سال 1379، آخرین سال دوره اول ریاست جمهوری سیدمحمد خاتمی فرا رسید. این سال را می‌توان سخت‌ترین سال دوران رفورمیسم ایران دانست که با عقب نشینی و شکست پی‌درپی اصلاح‌طلبان همراه بود.آن سال همراه با التهاب و نگرانی افکار عمومی نسبت به سرنوشت سعید حجاریان، آغاز شد و با بحران ایجاد شده بر سر کنفرانس برلین و نهایتاً توقیف گسترده مطبوعات ادامه یافت و به مهار مجلس و حمله مکرر نهادهای قدرت بنیادگرا به آن انجامید و بالاخره در پایان سال با دستگیری اپوزیسیون مذهبی ایران یا همان نیروهای ملی‌مذهبی به نهایت خود رسید. سال 79 را باید پرکارترین سال قوه قضائیه در طول دوران ریاست جمهوری خاتمی نیز دانست. از یک سو پرونده های بی شمار مطبوعاتی و نویسندگان و مدیران آن و از سوی دیگر برخورد با فعالان سیاسی از شدت روز افزونی در سال 79 برخوردار بود.
به دنبال ترور حجاریان، مدیرمسئول روزنامه صبح امروز در اواخر اسفندماه 78، مطبوعات اصلاح طلب برای تداوم کار اطلاع رسانی خود به مردم در شرایط بحرانی، در طی روزهای تعطیل نوروز نیز منتشر شدند و مهمترین اخبار آنها نیز مربوط به وضعیت حجاریان بود. در آخرین روزهای اسفند 78، وزیر اطلاعات، طی سخنانی تأکید کرد: “حجاریان از اوایل سال 78 در فهرست ترور منافقین بود و از سوی برخی نیروهای افراطی و تندروی داخلی نیز مورد تهدید قرار گرفته بود… بر اساس گزارش‌های مردمی تاکنون حدود بیست مورد بررسی اطلاعاتی خاص انجام داده‌ایم و سرنخ‌هایی نیز به دست آورده‌ایم … دو نفر از عواملی که مدتها پیش آقای حجاریان را تهدید کرده بودند، شناسایی شدند و هم اکنون در اختیار وزارت اطلاعات هستند.” [روزنامه صبح امروز –بیست و هشتم اسفند 1378]
روز اول فروردین ماه دبیرخانه شورای امنیت ملی کشور با صدور اطلاعیه ای خبر داد که عوامل ترور حجاریان دستگیر شده‌اند و ضارب او نیز به عمل خود اعتراف کرده است. ششم فروردین ماه، وزیر اطلاعات در اظهاراتی جدید سخنان مهمی گفت و اطلاعات مهمی را فاش کرد. مهمترین بخشهای سخنان وزیر اطلاعات ایران چنین بود: “متهمان ترور حجاریان هیچگونه وابستگی گروهی و صنفی ندارند و صرفاً با انگیزه و احساسات شخصی و به طور خودسر دست به این کار زده اند … وابستگی خارجی برای این افراد ادعا نمی‌شود بلکه یک محفل شخصی بوده‌اند … ده نفر در این ارتباط دستگیر شده‌اند که پنج نفر متهم اصلی‌اند؛ شامل یک نفر ضارب، یک نفر راکب موتور، دو نفر تأمین (پشتیبانی) و یک نفر دیگر با دادن نامه به حجاریان مقدمات ترور را فراهم کرده بود … یک نفر از متهمان بیکار، یک نفر کارمند دانشگاه تهران، یک نفر دیگر از کارکنان رده نگهبانی سپاه و بقیه آنان نیز به کار آزاد مشغول بودند … برای ترور از اسلحه خیلی قدیمی به نام «ماکاروف» که از رده خارج شده است استفاده شده که در اختیار هیچ سازمان امنیتی نیست … موتور 1000 به کار گرفته شده نوعاً در اختیار اشخاص است و تعداد 1500 دستگاه از این نوع موتور در اختیار افراد مختلف قرار دارد … قبلاً پرونده ترور «قاسم شفیعی» که یک ماه قبل در شهر ری ترور شد در دست بررسی بود که مشخص شد عامل هر دو ترور یک گروه هستند.”
چند نکته اساسی در این سخنان وجود داشت. اول آنکه ترور کنندگان محفلی داشته‌اند که در شهر ری بوده است و قبلا نیز اقدام به ترور کرده‌اند. دوم اینکه بالاخره در حد جزئی وابستگی‌شان به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی نیز مشخص شده بود. دیگر آنکه اعلام شده بود بر اساس «احساسات شخصی» چنین کرده‌اند و این به آن معنی بود که آنها نیز مانند قتل‌های زنجیره‌ای اقدام خود را ایدئولوژیک می‌دانند. به این ترتیب با بیان صریح وزیر اطلاعات مشخص بود که دیگر امکان متهم کردن امپریالیسم غرب یا مجاهدین خلق منتفی شده است!
روز بعد رئیس جمهوری در نامه ای به وزیر اطلاعات نوشت: “آنچه در چهره زشت متکی بر سلاح، بار دیگر و در ادامه جنایت های تروریست های رانده شده از میان مردم آشکار شد، خبر از فتنه‌ای تازه می‌دهد که اگر چشم آن با قدرت در نیاید و ریشه‌های آن خشکانده نشود می‌تواند منشاء مشکلات و خسارت های فراوان شود.» وی افزود: «نباید ذره ای از فتنه خطرناکی که ریشه در درون دارد غافل ماند … و چه بسا این فتنه چهره زشت خود را در جامه زیبای دینداری و ارزشمداری بپوشاند و همین امر، خطر را مضاعف می کند.”
تاکید خاتمی بر اینکه این فتنه ریشه در درون دارد نشانه‌ای دیگر بر پایگاه واقعی عاملان ترور بود. همان تروریستهایی که بعدها بر سردر خانه‌شان نوشته بودند: “ذولفقار ولایت”! ظاهرا انگیزه عاملان ترور حجاریان، انگیزه ای مذهبی بود لیکن وابستگی آنان به سپاه پاسداران نشان می‌داد که برنامه حذف حجاریان برای شکست پروژه اصلاحات طراحی شده است . در همان ایام، روزنامه صبح امروز تصویری از ضارب حجاریان با نام “سعید عسگر” و در لباس بسیجی با چفیه ای بر دوش منتشر کرد که افکار عمومی را سخت تحت تاثیر قرار داد. اگرچه حجاریان مضروب شده بود اما ماشین مطبوعات رفورمیست هنوز در حال حرکت بود. نهم فروردین ماه، محسن کدیور که در مرخصی از زندان به سر می برد، به عیادت حجاریان رفت و طی سخنانی تأکید کرد: “اینکه چند جوان کم سن و سال مرتکب ترور شوند و سپس به مجازات برسند، بدون اینکه پدرخوانده ها و زمینه سازان فرهنگی آنان شناسایی شوند کفایت نمی‌کند. قرائتی از دین در جامعه ما خشونت را تقدیس کرده و تعداد زیادی از دگراندیشان مورد تهدید قرار گرفته‌اند و این فرد دستگیر شده (سعید عسگر) فرزند معنوی نظریه پردازان خشونت است.” وی گفت: “اگر بخواهیم درخت قتل، ترور و خشونت را از ریشه بخشکانیم هرگز نباید سراغ این شاخ و برگ ها برویم بلکه قبل از مجازات آنها، باید تشکیلاتی که اینان را اداره می کند محاکمه و مجازات کرد.” [روزنامه فتح – دهم فروردین 1379]