یکی از اصول مهم منشور ملل متحد احترام به حاکمیت و استقلال کشورها است. بر پایه این اصل هیچ کشوری نباید در تعیین سرنوشت ملت دیگری مداخله کند اما این اصل بارها چه با خواست و اراده برخی ملتها یا با خواست و اراده کشورهای ثالث نقض شده است و نمونه های معاصر آن را در عراق، لیبی و سوریه می توان ملاحظه کرد. در عین حال یکی از ادله هایی که بدان شکلی قانونی و مشروع نیز در حقوق بین الملل اعطا شده است مسئله مداخله بشر دوستانه است. از این رو مسئله ای چون حقوق بشر از جمله موضوعاتی است که معمولا کشورها، فارغ از در نظر گرفتن اصل احترام به حاکمیت کشورها در آن مداخله می کنند. در واقع می توان گفت حقوق بشر دوستانه تبصره ای بر اصل احترام به حاکمیت کشورها است که امروزه به یک قاعده عرفی در حقوق بین الملل تبدیل شده است.
اما صرفنظر از نگاهی جهانی به این موضوع، در داخل ایران نیز چنین نگاهی به مسئله استقلال و احترام به حاکمیت ملی وجود دارد. با نظری به مواضع جناحهای مخالف حاکمیت می توان گفت که صرفنظر از مسئله دخالت خارجی در حق تعیین سرنوشت و یا حتی نظارت بین المللی بر جریان انتخابات، مسئله مداخله خارجی از طریق دولتهای مستقل و یا سازمانهای بین المللی در موضوع نقض حقوق بشر در ایران از جمله مسائلی است که بر سر آن اتفاق نظری نسبی وجود دارد. از این رو هیچ یک از جناحهای مخالف در داخل و خارج از ایران مخالفت صریحی با اعزام هیاتهای خارجی از سوی سایر دولتها یا نهادهای بین المللی برای نظارت بر رعایت حقوق بشر به داخل کشور نکرده اند. بنابراین می توان گفت که در ایران نیز از دیدگاهی مستقل از دولت، اصل حفظ حاکمیت ملی و استقلال کشور مانعی برای رسیدگی بین المللی به موارد نقض حقوق بشر نیست.
از سوی دیگر، جمهوری اسلامی نیز همواره نشان داده که میل و اراده ای برای رسیدگی به جنایاتی که در گذشته و حال از طریق دستگاههای امنیتی، انتظامی و قضایی رخ داده است ندارد. سرپوش گذاشتن بر کشتار زندانیان در سال شصت و هفت، قتلهای زنجیره ای بیش از صد روشنفکر در دهه هفتاد که اکنون در سالگرد یکی از فجیع ترین آن جنایات ( مثله کردن داریوش و پروانه فروهر) بسر می بریم، حادثه کوی دانشگاه تهران در سال هفتاد و هشت، ترور سعید حجاریان، قتل زهرا کاظمی در زندان اوین، کشتارهای پس از انتخابات سال هشتاد و هشت، جنایات رخ داده در بازداشتگاه کهریزک و بالاخره قتل ستار بهشتی در زندان نمونه هایی از صدها جنایت ریز و درشتی است که در سالیان اخیر روی داده است اما در هیچ یک از این موارد مجرمین شناسایی، معرفی و محاکمه عادلانه نشده اند. عدم همکاری ایران با سازمانهای حقوق بشری از جمله شورای حقوق بشر سازمان ملل و بی اعتنایی به گزارشهای منتشر شده در خصوص موارد نقض حقوق بشر از سوی گزارشگر ویژه این سازمان نیز مدعای محکمی بر این واقعیت است که در ایران امروز امکان تحقق عدالت وجود ندارد زیرا نظام امنیتی و قضایی کاملا در هم تنیده است. این حقیقت امروز برای کلیه فعالان سیاسی و اجتماعی که به نحوی بازجویی و زندان را تجربه کرده اند کاملا ملموس است که میان بازجویان و قضات ارتباط تنگاتنگی حاکم است و اگر نگوییم که بازجویان عملا مافوق قضات قرار دارند ولی می توان گفت که بازجویان نقش تعیین کننده ای در سرنوشت متهم ایفا می کنند در حالیکه بر اساس قانون آیین دادرسی کیفری بازجویان و ضابطان باید زیر نظر قاضی عمل کنند. بنابراین می توان پیش بینی کرد که در پرونده قتل یک وبلاگ نویس، متهمان افراد خودسر یا مهره های بی ارزشی نیستند که دستگاه قضایی و امنیتی بر فرض تمایل بتواند به سادگی آنها را محاکمه یا مجازات کند، همچنانکه در پرونده های پیشین نیز چنین فرضی حاکم بوده است.
اکنون این پرسش مطرح است که آیا راه برون رفتی برای این موضوع وجود دارد؟ یکی از فرضیاتی که همواره مطرح بوده است نگرانی جمهوری اسلامی از طرح گسترده موضوع حقوق بشر در محافل و مجامع بین المللی است. به نحوی که این مسئله حتی پرونده هسته ای ایران را نیز تحت الشعاع خود قرار داده است. گفته می شود که پیشتر برخی مقامات عالی جمهوری اسلامی در این زمینه هشدار داده اند که اگر مسئله هسته ای با غرب و سازمان ملل حل و فصل شود، پرونده حقوق بشر ایران گزینه بعدی است که روی میز قرار خواهد گرفت. در واقع می توان گفت که جمهوری اسلامی خود به نقطه ضعف ساختاری خویش در زمینه حقوق بشر آگاه است و تبعات آن را به خوبی تشخیص داده است. پرونده هسته ای ایران، صرفنظر از پیامدهای اقتصادی و سیاسی زیان بارش برای کشور، در قالب یک موضوع ملی قرار گرفته است و از این رو ورود به این عرصه برای هر ایرانی شائبه لطمه به استقلال و حاکمیت ملی را ایجاد می کند اما در موضوع حقوق بشر حسب استدلال فوق، چنین ملاحظاتی وجود ندارد و حاکمیت نیز بدرستی تشخیص داده است که نمی تواند مقابل هجمه جهانی در خصوص موارد نقض فاحش حقوق بشر و جنایت علیه بشریت از خود دفاع کند. از این رو حمایت و همکاری آشکار همه فعالان حقوق بشر در داخل و خارج از ایران در از تلاشها و اقدامات گزارشگر وِیژه سازمان ملل در امور حقوق بشر ایران می تواند راهکاری حداقلی برای برون رفت از این وضع باشد.
نکته دیگری که باید بدان توجه داشت تفکیک قائل شدن میان مسئله نقض حقوق بشر وجنایت علیه بشریت است. متاسفانه صرف نظر از تلاشهای بین المللی صورت گرفته هنوز راهکاری عملی برای مقابله با موارد نقض حقوق بشر در حقوق بین الملل وجود ندارد مگر آنکه این نقض چنان فاحش باشد که تهدیدی علیه صلح و امنیت جهانی بشمار آید. اما در قضیه رسیدگی به موضوع جنایات علیه بشریت چنین فرضی وجود دارد. از این رو در درون سیستم امنیتی و قضایی جمهوری اسلامی موارد بیشماری از جنایت علیه بشریت قابل پیگیری است که می تواند از طریق دولت ایران به فرض محال یا سازمان ملل قابل ارجاع و از طریق نهادهای بین المللی قابل رسیدگی باشد.