجی، طی گفتگویی با خبرگزاری دانشجویان ایران درباره خودسر خواندن و انگیزه شخصی داشتن ضاربان حجاریان گفت: “بیان این سخن از سوی آقای یونسی که تروریست ها انگیزه شخصی داشته اند دور از شأن وزیر اطلاعات است. انگیزه شخصی در مواقعی وجود دارد که طرفین یکدیگر را می شناسند و یکی حق دیگری را ضایع کرده باشد. مثلاً پول یا زمین دیگری از چنگ او در آورده باشد یا در جایی با اعمال نظر یا شهادت کذب حق او را ناحق کرده باشد. اما در مورد اخیر، تروریست ها اساساً هیچ آشنایی قبلی با سعید حجاریان نداشته اند و نزاع و خصومت شخصی اساساً در کار نبوده است. اینان یک «محفل عملیاتی» شناخته شده بودند که قبلاً عملیات زیادی انجام داده بودند. احتمالاً نظریه پردازان «قتل عام درمانی»، ترور سعید حجاریان را به «شاخه نظامی» سفارش داده اند. لذا نباید نگاه ها را به چند تروریست و محفل آنها معطوف کرد بلکه باید عقبه جنایتکاران را پی گرفت. جنایتکاران اصلی افرادی هستند که خشونت را در منابر علنی تئوریزه و در محافل خصوصی با ذکر نام مصادیق سخنان خود را روشن می کنند.”
این خبر که گروه تروریستی مزبور “محفل عملیاتی” شناخته شده‌ای بوده‌اند که قبلاً عملیات زیادی انجام داده‌اند، آن روزها در گزارش مفصلی که روزنامه مشارکت چاپ کرد، نیز منشر شد. گنجی در همان گفتگو ودر پاسخ به این پرسش که چرا پرونده هایی چون قتلهای زنجیره ای و ترور حجاریان پایان قابل قبولی ندارد، گفت: “در جامعه ما متأسفانه یک گرایش فکری از ابتدای انقلاب تا کنون بر دستگاه امنیتی – قضائی حاکم بوده است. دانش آموختگان مدرسه حقانی - شاگردان آقای مصباح یزدی - کنترل این نهادها را در اختیار داشته‌اند. از چهار وزیر اطلاعات، سه تن از آنها از دانش آموختگان مدرسه حقانی‌اند. دادگاه ویژه روحانیت در اختیار آنهاست. آقای رهبرپور رئیس دادگاه انقلاب یکی از دانش آموختگان مدرسه حقانی است. دادگستری تهران تا این اواخر در دست آنها بود. اینها نگاه خاصی به دین، انقلاب و نظام دارند؛ این نگاه مقبولیت اجتماعی ندارد و مردم بارها به آنان «نه» گفته اند.”
گنجی سپس خبر مهم دیگری را افشا کرد. او گفت: “آقای مصباح یزدی دو ماه و نیم پیش (بهمن 78) در دیدار با مدیرکل اطلاعات قم سخنان بسیار مهمی ایراد کرده و در آن از افرادی نام برده است. ایشان در این دیدار نکات مهمی درباره آقای خاتمی و آقایان محسن کدیور، عبدالله نوری، محمد مجتهد شبستری و عبدالکریم سروش ذکر کرده‌اند. درخواست من به عنوان یک روزنامه نگار از آقای یونسی آن است که متن کامل سخنان آقای مصباح یزدی را منتشر کند تا مردم دقیقاً بفهمند این آقایان در جلسات خصوصی چگونه با ذکر نام دقیقاً اغراض خود را برملا می کنند. از طرف دیگر باید پرسید آقای مصباح چه کاره‌اند که به مدیرکل اطلاعات تحلیل و رهنمود می‌دهند.” گنجی همچنین گفت: “تحول در وزارت اطلاعات از طریق تغییر دیدگاه ها و نگرش ها و تغییر مدیریت به مدیران معتقد به اصلاحات امکان پذیر است. مدیریت های وزارت اطلاعات نیاز به تغییر دارد. آنها حتی آقای «ب» را تحمل نکردند و به جای او آقای «م» را به سر کار آوردند که این حکایت از بسیار چیزها داشت. جانشین وزیر اطلاعات دولت اصلاح طلب و پاسخگو نمی‌تواند یکی از همکاران بسیار نزدیک علی فلاحیان باشد. آنها به شیوه و روش‌هایی اعتقاد دارند که دورانش گذشته است. از طرفی دیگر اظهارات آقای یونسی درباره پرونده ترور سعید حجاریان غیرقابل قبول است و با هیچ منطقی سازگار نیست. در پرونده قتل های زنجیره ای هم اگر رسیدگی منتهی به دستگیری شاه کلید نشود، باید آن را نشانه یک گرایش فکری دانست که دستگیری شاه کلید را نوعی خودزنی قلمداد می کند.” [روزنامه همشهری –دهم فروردین 1379] سخنان گنجی و انتشار آن در روزنامه‌ها نشان می‌داد که با ترور حجاریان هنوز کار یکسره نشده است. اگرچه بسیاری از این اخبار در محافل سیاسی منتشر می‌شد اما اهمیت کار گنجی در عمومی کردن همان اخبار محافل بود. خصوصا پس از ترور حجاریان به نظر می‌رسید که رویارویی رفورمیستهای رادیکال ایران با بنیادگرایان به روزهای پایانی خود نزدیک می‌شود.
در همان ایام اظهارات آیت الله مصباح یزدی نیز منتشر شد که گفته بود: “تساهل و تسامح ما را بی‌غیرت کرده است. ما موظفیم در موقعیت‌های اجتماعی خود وظایف‌مان را خوب تشخیص دهیم، اما گاهی محاسبه آن مشکل است و آدم نمی‌داند چه کار کند تا به نفع اسلام باشد.” آیت الله مصباح یزدی خطاب به طلاب قم در یک جلسه عمومی گفته بود: “شما مصمم باشید و به وظیفه خود عمل کنید ولو به قیمت شهادت باشد و این روحیه شهادت طلبی را در بین مردم تقویت کنید. زمانی که روحیه شهادت طلبی در بین مردم وجود داشت، وقتی امام اشاره می‌کرد آنقدر بسیجی در جبهه‌ها حضور می‌یافت که امکان سازماندهی آنان وجود نداشت، اما امروز با ترویج روحیه تساهل و تسامح، غیرت ما را گرفتند. مبادا روحیه شهادت طلبی را رایگان از دست بدهیم و در دام کسانی که تساهل و تسامح را ترویج می کنند بیفتیم.”
اظهارات علنی مصباح یزدی مشخص کرد که برنامه بنیادگرایان به پایان نرسیده است. سخنان او اعتراضهای تندی هم برانگیخت.از جمله محمدرضا خاتمی گفته بود: “متأسفانه موضع‌گیری‌هایی که مروجین خشونت بعد از ترور سعید حجاریان کردند، ما را از اینکه این آقایان به خود بیایند و از عملکرد خود دست بردارند، ناامید کرد. بعد از ترور حجاریان، این آقایان یا سکوت کردند و یا بر مواضع قبلی خود تأکید نمودند، که این امر نگشران کننده است. البته با توجه به عقلانیتی که در گروههای سیاسی می بینیم، امیدواریم که این مروجین رسمی خشونت روزبه روز منزوی‌تر شوند.” وی پیش‌بینی کرد: “اگر این افراد همچنان از برخی حمایت های رسمی و غیررسمی برخوردار باشند، متأسفانه باید منتظر بروز خشونت های دیگری در آینده باشیم.”